论文摘要
本文共三章: 第一章研究了大肠杆菌和酿酒酵母全基因组中密码对的使用,通过密码对的观察值与随机期望值的比较,发现密码对的使用有很强的偏好性,密码对的观察值与期望值的分布是随机的;此外,按照Boycheva定义的标准(△REG)研究了密码对的使用与基因表达水平的关系,发现酵母与大肠杆菌两类生物的密码对使用与基因表达水平的关系是相似的;高表达基因偏好△REG为正值的密码对,而低表达基因偏好△REG为负值的密码对。通过曲线的相似性分析,可以推测,真核生物酿酒酵母与原核生物大肠杆菌在密码对的使用上,其机理是相似的。 第二章研究了9种模式生物密码对的使用与生物进化的关系,以三种古核菌、三种原核生物、三种真核生物基因组为样本,分别分析了编码序列中密码对、基因间序列中三联体对的模式数目随其频数的分布,验证了这种分布是Г(α,β)分布。编码序列的分布参数α和β与基因组进化相关,基因间序列的分布参数α与进化的相关性与编码序列不同。发现古菌的编码序列进化与原核生物编码序列进化很接近,但基因间序列进化与真核生物基因间序列进化很接近。 第三章以Pyrococcus_furiosus、闪烁古生球菌、枯草杆菌、Bacillus_halodurans、大肠杆菌、酵母、和线虫基因组为样本,首先,比较了编码序列中密码对出现频数的观测值与随机期望值之差的分布,发现密码对的使,用普遍具有偏好性,但分布基本是随机的,且不同的物种所偏好的密码对和偏好的程度是不同的;对于同一个密码子与不同的终止密码组合时,其观察值与期望值的关系依赖于终止密码子的类型。其次,从密码对的碱基组成及密码子
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