四川烟区烤烟基因表达谱差异分析

四川烟区烤烟基因表达谱差异分析

论文摘要

烟草(Nicotiana tabacum)是一种重要的叶用经济作物,在国民经济中占有重要的地位;同时,作为一个重要的模式植物,烟草在植物分子生物学、基因工程、细胞工程、植物组织培养、植物抗性研究等方面得到了广泛的应用。在烟叶生产中,烟叶的品质及产量不仅受其自身遗传因素的控制和栽培措施的影响,而且受生态环境的制约,生态因素与烟叶品质密切相关。因此,探讨生态条件对烟草生长发育的影响,对了解烟叶品质形成的分子机制具有积极意义。本研究以四川烤烟主栽品种云烟87为试验材料,利用基因芯片技术,对宜宾、广元、凉山和攀枝花四个具有代表性的四川烤烟生态区烟叶进行了基因表达谱研究,包括基因表达量的统计、表达模式聚类分析、GO基因功能分析、Pathway信号通路分析等。本研究主要研究结果如下:1、以烟叶质量较好的米易为参照,在旺长期及打顶期,将兴文、剑阁、会理与米易鲜烟叶样品的基因表达谱进行对比分析。经过统计分析其显著性差异表达基因的数目,发现四川烤烟不同生态区之间,基因的表达存在广泛的差异。旺长期:兴文、剑阁、会理与米易样本对比,显著性差异表达基因分别达到了2395个、2746个与1705个;其中上调表达基因分别为1315个、1463个与804个;下调表达基因分别为1080个、1283个及901个。以上三组对比中,共有的显著性差异表达基因为565个,其中上调表达321个,下调表达244个。打顶期:兴文、剑阁、会理与米易样本对比,显著性差异表达基因分别为1633个、2122个及1399个;其中上调表达基因分别为837个、1202个与692个;下调表达基因分别为796个、920个及707个。以上三组对比中,共有的显著性差异表达基因为359个,其中上调表达192个,下调表达167个。2、不同生态区、不同生育期烟叶差异表达基因的GO分析表明,分子功能GO中共有catalytic activity(催化反应)、transporter activity(转运体)、binding(结合反应)等7个二级分类显著富集(P值≤0.05);细胞组成GO中共有extracellular region(细胞外区域)、cell(细胞)、membrane-enclosed lumen (膜关闭内腔)、envelope(细胞膜)、organelle(细胞器)等9个二级分类显著富集(P值≤0.05);在生物过程GO中共有metabolic process(新陈代谢过程)、cellular process(细胞进程)、anatomical structure formation(解剖结构的形成)、death(死亡)等20个二级分类显著富集(P值≤0.05)。3、不同生态区、不同生育期烟叶差异基因的Pathway通路分析表明,共有Photosynthesis-antenna proteins(光合作用-天线蛋白)、Photosynthesis(光合作用)、Carotenoid biosynthesis(类胡萝卜素生物合成)、Starch and sucrose metabolism(淀粉和蔗糖代谢)、Flavonoid biosynthesis(类黄酮生物合成)等17条差异基因显著富集的Pathway(P值<0.01)。4、对差异表达基因显著富集的光合作用、类胡萝卜素代谢、淀粉和蔗糖代谢、信号传导、植物激素代径、离子跨膜运输、形态解剖结构等7条代谢途径或功能分类进行了进一步分析,结果表明,在P值≤0.05水平上,光合作用中有LHCB、SBPas等18个基因均差异表达;类胡萝卜素代谢中有NCED等7个基因差异表达;淀粉和蔗糖代谢中SUS等22个基因差异表达;信号传导过程及植物激素代谢途径中涉及到PHYB、CRY、MPK1、GLR、CKX、RGLG等164个基因均差异表达;离子跨膜运输中,涉及到氮(AMT)、磷(PHT)、钾(HAK、KUP)、钙(CAX、DND、CLC-A)、硫(SULTR)等59个基因差异表达,以及铁(IRT3)、锌(ZIP)、氯(CLC-D、CLC-F)、钼(MOT1)、硼(BOR)等11个基因差异表达,与阳离子转运相关的CNGC、NHX、SOS等20个基因差异表达;形态解剖结构方面,包括了EXPA及MIOX等74个基因差异表达。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 1 文献综述
  • 1.1 烟叶的质量
  • 1.2 生态因素对烟叶品质形成的影响
  • 1.2.1 温度对烟叶品质的影响
  • 1.2.2 光照对烟叶品质的影响
  • 1.2.3 降水对烟叶品质的影响
  • 1.2.4 海拔对烟叶品质的影响
  • 1.2.5 土壤对烟叶品质的影响
  • 1.3 四川烤烟主产区生态条件及烟叶质量
  • 1.3.1 四川烤烟主产区生态条件
  • 1.3.2 四川烤烟主产区烟叶质量
  • 1.4 基因表达谱的研究进展
  • 1.4.1 基因表达谱的研究方法
  • 1.4.2 植物基因表达谱研究进展
  • 1.5 Real-time PCR技术
  • 1.6 立题依据
  • 2 研究内容与技术路线
  • 2.1 研究内容
  • 2.2 技术路线
  • 3 材料与方法
  • 3.1 试验材料
  • 3.1.1 烟草样品
  • 3.1.2 烟草基因表达谱芯片
  • 3.1.3 基因芯片检测设备
  • 3.2 试验方法
  • 3.2.1 采样方法
  • 3.2.2 RNA的提取及检测
  • 3.2.3 芯片检测
  • 3.2.4 数据的分析
  • 3.2.5 芯片检测结果的RT-PCR验证
  • 4 结果与分析
  • 4.1 烟草总RNA提取与质量检验
  • 4.2 烟草基因表达谱芯片数据的有效性
  • 4.2.1 烟草基因表达谱芯片数据的统计分析
  • 4.2.2 烟草基因表达谱芯片数据的聚类分析
  • 4.2.3 Real-time PCR验证
  • 4.3 差异表达基因总体特征
  • 4.3.1 旺长期
  • 4.3.2 打顶期
  • 4.4 差异表达基因功能分类
  • 4.5 差异表达基因代谢通路分析
  • 4.6 光合作用中差异表达的基因分析
  • 4.6.1 光反应中差异表达的基因
  • 4.6.2 暗反应中差异表达的基因
  • 4.7 类胡箩卜素代谢途径中差异表达的基因
  • 4.8 淀粉和蔗糖代谢途径中差异表达的基因
  • 4.9 信号传导途径中差异表达的基因
  • 4.10 植物激素代谢途径中差异表达的基因
  • 4.11 参与离子跨膜运输过程的差异表达基因
  • 4.11.1 编码大量元素差异表达的基因
  • 4.11.2 微量元素转运相关差异表达的基因
  • 4.11.3 编码阳离子差异表达的基因
  • 4.12 参与形态解剖结构形成的差异表达基因
  • 5 讨论
  • 5.1 基因芯片技术的可靠性
  • 5.2 基因芯片数据的有效性
  • 5.3 GO功能分析
  • 5.3.1 光合作用光反应中差异表达的基因
  • 5.3.2 碳固定中差异表达的基因
  • 5.3.3 信号传导及植物激素中差异表达的基因
  • 5.3.4 离子跨膜转运中差异表达的基因
  • 5.3.5 解剖结构中差异表达的基因
  • 5.4 差异表达基因富集的Pathway分析
  • 5.4.1 类胡萝卜素代谢途径
  • 5.4.2 淀粉和蔗糖代谢途径中差异表达的基因
  • 6 结论
  • 参考文献
  • 致谢
  • 相关论文文献

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