鄱阳湖流域日本沼虾遗传多样性和遗传结构的分析

论文摘要

日本沼虾（Macrobrachium nipponense）是我国产量最大的经济淡水虾种之一,江西省的地表水资源储量巨大,日本沼虾资源丰富,其中鄱阳湖为水量最大湖泊,赣江为水量最大河流。对该流域日本沼虾野生群体的遗传多样性研究,可为日本沼虾种质资源的保护、利用与开发提供必要的参考资料。本研究共收集鄱阳湖流域33个日本沼虾野生群体,其中包括鄱阳湖群体15个,赣江群体18个。利用实验室自行开发的日本沼虾微卫星引物对这些水域的日本沼虾群体的遗传多样性和遗传结构进行了分析,内容如下:1.鄱阳湖日本沼虾15个群体遗传多样性的微卫星分析利用微卫星分子标记研究鄱阳湖15个日本沼虾野生群体的遗传多样性。结果显示,10个微卫星位点呈高度多态性,共检测到129个多态性位点;每个群体中至少有5个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡,表现出杂合不足;15个日本沼虾群体均表现出较高的遗传多样性,其中大坝外群体和星池群体遗传多样性较高,万户和湖口群体相对较低。瓶颈效应和突变一漂移平衡分析显示,鄱阳湖日本沼虾群体近期没有经历过瓶颈效应,群体数量也没有下降。群体间F-统计量及AMOVA分析显示,鄱阳湖日本沼虾群体存在极显著的遗传分化程度（FST为0.04709,P<0.01）。上述研究结果表明,鄱阳湖日本沼虾群体具有丰富的遗传多样性,可作为日本沼虾选育的基础群。2.赣江水系日本沼虾18个群体的微卫星遗传多样性分析利用微卫星分子标记对赣江水系18个日本沼虾野生群体的遗传多样性进行分析。结果表明10个微卫星位点具有高度多态性,共检测到134个多态性位点;除少数几个群体外,其余群体均有至少3个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡,表现出杂合不足。18个日本沼虾群体总体呈现较高水平的遗传多样性,其中袁水群体遗传多样性较高,新干群体遗传多样性较低。瓶颈效应和突变一漂移平衡分析显示,赣江水系日本沼虾群体近期经历了瓶颈效应,群体数量有明显下降。群体间F-统计量及AMOVA分析显示,赣江水系日本沼虾群体存在低程度且极显著的分化（FST为0.03119,P<0.01）。3.赣江水系和鄱阳湖日本沼虾群体遗传多样性和遗传结构的比较分析比较了赣江水系和鄱阳湖日本沼虾共33个群体的遗传多样性和遗传结构。结果表明,33个群体中大坝外群体的平均等位基因数最大（A=12.4）,万户群体平均等位基因数最小（A=8.8）,袁水群体遗传多样性最高,新干群体遗传多样性最低。Hardy-Weinberg平衡分析显示偏离Hardy-Weinberg平衡群体数位点最多的是Mni133位点,最少的是Mni86位点。群体间FST及AMOVA分析表明,鄱阳湖日本沼虾群体的分化程度大于赣江水系日本沼虾群体。基于DA遗传距离构建的UPGMA聚类树显示,新干群体和湖口群体的遗传距离最大（DA=0.1581）,湖口群体和吴城群体间的遗传距离最小（DA=0.0587）。33个群体总体聚为两支,除于都群体外,其余群体是按照赣江水系的群体聚在一起,鄱阳湖的群体聚在一起。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 引言
• 第一章 沼虾的分子系统进化和遗传多样性研究进展
• 1 分类研究
• 1.1 形态特征分析
• 1.2 细胞染色体特征分析
• 2 分子系统进化的研究
• 2.1 同工酶研究
• 2.2 mtDNA 研究
• 2.2.1 16S rRNA 的研究
• 2.2.2 COI 的研究
• 3. 群体遗传学研究
• 3.1 RFLP 技术
• 3.2 RAPD 技术
• 3.3 AFLP 技术
• 3.4 SSR 技术
• 3.5 ISSR
• 3.6 SNP 技术
• 4 结语
• 第二章 鄱阳湖日本沼虾15 个群体遗传多样性的微卫星分析
• 1 材料与方法
• 1.1 样本采集
• 1.2 实验方法
• 2 结果与分析
• 2.1 遗传多样性分析
• 2.2 Hardy-Weinberg 平衡分析
• 2.3 瓶颈效应分析
• 2.4 群体遗传分化
• 3 讨论
• 第三章 赣江水系日本沼虾18 个群体的微卫星遗传多样性分析
• 1. 材料与方法
• 1.1 样本采集及DNA 提取
• 1.2 微卫星反应
• 1.3 数据分析
• 2 结果分析
• 2.1 群体遗传多样性
• 2.2 Hardy-Weinberg 平衡分析
• 2.3 瓶颈效应分析
• 2.4 群体遗传分化
• 3 讨论
• 第四章 赣江水系和鄱阳湖日本沼虾群体遗传多样性和遗传结构的比较
• 1 结果比较分析
• 1.1 遗传多样性分析
• 1.2 Hardy-Weinberg 平衡分析
• 1.3 瓶颈效应分析
• 1.4 群体遗传分化
• 2 讨论
• 结论
• 参考文献
• 硕士在读期间发表论文
• 致谢