人博卡病毒和人偏肺病毒核酸检测方法的建立及初步应用

人博卡病毒和人偏肺病毒核酸检测方法的建立及初步应用

论文摘要

儿童急性呼吸道感染(ARTI)是世界范围内小儿最常见的致病和致死原因之一,在过去几十年里,由于更先进仪器的应用及高灵敏性检测方法的建立,使得越来越多的呼吸道病毒被人们发现,人博卡病毒和人偏肺病毒即是近些年新发现的呼吸道病原,从而进一步丰富了呼吸道感染的病原普。本研究的主要内容及研究结果具体如下:1.根据人博卡病毒(Human Bocavirus,HBoV) NP-1基因和人偏肺病毒(Human Metapneumovirus,hMPV) M基因的保守序列设计用于常规PCR/RT-PCR的引物,扩增HBoV NP-1基因和hMPV M基因片段,建立HBoV和hMPV的常规PCR/RT-PCR检测方法,然后对反应条件进行优化并对检测方法的灵敏性和特异性进行评价。本研究所建立的常规PCR/RT-PCR检测方法检测HBoV NP-1基因和hMPV的M基因其灵敏度分别为250 DNA copies/reaction和500 DNA copies/reaction,且结果具有良好的特异性。2.根据HBoV和hMPV基因的保守序列设计用于实时荧光定量PCR/RT-PCR的引物和TaqMan探针。建立HBoV和hMPV的实时荧光定量PCR/RT-PCR(real-time Fluorescent Quantitative PCR/RT-PCR)检测方法并对建立的方法进行敏感性、特异性、重复稳定性实验。本研究所建立的实时荧光定量PCR方法检测HBoV灵敏度为10 DNA copies/reaction;实时荧光定量RT-PCR方法检测hMPV灵敏度可达4.95 DNA copies/reaction,线性范围可达109-100 copies/reaction。且检测结果都具有良好的稳定性和可重复性,对临床其他常见呼吸道病毒检测未出现特异性扩增曲线,说明该检测方法的特异性良好。3.用所建立的方法对由沈阳儿童医院采集来的76份临床标本中的HBoV和hMPV进行平行检测,将两种检测方法的结果进行比较分析并探索其临床意义。用实时荧光定量PCR方法对76例临床标本进行检测,共检出HBoV阳性5例,高于常规PCR检测结果3例,且常规PCR检出结果包含在荧光定量PCR检出结果中;常规RT-PCR与实时荧光定量RT-PCR方法对76份临床样本进行平行检测,检出hMPV阳性样本分别为(5/76)和(7/76)且常规RT-PCR检出结果包含在荧光定量RT-PCR检出结果中。说明两种检测方法有很好的符合率,相对于常规PCR/RT-PCR,荧光定量PCR/RT-PCR检测方法灵敏性、特异性更好。结论实验结果表明,本研究初步建立了针对儿童急性呼吸道感染的HBoV和hMPV的常规PCR/RT-PCR检测方法和实时荧光定量PCR/RT-PCR检测方法,并初步证明了所建立的方法具有灵敏、特异、快速的特点,将两种检测方法用于临床样本平行检测,结果显示两种检测方法具有较好的一致性,但实时荧光定量PCR/RT-PCR检测方法操作更简便、自动化程度更高、检测灵敏性更好、检测速度更快,可替代常规PCR/RT-PCR检测方法,具有在临床上应用的可行性及较好的应用前景。

论文目录

  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 前言
  • 第一章 文献综述
  • 1.1 概述
  • 1.1.1 人博卡病毒(Human Bocavirus,HBoV)
  • 1.1.2 人偏肺病毒(Human Metapneumovirus,hMPV)
  • 1.2 病毒基因组的结构特征
  • 1.2.1 HBoV 基因组结构特征
  • 1.2.2 hMPV 基因组结构特征
  • 1.3 病毒流行病学
  • 1.3.1 HBoV 流行病学特点
  • 1.3.2 hMPV 流行病学特点
  • 1.4 病毒感染的临床表现
  • 1.4.1 HBoV 感染的临床表现
  • 1.4.2 hMPV 感染的临床表现
  • 1.5 病毒的检测
  • 1.5.1 HBoV 的检测
  • 1.5.2 hMPV 的检测
  • 1.6 本研究的目的意义
  • 第二章 HBoV 核酸检测方法的建立及初步应用
  • 2.1 实验材料
  • 2.1.1 被检样本
  • 2.1.2 菌株及质粒
  • 2.1.3 主要试剂
  • 2.1.4 主要仪器
  • 2.1.5 常用溶液
  • 2.2 实验方法
  • 2.2.1 病人咽拭子、痰标本的采集
  • 2.2.2 样本病毒核酸提取
  • 2.2.3 引物及探针的设计与合成
  • 2.2.4 HBoV 传统PCR 方法的建立
  • 2.2.5 TaqMan 探针实时定量PCR 方法
  • 2.2.6 鼻咽拭子标本检测的初步应用
  • 2.3 实验结果
  • 2.3.1 常规PCR 检测方法
  • 2.3.2 实时荧光定量PCR 检测方法
  • 2.4 讨论
  • 第三章 hMPV 核酸检测方法的建立及初步应用
  • 3.1 实验材料
  • 3.1.1 被检样本
  • 3.1.2 菌株及质粒
  • 3.1.3 主要试剂
  • 3.1.4 主要仪器
  • 3.1.5 常用溶液
  • 3.2 实验方法
  • 3.2.1 病人咽拭子、痰标本的采集
  • 3.2.2 病毒核酸提取
  • 3.2.3 病毒核酸逆转录
  • 3.2.4 引物及探针的设计与合成
  • 3.2.5 hMPV 传统RT-PCR 检测方法的建立
  • 3.2.6 hMPV TaqMan 探针实时定量RT-PCR 方法
  • 3.3 实验结果
  • 3.3.1 常规RT-PCR 检测方法
  • 3.3.2 实时荧光定量RT-PCR 检测方法
  • 3.4 讨论
  • 结论
  • 参考文献
  • 缩略词表
  • 致谢
  • 作者简介
  • 相关论文文献

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