结构域组合论文-林子玉,丁莹莹,周鹏,高彩霞,冯娇娇

结构域组合论文-林子玉,丁莹莹,周鹏,高彩霞,冯娇娇

导读:本文包含了结构域组合论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献,主要关键词:AC突变体,噬菌体展示文库,筛选,人免疫球蛋白G

结构域组合论文文献综述

林子玉,丁莹莹,周鹏,高彩霞,冯娇娇[1](2015)在《SPA单结构域突变体组合噬菌体文库的构建及体外进化筛选》一文中研究指出目的使用人免疫球蛋白G(IgG)对金黄色葡萄球菌蛋白A(SPA)单结构域突变体组合文库进行体外分子进化筛选,判断不同突变体组合的特异结合优势,探索优势组合分子结构与功能间的关系。方法通过Overlap PCR获得SPA中A和C单结构域突变体片段组合构成的噬菌体文库,再使用人IgG对文库进行体外亲和筛选,期望通过对特定结合分子的定向改造及体外进化获得具有高结合优势的组合分子。结果成功构建符合体外筛选要求的SPA单结构域A在29、30位氨基酸定点突变文库(A1)、SPA单结构域C在36、37位定点突变文库(C1)和SPA单结构域A在37位后插入3个氨基酸随机肽(AI37)、SPA单结构域C在20位后插入3个随机连接肽(CI20),将A1、C1随机组合构建的噬菌体展示文库命名为库A1C1,将AI37、CI20随机组合构建的噬菌体展示文库命名为库AI37CI20。两个文库各自经过4、5轮亲和筛选,文库进化完全。Phage-ELISA高光密度值的单克隆,测序结果分析为A(Q29K30)A(I29I30)和AI-TQSA。结论通过定向改造技术获得了高结合能力的定点突变分子A(Q29K30)A(I29I30)和插入突变分子AI37-TQSA,为Ig结合分子的定向改造及具有新的Ig结合特性的重组Ig结合分子的进一步研究奠定了基础。(本文来源于《安徽医科大学学报》期刊2015年09期)

林子玉[2](2015)在《SpA单结构域突变体组合噬菌体文库的构建及体外进化筛选》一文中研究指出免疫球蛋白结合蛋白(immunoglobulin(Ig)-binding proteins,IBPs)是由多种病原菌产生,与免疫球蛋白之间以非抗原形式结合,是一种重要的致病因子。其中代表分子包括有部分大消化链球菌表面蛋白L(Peptostreptococcus magnus protein L,Pp L)、链球菌(C群和G群)蛋白G(Streptococcal protein G,Sp G)和金黄色葡萄球菌蛋白A(Staphylococcal protein A,Sp A)等等。这类分子是由数目不同的功能相似的单结构域组合形成。因其独特结合特性,该类分子在抗体纯化、鉴定,抗体吸附治疗和病原体特异性抗体检测等方面应用广泛。利用体外分子进化获得了由Sp A A Ig结合结构域和Sp A C Ig单结构域随机重新组合构成的重组分子Sp A-AC,该分子是由Sp A中的E、D、A、B、C和Sp G中的B2、B3各单结构域随机重组后,利用噬菌体展示技术筛选出来的具有高结合活性的重组IBPs。因此,为了获得具有更高结合活性的免疫球蛋白结合分子,本研究对Sp A的A和C结构域上Fc结合位点氨基酸进行随机突变,构建噬菌体展示文库A1C1,对Sp A的A和C结构域上Fc结合位点周围的氨基酸进行随机插入突变,构建噬菌体展示文库AI37CI20。本研究的研究目的是,期望获得对人Ig G结合能力明显增强的突变体,为细菌免疫球蛋白结构和功能的研究奠定了基础,可用于提高病原微生物感染的抗体检测效果,应用分子进化手段改进蛋白分子功能,用于提升抗体诊断试剂的检测效果。本研究共分为以下两个部分:第一部分Sp A单结构域突变体组合文库的构建构建符合体外筛选要求的Sp A单结构域A在29、30位氨基酸定点突变文库(A1)、Sp A单结构域C在36、37位定点突变文库(C1)和Sp A单结构域A在37位后插入3个氨基酸随机肽(AI37)、Sp A单结构域C在20位后插入3个随机连接肽(CI20),将A1、C1随机组合构建的噬菌体展示文库命名为库A1C1,将AI37、CI20随机组合构建的噬菌体展示文库命名为库AI37CI20,两个文库的库容分别为3.0×106和2.0×106,滴度依次为2.3×1012和2.1×1012(TU/ml)。两个文库各自经过4、5轮亲和筛选,文库进化完全。将突变后的片段经Xba I处理,将处理后的定点突变A1、C1与插入突变AI37、CI20分别与同样处理并经CIAP消化的p CANTAB5S连接,转化E.coli TG1中,经M13K07拯救,获得2个AC突变体展示文库。在插入的噬菌粒上共16个单结构域中,A1:C1:AI37:CI20个数比为5:3:4:4,具有随机性。在插入的单结构域片段中,A C也等比例出现,表明2个文库突变位点碱基种类具有较好的随机性。以上结果说明构建的2个AC突变体组合噬菌体文库能满足用于体外进化筛选要求。第二部分人Ig G诱导的Sp A AC突变体组合文库体外进化研究以人Ig G包板,经过过吸附、洗脱、扩增几轮重复循环,对构建好的文库分别进行体外分子进化筛选,经过4、5轮筛选,文库中空噬菌体的完全消失,多结构域的高度聚集,提示文库进化完全。在筛选后的文库中,对出现的阳性克隆进行序列测定,Phage-Elisa进行功能验证。结果:以人Ig G对文库A1C1筛选获得AQ29K30AI29I30组合的高活性结合分子,对文库AI37CI20筛选获得AI-TQSA组合的高活性结合分子。总结(1)本研究成功构建了随机定点突变文库A1C1和随机插入突变文库AI37CI20。(2)以人Ig G包板,对两个噬菌体文库进行体外进化研究,获得了2种重新组合的组合分子AQ29K30AI29I30和AI37-TQSA。(3)Phage-Elisa功能验证组合分子AQ29K30AI29I30和AI37-TQSA的结合特性。(本文来源于《安徽医科大学》期刊2015-03-01)

徐文竹,丁莹莹,吴莉莉,张婧,冯娇娇[3](2014)在《不同亚类小鼠IgG对SpA和SpG单结构域构成的随机组合噬菌体文库的体外进化研究》一文中研究指出目的判断不同亚类小鼠IgG Fc段构像及与SpA或SpG的结合特点,采用不同亚类小鼠IgG对SpA和SpG单结构域构成的随机组合噬菌体展示文库进行亲和筛选。方法不同亚类小鼠IgG对噬菌体文库进行亲和筛选,获得具有结合优势的单结构域排列组合,噬菌体ELISA法来比较其与不同亚类小鼠IgG的结合特性,优势组合分子经原核表达蛋白,HRP标记后,ELISA法进一步来比较其与小鼠不同亚类IgG的结合特性。结果小鼠IgG1、IgG2a、IgG2b和IgG3分别经过5、4、5和5轮亲和筛选后,其文库的展示片段大小均为2个domain,表明进化完全。测序分析显示:小鼠IgG1、IgG2a、IgG2b和IgG3筛选得到的具有结合优势组合分子分别是D-D、D-D、A-C和D-C。噬菌体ELISA验证结合优势组合分子对小鼠不同亚类IgG的结合能力;蛋白经HRP标记后的ELISA结果和筛选不完全一致,但其结合强弱具有一致性,均为:IgG3>IgG2a>IgG2b>IgG1。结论得到3种不存在于天然SpA、SpG分子中,分别与不同亚类小鼠IgG具有较强结合作用的新型组合分子D-D、A-C和D-C,为进一步研究IgG Fc段构像及与SpA或SpG的结合特点提供了新的参考分子。(本文来源于《安徽医科大学学报》期刊2014年09期)

徐文竹[4](2014)在《不同亚类小鼠IgG对SpA和SpG单结构域构成的随机组合噬菌体文库的体外进化研究》一文中研究指出金黄色葡萄球菌蛋白A(staphylococcal protein A,SpA)和链球菌蛋白G(streptococcal protein G, SpG)是研究最多的细菌免疫球蛋白结合蛋白(Immunoglobulin (Ig)-binding proteins,IBPs),其中SpA的分子量大约57KDa,含有5个具有Ig结合功能且重复串联的结构域,为E、D、A、B、C。SpG分子量为65kDa,包含3个具有Ig结合功能且重复串联的结构域,为B1、B2、B3。SpA和SpG均可结合于哺乳动物IgG-Fc的CH2γ和CH3γ间的分界且与IgG-Fc的结合强,已被广泛用于制备、纯化与检测抗体、免疫沉淀试验和免疫吸附治疗,在科研、检测和治疗方面成为了重要的工具。为进一步研究SpA和SpG与Fc的结合特性,在实验室应用噬菌体展示技术对细菌免疫球蛋白结合分子SpA、SpG、PpL中单结构域构成的随机组合文库进行体外进化亲和筛选,获得了A-L (PpL的B3结构域)、A-G2、LD3、LD5、E-B-B3以及D-A-B3-B3等多种新型进化免疫球蛋白结合分子(Novel evolved Ig-binding molecules,NEIBMs)基础上,本研究采用不同亚类小鼠IgG抗体IgG1、IgG2a、IgG2b和IgG3对以SpA和SpG单结构域构成的随机组合噬菌体展示文库进行体外进化亲和筛选,以期获得与小鼠IgG1、IgG2a、IgG2b和IgG3具有不同结合活性的新型组合分子,为进一步研究不同亚类小鼠IgG Fc段构像及与SpA或SpG的结合特点提供了新的参考分子。本研究共分以下叁个部分:第一部分不同亚类小鼠IgG对以SpA和SpG单结构域构成的随机组合噬菌体文库的亲和筛选采用小鼠IgG抗体IgG1、IgG2a、IgG2b和IgG3为诱饵分子对以SpA和SpG单结构域构成的随机组合噬菌体文库进化体外进化筛选,通过“吸附”-“洗脱”-“扩增”的重复过程,经几轮筛选,以不同亚类小鼠IgG为诱饵分子的文库中掺入的空噬菌体及插入单个结构域完全消失且全部是插入两个结构域,提示文库均进化完全。对以小鼠IgG1、IgG2a、IgG2b和IgG3为诱饵分子对噬菌体文库进行亲和筛选的鉴定平板中,从第5、4、、5和5代分别都随机挑选10个阳性单克隆进行序列测定。序列测定结果经DNAssist软件进行分析,得知以小鼠IgG1、IgG2a、IgG2b、IgG3为诱饵分子筛选到的优势组合分子分别是:DD、DD、AC和DC。第二部分噬菌体ELISA方法鉴定筛选到的优势组合分子的结合能力采用噬菌体ELISA的方法进一步的验证筛选获得的代表性组合序列DD、AC和DC与不同亚类小鼠IgG的结合活性。结果表明:以小鼠的某种抗体为诱饵分子对混合的噬菌体文库筛选出的优势组合分子,在噬菌体水平上与该小鼠抗体的结合能力相对其他组合分子较强:即以小鼠IgG1为诱饵分子筛选到的组合分子为DD,其在噬菌体水平上与小鼠IgG1的结合活性相较于AC和DC较强;以小鼠IgG2a为诱饵分子筛选到的组合分子为DD,其在噬菌体水平上与小鼠IgG2a的结合活性相较于AC和DC较强;以小鼠IgG2b为诱饵分子筛选到的组合分子为AC,其在噬菌体水平上与小鼠IgG2b的结合活性相较于DD和DC较强;以小鼠IgG3为诱饵分子筛选到的组合分子为DC,其在噬菌体水平上与小鼠IgG3的结合活性相较于DD和AC较强;这种结果和我们的亲和筛选是相一致的。第叁部分噬菌体展示代表性组合分子的原核表达、纯化及功能鉴定为了进一步检测3种组合分子结合特性,我们将这3种组合分子DD、AC和DC分别克隆于原核表达载体pET32a(+)中,构建的重组表达载体pET32a-DDC、pET32a-AC和pET32a-DC、。将这3种构建好重组表达载体分别转化表达菌BL21,经IPTG诱导表达,超声破菌,离心制备细胞液及包涵体,SDS-PAGE结果分析显示,细菌胞液中出现了分子量大小为35Kda的表达蛋白,与目的蛋白理论分子量大小是相一致。然后,大量诱导表达这3种蛋白,用Ni-NTA柱亲和层析纯化,获得纯度大于90%的3种蛋白,分别命名为DD、AC和DC。将这3种经HRP标记后分别命名为HRP-DD、HRP-AC和HRP-DC,采用ELISA的方法比较这叁种蛋白和阳性对照HRP-SpA与不同亚类小鼠IgG和人IgG的结合活性。ELISA结果显示:(1)人IgG,小鼠IgG1、IgG2a、IgG2b和IgG3与HRP-SPA结合活性都很强;(2)人IgG,小鼠IgG1、IgG2a、IgG2b和IgG3与HRP-SpA、HRP-DD、HRP-AC、 HRP-DC的结合活性强弱具有一致性,且均为:人IgG>IgG3>IgG2a>IgG2b>IgG1。总结:1、本研究成功采用小鼠IgG抗体IgG1、IgG2a、IgG2b和IgG3对SpA、SpG单结构域随机组合噬菌体展示文库进行体外分子进化筛选,获得了3种新的天然分子中不存在的且分别与小鼠IgG1、IgG2a、IgG2b、IgG3具有结合优势的组合分子: DD、DD、AC和DC.2、在噬菌体水平上进一步验证了筛选结果。3、原核表达融合蛋白DD、AC和DC,HRP标记后与不同亚类小鼠IgG及人IgG结合能力弱于天然HRP-SpA分子,但是其与不同亚类小鼠IgG及人IgG结合活性的强弱均具有一致性,即:人IgG>IgG3>IgG2a>IgG2b>IgG1。本研究成功的采用不同亚类小鼠IgG抗体IgG1、IgG2a、IgG2b和IgG3对以SpA和SpG单结构域构成的随机组合噬菌体展示文库进行体外进化亲和筛选,获得了与小鼠IgG1、IgG2a、IgG2b和IgG3具有不同结合活性的新型组合分子:DD、DD、AC和DC,为进一步研究不同亚类小鼠IgG Fc段构像及与SpA或SpG的结合特点提供了新的参考分子。(本文来源于《安徽医科大学》期刊2014-03-10)

吴莉莉,祁培培,章萍萍,王锦红,张婧[5](2013)在《人和羊IgG对噬菌体展示细菌免疫球蛋白结合分子单结构域随机组合文库的体外进化筛选》一文中研究指出目的使用人和羊不同物种IgG来诱导噬菌体展示免疫球蛋白结合分子单结构域随机组合文库进行体外分子进化筛选,判断不同的Fc段构像是否具有特异的结合优势,同时探索其优势结合序列的组合特点。方法通过PCR获得金黄色葡萄球菌蛋白A(SpA)的A、B、D、E和链球菌(C和G群)蛋白G(SpG)的B2、B3各单结构域片段,构建由该6个片段随机组合的噬菌体展示文库。再分别使用人和羊IgG对文库进行体外亲和筛选,以期能够获得具有特异优势结合能力的组合分子,并在Phage ELISA的水平上进一步验证筛选结果。结果成功构建了符合进行体外进化筛选要求的噬菌体展示单结合结构域随机组合文库后,经过6轮人IgG诱导筛选,文库的展示片段大小统一为3个结构域组合分子,E-B-B3;经过6轮羊IgG诱导筛选,文库的展示片段大小也统一为4个结构域组合分子,D-A-B3-B3。Phage ELISA进一步验证最终组合序列的对人和羊IgG的结合能力。结论首次得到两种天然SpA、SpG分子中不存在的,且分别特异地与人和羊IgG具有强结合作用的新型组合分子E-B-B3、D-A-B3-B3,在人和羊IgG的纯化和检测具有很大的应用前景。(本文来源于《安徽医科大学学报》期刊2013年08期)

吴莉莉[6](2013)在《人和羊IgG诱导细菌免疫球蛋白结合分子单结构域随机组合噬菌体文库不同的体外进化结果》一文中研究指出金黄色葡萄球菌蛋白A(staphylococcal protein A,SpA)和链球菌蛋白G(streptococcal protein G,SpG)是细菌产生的特异结合宿主抗体的细菌免疫球蛋白结合蛋白(immunoglobulin (Ig)-binding proteins, IBPs)的代表分子。SpA和SpG均包含由多个的序列高度同源的结合结构域重复组成的抗体结合区,各单结构域都具有完全的结合IgG的功能。本研究构建了两个由SpA和SpG各单结构域随机组成的噬菌体展示文库,通过人和羊IgG对这两个文库进行亲和筛选,以期能够获得对人和羊IgG具有特异优势结合能力的组合分子。使用PCR扩增法制备SPA(A、B、C、E)、SPG(B2、B3)以及SPA(A、B、、D、E)、SPG(B2、B3)各结构域核苷酸片段,在片段两端通过引物引入XbaⅠ酶切位点和保护碱基,同时在3’端引入3个氨基酸大小的随机连接肽核苷酸序列,经XbaⅠ酶消化各结构域核苷酸片段,在LH连接酶作用下随机相互连接并克隆于噬菌粒载体pCANTAB5S,并转化TG1细胞,经M13K07辅助噬菌体拯救,得到Ig结合分子单结构域随机组合噬菌体展示文库。用人和羊IgG同时对两个文库进行亲和筛选,每一轮筛选后均随机挑选单克隆进行PCR鉴定,检测片段插入的大小分布情况,以评价筛选有效性;同时对筛选后文库中的单克隆进行序列测定,获得展示序列终单结构域的排列组合情况。筛选结果统一后,制备最终得到的各特异优势组合分子的单克隆噬菌体,通过噬菌体ELISA的方法来比较其与人和羊IgG的结合特性。本研究成功构建了噬菌体展示SpA (A、B、C、E)、 SpG B2、B3)(库C)以及SpA(A、B、D、E)、SpG(B2、B3)(库D)共六个单结合结构域随机组合文库。其中单结构域随机组合文库库C的库容为8.5×10~6,噬菌体库滴度为1.82×1012TU/Ml,PCR鉴定阳性片段插入率为78%(其中1个domain的组合占50%;2个domain的组合占16.7%;3个及3个以上domain的组合占8%);库D的库容为8.1×10~6,噬菌体库滴度为1.69×10~(12)TU/Ml,PCR鉴定阳性片段插入率为72%(1个domain的组合占40%;2个domain的组合占19.4%;3个及3个以上domain组合,占9.5%)。测序结果显示,各单结构域组合情况、正反向插入情况、连接肽均呈现随机分布,所建文库符合进行体外进化筛选要求。筛选最均获得了SpA天然分子中不存在的单结构域排列组合分子,库C经过人IgG诱导四轮筛选后,片段大小统一为2个domain,测序分析后组合为A-C,库C经过羊IgG诱导六轮筛选后,片段大小统一为2个domain,测序分析后组合为A-B3。库D经过人IgG诱导六轮筛选后,片段大小统一为3个domain,测序分析后组合为E-B-B3,库D经过羊IgG诱导六轮筛选后,片段大小统一为4个domain,测序分析后组合为D-A-B3-B3。噬菌体ELISA进一步证实库C得到的组合分子A-C对人IgG的结合能力高于组合分子A-B3,而组合分子A-C对羊IgG的结合能力低于于组合分子A-B3,与筛选结果完全吻合;然而,与库C筛选结果不同的是,库D得到的组合分子D-A-B3-B3对人和羊IgG的结合能力都高于组合分子E-B-B3,未显示出抗体结合的特异性。本研究成功使用人和羊IgG诱导细菌免疫球蛋白结合分子单结构域随机组合噬菌体文库完成体外进化筛选,分别获得到了与人和羊IgG具有不同结合优势的新型组合分子A-C、A-B3、E-B-B3、D-A-B3-B3,其中只有库C得到的新型组合分子分别与人和羊IgG具有特异性结合能力。本研究还可为细菌IBP结构功能以及IgG的Fc段结合分子的进一步研究提供新的手段;并为IgG的纯化、制备、检测提供了新的应用前景。(本文来源于《安徽医科大学》期刊2013-04-01)

祁培培,丁莹莹,吴莉莉,陈秋莉,王锦红[7](2012)在《人IgG四亚类对噬菌体展示Ig结合蛋白单结构域随机组合文库的体外进化筛选》一文中研究指出金黄色葡萄球菌蛋白A(Staphylococcal protein A,SpA)和链球菌蛋白G(Streptococcal protein G,SpG)是细菌产生的特异结合宿主抗体的细菌免疫球蛋白结合蛋白(Immunoglobulin(Ig)-binding proteins,IBPs)的代表分子。SpA和SpG均包含由多个序列高度同源的结合结构域重复组成的抗体结合区,各单结构域都具有完全的结合IgG的功能。为研究这些单结构域随机组合能否产生具有新结合特性的组合分子,将SpA的A、B、C、D、E以及SpG的B2、B3共7个单结合结构域随机组合构建成噬菌体展示文库后,应用人IgG1、2、3、4为诱饵分子对该文库进行4轮筛选,获得了SpA天然分子中不存在的单结构域排列组合分子D-C。在筛选过程中,阴性对照噬菌体的逐渐减少、展示两个结构域以上的噬菌体比例不断增多,尤其是D-C组合的选择性富集和其随机连接肽的严格筛选都显示了筛选的有效性和D-C组合的重要性。噬菌体ELISA进一步证实D-C与人IgG四亚类的结合能力远强于天然SpA分子。该研究应用分子进化技术首次获得了一种与人IgG四亚类具有结合优势的新型组合分子D-C,不仅可为IgG纯化、制备、检测等方面的应用提供新的候选分子,还为细菌IBP结构功能的进一步研究提供新的手段。(本文来源于《生物工程学报》期刊2012年09期)

焦豫良,王梁华,焦炳华[8](2011)在《PKSI-AT结构域及在组合生物合成研究中的应用》一文中研究指出Ⅰ型聚酮合酶(PKSI)的模块型分子结构组织方式非常适合于组合生物合成研究.结构域和模块通过二级组织方式构成了PKSI的催化单元,其它结构多肽则作为"支架".在"支架"上对结构域和模块两个水平进行突变、替换、插入、缺失等基因操作形成重组PKS,可以理性设计并获得复杂多样的新活性或高活性的聚酮化合物.利用PKSI进行组合生物合成以期获得新聚酮化合物的研究迄今已有约25年,但是目前仍不能够对PKS进行完美的理性设计,快速合成目标活性的新聚酮化合物.PKS中的酰基转移酶结构域的研究在PKS的组合生物合成研究中一直发挥着重要作用.本文结合本课题组的研究基础,对AT结构域的结构、功能及在组合生物合成研究中的最新研究成果作以分析总结.(本文来源于《中国生物化学与分子生物学报》期刊2011年03期)

黄德圣,潘卫,曹洁,庞强,唐萍[9](2010)在《构建SPA和SPG单结构域随机组合噬菌体展示文库》一文中研究指出目的构建免疫球蛋白结合分子金黄色葡萄球菌蛋白A(SPA)和链球菌蛋白G(SPG)单结构域随机组合噬菌体展示文库,为研究其分子功能与结构的关系奠定基础。方法 PCR扩增制备SPA的A、B、C、D、E结构域和SPG的B2结构域核苷酸片段,在片段两端通过引物引入XbaⅠ酶切位点和保护碱基,3'端引入3个氨基酸大小的随机连接肽核苷酸序列,各结构域核苷酸片段经XbaⅠ酶消化,在T4连接酶作用下随机相互连接并克隆于噬菌体展示载体pCANT-AB5S,克隆产物转化E.coliDH5α,提取原代库质粒转化E.coliTG1,经M13K07辅助噬菌体拯救,构建成SPA和SPG单结构域随机组合噬菌体展示文库。结果该噬菌体展示文库库容量为1.87×107cfu,滴度为1.3×1014TU/ml,文库的片段插入率近100%,其中插入多个结构域的阳性克隆占21.7%,序列分析显示各结构域之间的连接和随机连接肽序列具有随机性。结论成功地构建了SPA和SPG单结构域随机组合噬菌体展示文库,该文库在库容量、多样性和随机性方面满足体外分子进化研究的要求。(本文来源于《安徽医科大学学报》期刊2010年06期)

王兰,刘融,周艳红[10](2008)在《基于结构域组合信息预测蛋白质相互作用》一文中研究指出基于多个结构域联合作用导致蛋白质间相互作用的假设,提出了一种预测蛋白质间相互作用的新方法。使用支持向量机分析结构域组合对序列的氨基酸理化性质得到其序列特征值,同时采用统计分析的方法获取其频率特征值,最后通过融合上述两种特征估计该结构域组合间发生相互作用的可能性,并以此预测蛋白质间相互作用关系。该方法能够预测所有结构域组合间相互作用关系,且对于蛋白质相互作用关系有着较好的预测效果。(本文来源于《生物信息学》期刊2008年01期)

结构域组合论文开题报告

(1)论文研究背景及目的

此处内容要求:

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例:

免疫球蛋白结合蛋白(immunoglobulin(Ig)-binding proteins,IBPs)是由多种病原菌产生,与免疫球蛋白之间以非抗原形式结合,是一种重要的致病因子。其中代表分子包括有部分大消化链球菌表面蛋白L(Peptostreptococcus magnus protein L,Pp L)、链球菌(C群和G群)蛋白G(Streptococcal protein G,Sp G)和金黄色葡萄球菌蛋白A(Staphylococcal protein A,Sp A)等等。这类分子是由数目不同的功能相似的单结构域组合形成。因其独特结合特性,该类分子在抗体纯化、鉴定,抗体吸附治疗和病原体特异性抗体检测等方面应用广泛。利用体外分子进化获得了由Sp A A Ig结合结构域和Sp A C Ig单结构域随机重新组合构成的重组分子Sp A-AC,该分子是由Sp A中的E、D、A、B、C和Sp G中的B2、B3各单结构域随机重组后,利用噬菌体展示技术筛选出来的具有高结合活性的重组IBPs。因此,为了获得具有更高结合活性的免疫球蛋白结合分子,本研究对Sp A的A和C结构域上Fc结合位点氨基酸进行随机突变,构建噬菌体展示文库A1C1,对Sp A的A和C结构域上Fc结合位点周围的氨基酸进行随机插入突变,构建噬菌体展示文库AI37CI20。本研究的研究目的是,期望获得对人Ig G结合能力明显增强的突变体,为细菌免疫球蛋白结构和功能的研究奠定了基础,可用于提高病原微生物感染的抗体检测效果,应用分子进化手段改进蛋白分子功能,用于提升抗体诊断试剂的检测效果。本研究共分为以下两个部分:第一部分Sp A单结构域突变体组合文库的构建构建符合体外筛选要求的Sp A单结构域A在29、30位氨基酸定点突变文库(A1)、Sp A单结构域C在36、37位定点突变文库(C1)和Sp A单结构域A在37位后插入3个氨基酸随机肽(AI37)、Sp A单结构域C在20位后插入3个随机连接肽(CI20),将A1、C1随机组合构建的噬菌体展示文库命名为库A1C1,将AI37、CI20随机组合构建的噬菌体展示文库命名为库AI37CI20,两个文库的库容分别为3.0×106和2.0×106,滴度依次为2.3×1012和2.1×1012(TU/ml)。两个文库各自经过4、5轮亲和筛选,文库进化完全。将突变后的片段经Xba I处理,将处理后的定点突变A1、C1与插入突变AI37、CI20分别与同样处理并经CIAP消化的p CANTAB5S连接,转化E.coli TG1中,经M13K07拯救,获得2个AC突变体展示文库。在插入的噬菌粒上共16个单结构域中,A1:C1:AI37:CI20个数比为5:3:4:4,具有随机性。在插入的单结构域片段中,A C也等比例出现,表明2个文库突变位点碱基种类具有较好的随机性。以上结果说明构建的2个AC突变体组合噬菌体文库能满足用于体外进化筛选要求。第二部分人Ig G诱导的Sp A AC突变体组合文库体外进化研究以人Ig G包板,经过过吸附、洗脱、扩增几轮重复循环,对构建好的文库分别进行体外分子进化筛选,经过4、5轮筛选,文库中空噬菌体的完全消失,多结构域的高度聚集,提示文库进化完全。在筛选后的文库中,对出现的阳性克隆进行序列测定,Phage-Elisa进行功能验证。结果:以人Ig G对文库A1C1筛选获得AQ29K30AI29I30组合的高活性结合分子,对文库AI37CI20筛选获得AI-TQSA组合的高活性结合分子。总结(1)本研究成功构建了随机定点突变文库A1C1和随机插入突变文库AI37CI20。(2)以人Ig G包板,对两个噬菌体文库进行体外进化研究,获得了2种重新组合的组合分子AQ29K30AI29I30和AI37-TQSA。(3)Phage-Elisa功能验证组合分子AQ29K30AI29I30和AI37-TQSA的结合特性。

(2)本文研究方法

调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

结构域组合论文参考文献

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