本文主要研究内容
作者史书砚（2019）在《面向癌症基因组学数据的基因调控网络研究》一文中研究指出：癌症是一种严重威胁人类健康和生存的疾病,它的发生和发展与基因之间的联合调控、基因与环境间的相互作用有关,是一种复杂的细胞生理过程。基因组技术的发展,完善了各种疾病的基因数据,使人们在全基因组水平上研究个体差异和疾病的发生成为可能。理解生物体的基因功能和调控机制,对癌症的科学研究和临床治疗具有重要的意义。本文面向癌症基因组学数据,建立了转录因子-microRNA协同调控基因网络模型。首先,研究了建立与癌症有关的转录因子和microRNA协同调控基因网络模型的生物信息学方法。然后,研究了转录因子-microRNA协同调控的前馈环动力学模型的推断方法。最后,通过实际数据验证了本文提出的模型。本文从TCGA数据库中获取宫颈癌相关的基因与microRNA数据,以倍数分析的对数和特征基因的错误发现率作为标准,得到与疾病相关的差异表达基因与microRNA。通过加权基因关联网络分析构建了差异基因和差异microRNA的共表达网络:使用位置权重矩阵预测了转录因子的结合位点,从而得到调控基因的转录因子;通过整理TransmiR数据库得到转录因子-microRNA调控关系对:综合以上结果最终获得23个基因-转录因子-microRNA前馈环模体。基于微分方程组模型建立了基因调控网络的前馈环模体的动力学模型,考虑微阵列基因数据噪声形式的复杂性,针对不同的噪声形式,利用方差稳定化处理推导出翘曲函数,在翘曲高斯过程回归框架下实现了模型推断和参数辨识。本文建立了多转录因子和microRNA协同调控网络模型,使用马尔科夫链蒙特卡洛算法进行参数求解并推断出隐转录因子与microRNA活性水平。根据本文所提出的混合噪声形式下多转录因子协同调控的基因网络模型,利用仿真数据验证了模型具有较高的参数辨识精度和可靠性;利用真实生物数据验证了模型具有较好的逼近能力和解释力。
Abstract
ai zheng shi yi chong yan chong wei xie ren lei jian kang he sheng cun de ji bing ,ta de fa sheng he fa zhan yu ji yin zhi jian de lian ge diao kong 、ji yin yu huan jing jian de xiang hu zuo yong you guan ,shi yi chong fu za de xi bao sheng li guo cheng 。ji yin zu ji shu de fa zhan ,wan shan le ge chong ji bing de ji yin shu ju ,shi ren men zai quan ji yin zu shui ping shang yan jiu ge ti cha yi he ji bing de fa sheng cheng wei ke neng 。li jie sheng wu ti de ji yin gong neng he diao kong ji zhi ,dui ai zheng de ke xue yan jiu he lin chuang zhi liao ju you chong yao de yi yi 。ben wen mian xiang ai zheng ji yin zu xue shu ju ,jian li le zhuai lu yin zi -microRNAxie tong diao kong ji yin wang lao mo xing 。shou xian ,yan jiu le jian li yu ai zheng you guan de zhuai lu yin zi he microRNAxie tong diao kong ji yin wang lao mo xing de sheng wu xin xi xue fang fa 。ran hou ,yan jiu le zhuai lu yin zi -microRNAxie tong diao kong de qian kui huan dong li xue mo xing de tui duan fang fa 。zui hou ,tong guo shi ji shu ju yan zheng le ben wen di chu de mo xing 。ben wen cong TCGAshu ju ku zhong huo qu gong geng ai xiang guan de ji yin yu microRNAshu ju ,yi bei shu fen xi de dui shu he te zheng ji yin de cuo wu fa xian lv zuo wei biao zhun ,de dao yu ji bing xiang guan de cha yi biao da ji yin yu microRNA。tong guo jia quan ji yin guan lian wang lao fen xi gou jian le cha yi ji yin he cha yi microRNAde gong biao da wang lao :shi yong wei zhi quan chong ju zhen yu ce le zhuai lu yin zi de jie ge wei dian ,cong er de dao diao kong ji yin de zhuai lu yin zi ;tong guo zheng li TransmiRshu ju ku de dao zhuai lu yin zi -microRNAdiao kong guan ji dui :zeng ge yi shang jie guo zui zhong huo de 23ge ji yin -zhuai lu yin zi -microRNAqian kui huan mo ti 。ji yu wei fen fang cheng zu mo xing jian li le ji yin diao kong wang lao de qian kui huan mo ti de dong li xue mo xing ,kao lv wei zhen lie ji yin shu ju zao sheng xing shi de fu za xing ,zhen dui bu tong de zao sheng xing shi ,li yong fang cha wen ding hua chu li tui dao chu qiao qu han shu ,zai qiao qu gao si guo cheng hui gui kuang jia xia shi xian le mo xing tui duan he can shu bian shi 。ben wen jian li le duo zhuai lu yin zi he microRNAxie tong diao kong wang lao mo xing ,shi yong ma er ke fu lian meng te ka luo suan fa jin hang can shu qiu jie bing tui duan chu yin zhuai lu yin zi yu microRNAhuo xing shui ping 。gen ju ben wen suo di chu de hun ge zao sheng xing shi xia duo zhuai lu yin zi xie tong diao kong de ji yin wang lao mo xing ,li yong fang zhen shu ju yan zheng le mo xing ju you jiao gao de can shu bian shi jing du he ke kao xing ;li yong zhen shi sheng wu shu ju yan zheng le mo xing ju you jiao hao de bi jin neng li he jie shi li 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自西安理工大学的史书砚，发表于刊物西安理工大学2019-07-19论文，是一篇关于癌症组学数据论文,转录因子论文,基因调控网络论文,高斯过程论文,西安理工大学2019-07-19论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自西安理工大学2019-07-19论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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