论文摘要
棉花作为纤维的重要来源,是一种重要的经济作物,在世界经济中发挥着重要的作用。cDNA文库构建和筛选是基因克隆的重要方法之一,它是目前发现新基因和研究基因功能的基本工具,从cDNA文库中可以筛选到目的基因,并直接用于该基因的表达。本研究中构建了海7124-3到6DPA胚珠（含纤维）的cDNA文库,并从cDNA文库中随机挑取了1万多个单克隆进行5’端测序,得到了EST序列,并对EST序列进行功能预测与代谢分析、EST-SSR分析、定位及作图。1、海7124 cDNA文库的构建及随机测序利用clontech公司的SMART技术构建了海岛棉海7124-3～6DPA的胚珠（含纤维）的cDNA文库,从构建的海7124 cDNA文库中随机挑取了11,970个单克隆使用载体上的通用弓1物T7进行5’端测序,获得9,034条序列,利用chromas软件对测序得到的序列进行分析,一共获得8,783条＞500bp序列。使用Cap3程序对经过分析后的序列进行拼接,获得3,505条Unigenes。将3,505条Unigenes分别与网上下载的陆地棉TM-1数据库中的32,190条EST序列进行BLASTn分析序列相似性,E-value≤1e-100,其中有1,110（31.67%）条EST在TM-1数据库中能找到相似性的序列,有2,395（68.33%）条在TM-1中找不到相似性的序列;再与网上下载的棉花的所有EST序列共281,233条进行BLASTn分析序列相似性,E-value≤1e-100,其中有3173（90.53%）条EST在棉花所有EST序列数据库中能找到相似性的序列,有332（9.47%）条在棉花所有EST序列中找不到相似性的序列。2、Unigenes的功能分析和代谢分析将获得3,505条Unigenes利用BLAST2G0在线软件进行功能分析和代谢分析,结果显示,在代谢途径分析中,有1574条（44.9%）EST有代谢途径的,其中碳水化合物代谢（314,19.9%）最多,其次是氨基酸代谢（246,15.6%）;在功能分析中,将已知功能的EST按照细胞组分、分子功能和生物进程分为三大类,在细胞组分一类中,大多数被归类为细胞（cell,59%）和细胞器（organelle,26%）两类;在分子功能的分类中,结合（binding,41%）和催化活性（catalyticactivity,37%）居多;在生物进程的分类中,分为细胞进程（cellular process,30%）和代谢进程（metabolicprocess,26%）的比较多。3、EST-SSR标记的开发及定位将这3,505条Unigenes应用于EST-SSR分析,利用AutoSSR软件的分析获得了191条（11.38%）含SSR的序列,其中包含有208个SSR,利用primer 3在线对这191条EST序列中设计了52对SSR引物,首先对作图群体的亲本TM-1和海7124进行引物的筛选,检测设计引物的多态性,获得了23对有多态性的SSR引物,将有多态性的SSR引物再检测它们在海7124和TM-1回交群体BC1中的分离情况,除去分离结果不理想得5对引物,共有18对引物产生了19个多态位点,并分别定位到10条染色体上,再应用于BC1群体的图谱构建。