利用微卫星DNA标记分析贵州三种地方猪的遗传多样性

论文摘要

根据联合国粮农组织（FAO）和国际动物遗传学会（ISAG）联合推荐的27对猪微卫星引物，通过查阅有关资料从中筛选出能用于贵州地方猪研究的6对引物（S0155，SW240，IGF1，SW951，SW857，SW24），用以对糯谷猪等3个贵州地方猪群体进行了微卫星DNA检测，进而对糯谷猪等三个地方猪种资源进行遗传多样性研究分析，从而为糯谷猪的品种鉴定，保护，开发利用提供依据。得到主要结果如下：1、从3个贵州地方猪群体的6个微卫星座位上共检测到43个等位基因，其中共享等位基因16个，非共享等位基因27。各等位基因频率介于0．0089-0．5241。2、3个群体在6个微卫星座位上的多态座位百分比均达100％，其观察杂合度、期望杂合度、NEI氏期望杂合度分别为0．9278±0．2109、0．7987±0．0294、0．7975±0．0287，平均杂合度0．7605±0．0318。3、本研究得到的糯谷猪的平均基因多样性（GD=0．707）和Shannon指数（SI=1．431）在三种猪中是最高的，三品种（类型）猪GD在0．611-0．689之间，SI在1.112-1．342之间；平均有效等位基因5．3±0．9513个，平均多态信息含量（PIC）0．7196±0．0417，三品种（类型）猪呈高度多态（PIC>0．5），说明贵州地方猪遗传多样性十分丰富。4、本研究得到的NEI氏标准遗传距离介于0．2063-0．4815，群体间遗传距离最远的是关岭猪与糯谷猪，最近的是柯乐猪与糯谷猪。遗传相似系数则介于0．7346-0．90505、综合群体遗传多样性的五个指标：平均等位基因数，有效等位基因数，基因多样性，多态信息含量和Shannon指数可知，群体遗传变异与大到小排列顺序为：关岭猪，柯乐猪，糯谷猪。根据奈氏遗传距离及奈氏标准距离，绘制三种（类型）猪的NJ及UPGMA聚类图，结果显示：糯谷猪与柯乐猪聚为一类，关岭猪属于另一类。6、根据贵州地方猪遗传多样性丰富，遗传杂合度较高的结果，以及我省猪种资源现状，提出对我省地方猪，特别是糯谷猪的保护应与开发利用有机地结合，以开发利用推进保护工作。纳雍“糯谷猪”（又叫黄毛猪）是中国优良的地方猪种---黔西北“可乐猪”中的一个特殊类型。本研究结果为我省糯谷猪的保护与开发利用提供了进一步的遗传学依据。

论文目录

• 致谢
• 图（索引）
• 表（索引）
• 英文缩略词
• 摘要
• ABSTRACT
• 前言
• 一.文献综述
• 1.1 猪的动物分类学地位及起源
• 1.2 生物多样性与畜禽资源保护
• 1.3 家畜遗传多样性评估方法
• 1.4 遗传标记
• 1.4.1 遗传标记的发展史
• 1.4.2 分子遗传标记的种类
• 1.5 理想的分子遗传标记应具备以下特点
• 1.6 微卫星标记
• 1.6.1 微卫星的功能和产生机理
• 1.6.2 微卫星DNA的特性
• 1.6.3 微卫星技术的运用
• 1.6.4 运用微卫星进行遗传多样分析的原理和方法
• 1.7 本研究的目的和意义
• 1.8 本实验的创新点
• 二、材料与方法
• 2.1 样品采集
• 2.2 微卫星标记
• 2.3 药品和酶
• 2.4 药品配制
• 2.5 主要实验仪器
• 2.6 实验方法
• 2.7 统计分析
• 2.7.1 等位基因频率
• 2.7.2 有效等位基因数
• 2.7.3 遗传杂合度、平均遗传杂合度以及多态座位百分数
• 2.7.4 多态信息含量
• 2.7.5 遗传距离
• 2.7.6 聚类分析
• 三、结果与分析
• 3.1 基因组DNA的检测
• 3.2 PCR产物的检测
• 3.3 基因型的检测
• 3.4 三个品种（类型）猪在6个微卫星位点上的等位基因数
• 3.5 三个品种（类型）猪在6个微卫星位点上的有效等位基因数
• 3.6 三个品种（类型）猪在6个微卫星位点的各等位基因的频率
• 3.7 三个品种（类型）猪在6个微卫星位点的多态信息含量
• 3.8 三个品种（类型）猪在6个微卫星位点的遗传杂合度
• 3.9 三个品种（类型）猪在6个微卫星位点的SHANNON指数（SI）
• 3.10 群体内遗传变异性
• 3.11 品种（类型）间遗传变异
• 四、讨论
• 4.1 试验样本和微卫星标记
• 4.1.1 关于实验材料与实验方法
• 4.1.2 抽样方式和样本含量
• 4.1.3 微卫星技术的局限
• 4.1.4 分子遗传标记分析方法的不完善
• 4.2 关于实验技术
• 4.2.1 PCR反应条件的确定
• 4.2.2 凝胶电泳反应条件的确定
• 4.2.3 电泳图谱目标带的判读
• 4.2.4 群内的遗传变异
• 4.3 关于贵州地方猪遗传资源的保护与开发利用
• 五、结论
• 参考文献
• 附录 已发表文章、参加的科研项目
• 图版