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山东地方山羊种群边际多样性和优先保护次序

2020-12-07阅读(772)

山东地方山羊种群边际多样性和优先保护次序

论文摘要

本研究采用微卫星标记技术,选取12个座位,分析鲁波山羊、牙山黑绒山羊、内蒙古绒山羊3个种群的遗传多样性,结合本实验室已发表资料,选择使用相同座位的崂山奶山羊、莱芜黑山羊、济宁青山羊、鲁北白山羊4个种群,应用Weitzman方法和多样性贡献法,对7个种群的优先保护次序进行研究。结果如下:1.遗传多样性:（1）.鲁波山羊、牙山黑绒山羊和内蒙古绒山羊12个微卫星座位,只有个别座位为中度多态,其余均为高度多态;3个种群的有效等位基因数分别为:4.6852、3.2009、4.9616;期望杂合度分别为0.7799、0.6688、0.7663,表明山羊种群遗传变异较大,遗传基础比较广泛。（2）.对7个山羊种群的遗传分化进行分析,平均遗传分化系数为15.0%,说明85.0%的遗传变异来自群体内;根据F-统计量,82.5%的遗传变异来自于群体内。群体内平均近交系数为48.1%,表明近交严重。（3）.不同计算方法得出7个山羊种群的遗传距离值不同:标准遗传距离（Ds）范围在0.2929～1.6041之间;亲缘距离（DK）在0.4879～0.7389之间;Reynolds距离（DR）在0.592～0.1549之间;根据等位基因共享距离（DAS）,内蒙古绒山羊与莱芜黑山羊之间的距离最大。2.运用Weitzman方法,计算6个山羊种群（内蒙古绒山羊为参照种群）的遗传多样性指标:（1）.根据10个非遗传参数计算灭绝概率,7个种群的平均灭绝概率为0.290。（2）.根据DS、DK、DR、DAS,如果不对山东6个山羊种群进行保护,一段时间后,多样性将分别减少37.48%、38.58%、38.68%、36.25%。（3）.根据DS、DK、DR、DAS,6个山羊种群的绝对贡献不同,但都是济宁青山羊遗传贡献最大。（4）. DS、DK、DR、DAS计算的边际多样性值不同,根据前三种遗传距离,济宁青山羊边际多样性最大;而根据DAS,鲁波山羊边际多样性最大。（5）.依据保护潜力确定保护次序。四种遗传距离确定的保护次序基本一致,都是先对济宁青山羊进行保护,其次是牙山黑绒山羊。3.多样性贡献法将贡献分为群体内贡献和群体间分化贡献两部分,存在两种量度:（1）.基因多样性贡献:对总基因多样性（CT）贡献最大的是崂山奶山羊（1.86%）,对种群间基因多样性分化贡献最大的是莱芜黑山羊（1.42%）,CT均值为0,崂山奶山羊和牙山黑绒山羊的CT大于均值。（2）.等位基因丰富度贡献:对总等位基因丰富度（CrT）贡献最大的是莱芜黑山羊（5.39%）,且5个群体的CrT均值为3.40%。牙山黑绒山羊、崂山奶山羊和济宁青山羊的CrT的大于均值。（3）. CT和CrT呈不显著正相关（P>0.05）,两者与HT、RT呈不显著正相关。根据多样性贡献法,超过两种量度均值的群体应优先保护。本研究中牙山黑绒山羊、崂山奶山羊应首先进行保护。

论文目录

  • 英文缩略词
  • 中文摘要
  • 英文摘要
  • 1 引言
  • 1.1 确定种群优先保护次序的重要性
  • 1.2 微卫星DNA 的特点及应用
  • 1.2.1 微卫星DNA 的含义及分布
  • 1.2.2 微卫星DNA 多态性及遗传特点
  • 1.2.3 微卫星标记的特性
  • 1.2.4 微卫星标记在动物遗传育种中的应用
  • 1.3 确定种群优先保护次序的方法
  • 1.3.1 Weitzman 方法原理及应用
  • 1.3.2 多样性贡献法原理及应用
  • 1.4 本研究的目的和意义
  • 2 材料与方法
  • 2.1 实验材料
  • 2.1.1 样本采集
  • 2.1.2 主要试剂及来源
  • 2.1.3 主要仪器设备
  • 2.1.4 缓冲液及主要试剂配制
  • 2.2 实验方法
  • 2.2.1 基因组DNA 的提取与纯化
  • 2.2.2 PCR 扩增及电泳检测
  • 2.2.3 基因型判断
  • 2.3 数据统计分析
  • 2.3.1 遗传变异及遗传关系
  • 2.3.2 灭绝概率计算方法
  • 2.3.3 Weitzman 遗传多样性指标计算
  • 2.3.4 多样性贡献指标计算
  • 3 结果与分析
  • 3.1 微卫星DNA 多态性检测
  • 3.1.1 山羊全血及耳组织中提取基因组DNA
  • 3.1.2 PCR 产物检测
  • 3.1.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳检测
  • 3.2 种群内遗传多样性分析
  • 3.2.1 多态信息含量
  • 3.2.2 杂合度
  • 3.2.3 观察等位基因数和有效等位基因数
  • 3.2.4 Shannon 指数
  • 3.2.5 中性测试
  • 3.3 种群间遗传关系分析
  • 3.3.1 F-统计量
  • 3.3.2 遗传分化
  • 3.3.3 遗传距离
  • 3.3.4 系统发育分析
  • 3.4 Weitzman 遗传多样性指标
  • 3.4.1 灭绝概率
  • 3.4.2 现实多样性和期望多样性
  • 3.4.3 种群贡献、边际多样性及保护潜力
  • 3.4.4 不同距离计算的Weitzman 遗传多样性指标比较
  • 3.5 多样性贡献指标
  • 3.5.1 7 个山羊种群的贡献
  • 3.5.2 山东5 个地方山羊种群的贡献
  • 4 讨论
  • 4.1 微卫星标记的局限性及座位选择
  • 4.2 遗传距离和系统发育分析方法比较
  • 4.3 影响系统树构建和遗传分化估计准确性的因素
  • 4.4 影响灭绝概率的因素
  • 4.5 品种保护目标和保护标准
  • 4.6 Weitzman 方法对我国家畜品种保护的指导作用
  • 4.7 多样性贡献法与Weitzman 方法区别
  • 4.8 外围种群对地方山羊种群保护次序的影响
  • 5 结论
  • 5.1 遗传多样性
  • 5.2 Weitzman 遗传多样性指标
  • 5.3 多样性贡献指标
  • 参考文献
  • 致谢
  • 个人简介
  • 攻读学位期间发表论文情况

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