论文摘要
新疆是我国家马资源比较丰富的地区之一。新疆家马经历了遗传变异和自然选择的长期进化过程,逐渐分化形成了哈萨克马、巴里坤马、焉耆马等优良地方品种。新疆地方马具有抗严寒,耐粗饲,抗病力、持久力和适应性强等特性。同时,新疆是普氏野马起源地。普氏野马被认为是目前地球上唯一还存活的野生马,是人类宝贵的遗传资源。最终野生种群于20世纪中叶灭绝。目前,在全世界112个野生动物繁育中心和动物园饲养着大约1300匹普氏野马,遍布世界五大洲,新疆野马繁殖研究中心共有278匹,本研究通过PCR产物纯化直接测序法对新疆地方马（共25）个样品和新疆吉木萨尔野马繁殖研究中心的普氏野马（共15个样品）mtDNA D-Loop区部分序列的多态性进行检测比较分析,为明确新疆地方马和普氏野马的遗传多样性以及亲缘关系提供了科学依据。本研究得出了如下结果:（1）本研究测定了新疆3个地方马（哈萨克马、巴里坤马和焉耆马）25个个体mtDNA D-loop区部分序列15464～15866片段序列（402bp）,检测到22种单倍型。单倍型多态性（h）平均为0.969,核苷酸多态性（Pi）平均为2.53%。因此表明我国新疆地方马mtDNA D-loop区部分序列存在丰富的遗传多样性。（2）本研究测定25匹新疆3个地方马mtDNA D-Loop区部分序列的Kimura 2-parameter遗传距离,发现哈萨克马与巴里坤马遗传关系最近,碱基差异平均为0.027,其次是哈萨克马与焉耆马遗传关系比较紧,碱基差异平均为0.029,而巴里坤马和焉耆马的遗传关系最远,碱基差异平均为0.030。而且不同单倍型间的mtDNA D-Loop上部分序列NJ树的分析显示,NJ树上的每个大分枝新疆各地方马品种混聚为一类,没有明显的分开聚类现象。研究结果表明我国新疆地方马的亲缘关系比较近。（3）本研究测定了15匹中国新疆吉木萨尔野马繁殖中心的普氏野马mtDNA D-loop高变区15464～15866片段序列402bp,检测到12种单倍型,平均遗传距离为0.030。单倍型多态性（h）为1±0.00116,核苷酸多态性（Pi）为2.90%。研究表明我国新疆吉木萨尔野马繁殖中心的普氏野马mtDNA D-loop区部分序列存在丰富的遗传多样性。（4）本研究测定了新疆3个地方马以及中国新疆吉木萨尔野马繁殖中心的普氏野马mtDNA D-Loop上游区段的Kimura 2-parameter遗传距离,检测到普氏野马与哈萨克马的遗传距离最远,碱基差异平均为0.037;其次是巴里坤马,碱基差异平均为0.036;普氏野马与焉耆马的的遗传距离最近,碱基差异平均为0.034。本研究用邻接法（Neighbour-Joining,NJ）,对新疆3个地方马与普氏野马的mtDNA D-Loop区部分序列分析,发现新疆地方马与普氏野马不同的大分枝上混聚在一起。结果说明新疆地方马与普氏野马亲缘关系比较近。（5）本研究的新疆3个地方马22种单倍型序列和自测的普氏野马10条序列、从GenBank中获得的不同品种马该区段的同源序列,通过Mega软件采用构建mtDNA D-Loop上游区段的系统发育树,结果显示新疆地方马22种单倍型分别存在除了外群分枝之外的所有进化枝中,推测新疆地方马属于多个母系起源。