基因芯片对胃癌、食管癌和贲门癌基因表达谱的对比研究

论文摘要

胃癌、食管癌和贲门癌都为我国高发的上消化道常见肿瘤,然而它们发生发展的分子机制并不清楚,虽都发生在人上消化系统中,但其发生、发展、侵润、转移等多方面都可能存在很大不同,且贲门癌与胃癌、食管癌的分类关系还有争论。因此从分子水平研究三种肿瘤的基因表达谱,将对它们的诊断和治疗有重要的作用。 本研究制作出和肿瘤相关的寡核苷酸芯片,并用该芯片检测胃癌、食管癌和贲门癌的基因表达谱,寻找各自的表达差异基因,初步探讨其发生发展通路上的联系和区别;通过生物信息学的手段对得到的基因表达谱进行聚类分析,分析它们的相互关系,并试图找到一组基因能区别三种肿瘤。 结果筛选出在胃癌中差异表达的基因36个,其中17个基因表达水平上调,19个基因表达水平下调,在食管癌中有22个基因发生差异表达,其中13个基因上调,9个基因下调,而在贲门癌的21个差异表达基因中有13个发生上调,6个发生下调。另外对三种肿瘤的基因表达谱进行聚类分析发现三种肿瘤都被完全分开。最后,通过聚类分析结果还看出3个基因区域,分别在胃癌、食管癌和贲门癌中表达较高。 研究结果表明,三种肿瘤的表达差异基因主要和细胞凋亡、细胞周期调控、细胞外基质代谢以及信号转导等过程有关,正是它们对这些过程的作用,导致肿瘤组织具有和正常组织不同的性质。通过聚类分析发现三种肿瘤被完全分开,说明它们具有显著不同,是不同的疾病。最后通过聚类分析发现3个区域的基因各自在三种肿瘤中较高的表达,并且通过把它们的表达水平聚类可以将不同的肿瘤组织清楚地分开,通过这些少量特异性基因的表达水平,可以用来区分不同的肿瘤组织。这可能对将来的基因诊断和基因治疗有一定的参考价值。

论文目录

• 英文缩写词表
• 中文摘要
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• 第一部分 文献综述
• 1. 基因芯片技术及其应用
• 1.1 基因芯片技术概述
• 1.2 基因芯片的应用
• 2. 基因芯片在胃癌和食管癌研究上的应用
• 2.1 基因芯片在胃癌研究上的应用
• 2.2 基因芯片在食管癌研究上的应用
• 3. 贲门癌的研究现状及其和胃癌、食管癌的关系
• 3.1 贲门癌的病理学特征
• 3.2 贲门癌的分子生物学特征
• 4. 小结
• 第二部分 实验部分
• 1. 材料与仪器
• 1.1 所需材料及试剂
• 2. 实验方法
• 2.1 寡核苷酸芯片的制作
• 2.2 基因芯片检测胃癌、食管癌和贲门癌的基因表达谱
• 2.3 PCNA、MAL基因的实时荧光定量 PCR验证
• 3. 结果和讨论
• 3.1 寡核苷酸芯片制作结果
• 3.2 基因芯片检测胃癌、食管癌和贲门癌的基因表达谱
• 3.3 PCNA、MAL基因的实时荧光定量RT-PCR验证
• 第三部分 研究结果小结
• 参考文献
• 致谢