天然二倍体与四倍体泥鳅细胞色素b序列的比较和多样性分析

天然二倍体与四倍体泥鳅细胞色素b序列的比较和多样性分析

论文摘要

本研究以泥鳅Misgurnus anguillicaudatus为研究对象,对天然二倍体泥鳅和四倍体泥鳅细胞色素b基因序列进行了比较,探讨其进化关系。另外增加研究了泥鳅的分子地理学分布。主要内容如下:1湖北省天然二倍体泥鳅与四倍体泥鳅的细胞色素b序列比较和进化分析通过对天然二倍体泥鳅与四倍体泥鳅的细胞色素b序列进行扩增、测序,结果显示所测泥鳅样本细胞色素b基因大小均为1140bp,在1140个碱基位点中,45个变异位点,其中二倍体之间有23个变异位点,四倍体之间有14个变异位点。由二倍体泥鳅和四倍体泥鳅Cyt b基因序列推导氨基酸序列,均获得380个氨基酸。通过比对,样本间有18个氨基酸发生替代,其中10个发生在二倍体之间,8个发生在四倍体之间。在所有泥鳅样本中,核苷酸两两序列间的遗传距离变化范围为0.001-0.378(包括外群),去除外群,二倍体与四倍体之间的遗传距离变化范围为0.001-0.025。经AMOVA分析,二倍体之间(Fst=0.2529,p>0.05)和四倍体之间均无明显差异(Fst=0.0564,p>0.05),但是二倍体与四倍体之间有明显差异(Fst=0.7634,P<0.05)。利用Cyt b基因构建二倍体泥鳅和四倍体泥鳅的NJ(邻接法)分子系统发育树和MP(最大简约法)分子系统发育树,两个系统树具有相似的拓扑结构和置信度。在系统树中,二倍体泥鳅与四倍体泥鳅明显处于两个分枝,二倍体泥鳅(恩施、阳新、天门、十堰、秭归)为一枝,四倍体泥鳅(武汉、孝感、赤壁、沙市)为另一枝,二倍体泥鳅在进化树的底端,而四倍体泥鳅在进化树的顶端。这表明在自然界中,二倍体泥鳅的存在早于四倍体泥鳅,四倍体泥鳅可能是由二倍体泥鳅进化而来。这是第一次通过mtDNA Cyt b基因研究天然多倍体泥鳅的进化关系。2泥鳅的分子生物地理学分布本实验除以湖北省泥鳅为样品外,还增加了湖南、山东、重庆等省的泥鳅为样品。通过对泥鳅样品Cyt b基因序列扩增、测序,结果显示所测泥鳅样本细胞色素b基因大小也为1140bp,在1140个碱基位点中,保守位点961个,变异位点179个。在由泥鳅Cyt b基因序列推导的氨基酸序列(也均为380个氨基酸)中,有38个氨基酸发生替代。在所有泥鳅地理种群中,核苷酸两两序列间的遗传距离变化范围为0.001-0.104。不同地理种群间差异较大(P<0.05)。在分子系统树中,这些不同地理种群的泥鳅分成7个大支,并基本与不同的地理分布相呼应,分别为湖北、湖南、山东、陕西、广西、四川、重庆。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 第一章 文章综述
  • 1.1 线粒体DNA的研究进展(遗传进化)
  • 1.1.1 鱼类mtDNA全序列的组成特点
  • 1.1.2 鱼类mtDNA的特征
  • 1.1.3 mtDNA标记在鱼类分子群体遗传学上的应用
  • 1.1.4 mtDNA标记在鱼类系统学研究中的应用
  • 1.1.5 鱼类线粒体DNA序列变异与分子种(Molecular clock)
  • 1.2 本试验目的及意义
  • 第二章 二倍体泥鳅与四倍体泥鳅的细胞色素b序列比较和进化分析
  • 2.1 试验材料和方法
  • 2.1.1 实验材料
  • 2.1.2 泥鳅倍性检测
  • 2.1.3 基因组DNA的提取方法
  • 2.1.4 电泳检测DNA
  • 2.1.5 PCR扩增
  • 2.1.6 数据分析方法
  • 2.2 实验结果
  • 2.2.1 泥鳅倍性检测结果
  • 2.2.2 提取泥鳅基因组DNA的质量
  • 2.2.3 PCR扩增结果
  • 2.4 序列变异情况
  • 2.5 系统进化分析
  • 2.5.1 遗传距离
  • 2.5.2 分子系统进化树
  • 2.6 讨论
  • 2.6.1 线粒体DNA Cyt b基因的系统发育意义
  • 2.6.2 泥鳅倍性分析
  • 第三章 泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)的分子生物地理学分布
  • 3.1 实验材料和方法
  • 3.1.1 实验材料
  • 3.1.2 基因组DNA的提取、PCR的扩增和测序
  • 3.1.3 数据分析
  • 3.2 实验结果
  • 3.2.1 提取泥鳅基因组DNA的质量
  • 3.2.2 PCR扩增结果
  • 3.2.3 序列变异情况
  • 3.2.4 分子系统进化
  • 3.3 讨论
  • 3.3.1 分子生物地理学分析
  • 3.3.2 泥鳅的物种分化现状
  • 参考文献
  • 附录
  • 致谢
  • 相关论文文献

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