应用实时荧光定量PCR技术结合DNA直接测序检测parkin基因突变

应用实时荧光定量PCR技术结合DNA直接测序检测parkin基因突变

论文摘要

背景帕金森病(Parkinson’s Disease,PD)是一种常见的神经退行性疾病,临床表现为静止性震颤、肌强直、运动迟缓、姿势步态异常等,病理以黑质多巴胺能神经元的丧失和路易氏小体(Lewy Body)的形成为特点。约lO—15%的PD患者有家族史,常染色体隐性遗传早发性帕金森综合征(autosomal recessive-early-onset parkinsonism, AREP)是指是指除符合帕金森病临床诊断标准以外,遗传方式呈常染色体隐性遗传,发病年龄≤45岁的帕金森综合征,其发病可能与Parkin基因,PINK1基因,DJ-J,基因等突变有关。国内外研究者对parkin基因进行突变分析,除点突变、小片段缺失或/和插入突变、剪切位点突变以外,还发现parkin基因存在外显子重排突变。对于呈杂合状态的外显子缺失突变及杂合或纯合状态的重复突变, DNA直接测序不能检出。为全面检测parkin基因突变,目前国外普遍采用荧光定量PCR技术结合DNA直接测序技术对parkin基因进行突变检测。目前国内仅有郭纪锋等用荧光半定量法结合DNA直接测序对parkin基因进行突变检测的报道,尚未报道有人用实时荧光定量PCR技术检测parkin基因突变,现采用实时荧光定量PCR法对parkin基因重排突变热点区域—第2、3、4号进行检测。目的建立应用实时荧光定量PcR检测parkin基因外显子重排突变的技术平台,结合DNA直接测序方法对本组21个AREP家系先证者进行parkin基因突变分析。验证荧光半定量法检测parkin基因重排的有效性及敏感度。方法采用实时荧光定量PcR技术检测parkin基因外显子重排突变,结合DNA直接测序方法检测parkin基因点突变、小片段插入或/和缺失突变。设置beta globin基因为内对照,建立parkin基因和6etaglobin基因的标准曲线,根据已建立的标准曲线计算parkin基因和betaglobin基因相对于标准品的起始拷贝数比率,parkin基因相对比值为parkin基因相对起始拷贝数与beta globin基因相对起始拷贝数的比值。结果应用实时荧光定量PcR技术对21个AREP家系先证者进行parkin基因外显子重排突变检测,发现并验证了荧光半定量法检测出的lO个parkin基因第2、3、4号外显子重排(杂合及纯合缺失),并发现另外存在的1个杂合缺失,1个纯合缺失,在新增的患者中发现l例3号外显子重复。发现parkin基因正常外显子相对拷贝数比值均在0.8-1.2之间,杂合缺失相对拷贝数比在O.4-O.6之间。重复突变相对拷贝数比值)1.4,纯合缺失<0.1,均在目前公认的正常参考范围之内。结论建立应用实时荧光定量PCR检测parkin基因外显子重排突变的技术平台,并运用实时荧光定量PCR技术再次验证了郭纪锋博士的荧光半定量法结果,同时发现另外parkin基因外显子1个杂合缺失、1个纯合缺失和1个重复,提示实时荧光定量PCR法以gDNA为模板检测外显子重排具有很高的灵敏度和可靠性。发现了本组新增患者parkin基因第4号外显子存在的2个单核苷酸多态:纯合c.500G—A,杂合c.500G—A,均为己报道SNP。

论文目录

  • 中文摘要
  • 英文摘要
  • 第一章 前言
  • 第二章 材料和方法
  • 2.1 主要实验仪器、试剂与耗材
  • 2.2 研究对象及基因组 DNA 的提取
  • 2.3 实时荧光定量技术
  • 2.3.1 引物设计
  • 2.3.2 反应体系
  • 2.3.3 反应条件
  • 2.3.4 标准曲线
  • 2.3.5 融解曲线
  • 2.3.6 扩增曲线
  • 2.3.7 管家基因
  • 2.3.8 parkin 基因各外显子相对拷贝数的分析
  • 2.4 DNA 直接测序技术
  • 2.4.1 引物设计
  • 2.4.2 PCR 反应
  • 2.4.3 DNA 序列分析
  • 第三章 结果
  • 3.1 实时荧光定量 PCR 结果
  • 3.1.1 实时荧光定量 PCR 检测方法的建立
  • 3.1.2 AREP家系检测结果
  • 3.2 DNA 直接测序结果
  • 第四章 讨论
  • 第五章 结论
  • 第六章 参考文献
  • 第七章 帕金森病相关致病基因研究进展
  • 第八章 致谢
  • 相关论文文献

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