蜂猴属的分子系统发育及分子群体遗传学研究

论文题目: 蜂猴属的分子系统发育及分子群体遗传学研究

论文类型: 博士论文

论文专业: 发育生物学

作者: 陈静华

导师: 张红卫,张亚平

关键词: 蜂猴属,分子系统发育,线粒体,分子群体遗传

文献来源: 山东大学

发表年度: 2005

论文摘要: (一)本文的研究背景 1.蜂猴属(genus Nycticebus)概述蜂猴属(genus Nycticebus)隶属于哺乳动物纲-真兽亚纲-灵长目-原始猴亚目(Suborder strepsirrhine)-懒猴科(Family Lorisidae)。一般认为,蜂猴(Nycticebus coucang和Nycticebus bengalensis)和倭蜂猴(Nycticebus pygmaeus)是同隶属于蜂猴属的物种,它们都是体型较小的夜行性灵长类动物。蜂猴广泛分布于东南亚,在我国分布于云南南部、西南部、南部和广西西南部。倭蜂猴或小懒猴(Nycticebus pygmaeus)主要分布在越南,老挝,中国,可能也分布在柬埔寨。蜂猴是国家Ⅰ级保护动物,被列入CITES附录2,IUCN红色名录将其列为濒危物种。倭蜂猴亦属国家Ⅰ级保护动物,列入CITES附录2,IUCN将倭蜂猴列为易危物种。倭蜂猴是目前所有原始猴中研究最少的物种之一。 2.本论文选题的来源: 现实针对性:Ⅰ.蜂猴(蜂猴属)系低等的灵长类动物,蜂猴和倭蜂猴都属于珍稀物种。在灵长类系统发育研究领域中,因其具有特殊的系统发育分类地位而倍受关注。Ⅱ.蜂猴和倭蜂猴都属于濒危物种。对其研究和保护刻不容缓。理论针对性:Ⅰ.能够获得供研究的蜂猴属动物标本数量极少;蜂猴和倭蜂猴所具有的夜行、树栖、隐蔽等习性特点,使得野外观察研究极为困难。因此急需引入新的研究方法。Ⅱ.在蜂猴属的属内分类关系上,一直存在着不同的分类观点以及属内物种数量从一个到三个的争议。蜂猴属传统的分类方法主要根据形态学上的差异,包括身体大小,皮毛颜色,头部叉状条纹和其他的特征。在蜂猴属中种和亚种的界限一直尚未确定,而形态学上的相似性又造成了界定物种和亚种的困难。更多的分类学特征,而不是形态学的特征,对进一步的分类评估是有价值的。上述问题需要用分子生物学实验数据的重新检验。Ⅲ.着眼于重建蜂猴属中所有分类单位的整个系统发育关系的分子研究迄今尚未见报道。 (二)本文研究的目的、方法、内容、和成果 1.D-loop和细胞色素b基因序列与蜂猴属的分子系统发育分析

论文目录:

中文摘要

英文摘要

缩略语

第一章蜂猴属(Nycticebus)研究进展

第一节蜂猴属研究背景

1．1．1．蜂猴的形态习性

1．1．2．倭蜂猴的形态习性

1．1．3．蜂猴属传统生物学研究方法的困难

第二节蜂猴属研究的进展

1．2 蜂猴属的系统学研究

1．2．1 形态学和分类学

1．2．1．1 蜂猴属头骨差异的综合研究

1．2．1．2 蜂猴属分类研究

1．2．2 蜂猴属的细胞学研究

1．2．3 蜂猴属的叫声、生殖与行为

1．2．3．1 蜂猴的叫声与行为

1．2．3．2 蜂猴的生殖与行为

1．2．3．3 倭蜂猴的生殖与行为

1．2．3．4 蜂猴属的母—婴行为

1．2．4 蜂猴属物种的个体发育研究

1．2．5 蜂猴属的分子生物学研究

1．2．5．1 蜂猴的线粒体DNA RFLP分析

1．2．5．2 基于线粒体细胞色素b基因的蜂猴属系统发育研究

1．2．5．3 蜂猴属核糖体DNA的变异特性与其种间分化的关系

1．2．5．4 蜂猴属蛋白质多态与遗传分化

1．2．5．5 蜂猴属同工酶研究

第三节蜂猴属的分子系统发育和分子群体遗传学研究的意义

1．3．1 蜂猴属的研究刻不容缓

1．3．2 蜂猴属分子系统发育和分子群体遗传多样性研究的意义

参考文献

第二章动物线粒体D-Loop的结构和功能——蜂猴属研究运用的分子生物学理论平台1

第一节动物线粒体D-Loop的结构划分和碱基组成特点

2．1．1 动物线粒体D-Loop的结构划分

2．1．2 动物线粒体D-Loop区域的碱基组成特点

第二节动物线粒体D-Loop区域的结构特点和功能

2．2．1 概述

2．2．2 中心功能域

2．2．3 ETAS功能域

2．2．4 CSB功能域

2．2．5 二级结构

第三节动物线粒体D-loop区域在进化研究中的应用

2．3．1 概述

2．3．2 在进化研究中的应用

参考文献

第三章线粒体DNA长度变异及其形成机制——蜂猴属研究运用的分子生物学理论平台2

第一节线粒体DNA长度变异和串联重复概述

第二节串联重复形成的机制

3．2．1 串联重复序列的起源可能与其停止在复制过程相关

3．2．2 重组、转座、不等交换

3．2．3 链剪切错配

3．2．4 非法延伸模型

3．2．5 重链模型

3．2．6 轻链模型

3．2．7 TAS-限制复制模型

3．2．8 Taylor和Breden(2000)模型

第三节进化动力学：进化动力与mtDNA长度变异

3．3．1 遗传漂变与突变的平衡

3．3．2 mtDNA的双亲遗传

3．3．3 进化动力——选择

3．3．4 mtDNA长度变异的进化动力学

参考文献

第四章 D-loop和细胞色素b基因序列与蜂猴属的分子系统发育分析

第一节前言

第二节实验材料和方法

4．2．1 实验材料

4．2．2 实验方法

4．2．2．1 DNA提取

4．2．2．2 来自GenBank的序列

4．2．2．3 PCR扩增

4．2．2．4 PCR产物回收

4．2．2．5 DNA序列测定

4．2．3 数据分析

4．2．3．1 排序

4．2．3．2 序列信息分析

4．2．3．3 系统发育分析

第三节结果和讨论

4．3．1 D-loop序列分析

4．3．2 细胞色素b基因序列分析

4．3．3 系统发育分析

参考文献

第五章从线粒体基因探讨蜂猴属的分子系统发育关系

第一节前言

第二节实验材料和方法

5．2．1 实验材料

5．2．2 实验方法

5．2．2．1 DNA提取

5．2．2．2 PCR扩增

5．2．2．3 PCR产物回收

5．2．2．4 DNA序列测定

5．2．3 数据分析

5．2．3．1 排序

5．2．3．2 序列信息分析

5．2．3．3 系统发育分析

第三节实验结果

5．3．1 序列变异

5．3．2 系统发育分析

5．3．2．1 转换饱和检验

5．3．2．2 系统发育分析

第四节讨论

5．4．1 N．pygmaeus

5．4．2 bengalensis

5．4．3 N．coucang

参考文献

第六章蜂猴(Nycticebus bengalensis)和倭蜂猴(Nycticebus pygmaeus)的分子群体遗传学研究

第一节前言

第二节实验材料和方法

6．2．1 实验材料

6．2．2 实验方法

6．2．2．1 DNA提取

6．2．2．2 PCR扩增

6．2．2．3 PCR产物回收

6．2．2．4 DNA序列测定

6．2．3 数据分析

6．2．3．1 排序

6．2．3．2 序列信息分析

6．2．3．3 系统发育分析

第三节实验结果

6．3．1 序列变异

6．3．2 单倍型网络图

6．3．3 参数估算

第四节讨论

参考文献

总结

附录1 蜂猴(Nycticebus)细胞色素b基因的核苷酸序列

附录2 蜂猴(Nycticebus)细胞色素b基因的氨基酸序列

附录3 蜂猴(Nycticebus)细胞色素b基因的部分核苷酸序列

附录4 蜂猴(Nycticebus)细胞色素b基因的部分氨基酸序列

附录5 蜂猴(Nycticebus)细胞色素b基因部分核苷酸序列的碱基组成

附录6 蜂猴(Nycticebus)细胞色素b基因部分序列中的转换颠换分布

附录7 蜂猴(Nycticebus)线粒体DNA D-loop的部分核苷酸序列

致谢

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发布时间: 2006-05-30

参考文献

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