山羊Agouti基因与毛色表型相关分析及其遗传变异的研究

论文摘要

本试验根据GenBank上已发表的牛（X99691）、猪（AJ427478）马（AF288358）和人的Agouti基因序列设计引物,扩增山羊Agouti基因外显子1和内含子1的部分序列片断,内含子1的部分序列与本实验室之前测得的山羊Agouti基因序列片断（GenBank序列号:EF587236）进行拼接,得到5270bp长度的山羊Agouti基因序列。比对分析我们得到的序列,又发现了2个SNPs,再对编码区外显子4的唯一SNP位点进行分析,根据拼接结果命名这些突变位点,分别为399C＞T、128delT和5701G＞T。其中,5701G＞T的突变引起了山羊Agouti信号蛋白125位上氨基酸的改变（甘氨酸→缬氨酸）。本试验仅选取128delT和5701G＞T两个位点进行研究。本研究利用PCR-RFLP技术对9个中国地方山羊品种,总共545个样品的山羊Agouti基因5701G＞T位点进行研究。在5701G＞T位点上检测到2个等位基因,存在3种基因型:TT、TG和GG。其中,T等位基因在被检测的大多数山羊品种中是优势等位基因,再结合相应山羊品种的毛色表型进行相关性分析,我们推测,5701G＞T位点的T等位基因与山羊的黑色表型有关或者是该位点与控制山羊黑色表型的位点存在连锁关系。遗传多样性分析指标表明,5701G＞T位点在中国黑色山羊品种中的遗传多样性较低。群体遗传分化分析结果表明,9个地方山羊群体间的遗传分化系数仅为0.2615。聚类分析也基本符合毛色表型的分类,并且在不同的群体中,随着T等位基因频率的升高,其成年体重降低,这可能是由于Agouti基因外显子4中的5701G＞T位点与山羊的生长速度有关。本研究同样利用PCR－RFLP技术检测了128delT缺失突变位点在国内十个山羊品种中的多态性并与毛色进行了相关性分析。结果表明,128delT缺失位点存在两个等位基因A（缺失）和B（不缺失）,共产生三种基因型AA、AB和BB,其中AB基因型在白色山羊品种中占优势（76.14%）,AA基因型在棕褐色山羊品种中频率较高（78.69%）,BB基因型是黑色山羊品种的优势等位基因型（75.86%）,推测该位点可能在山羊毛色形成过程中发挥一定作用。128delT缺失位点在被检测的10个山羊品种的平均期望杂合度仅为0.4718,基因流为0.3190,遗传分化系数为0.4393,这些都表明这10个山羊群体间遗传分化程度较低,遗传多样性相对贫乏。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 1 引言
• 1.1 毛色遗传研究现状
• 1.2 AGOUTI基因的研究
• 1.2.1 Agouti基因的作用机理
• 1.2.2 Agouti基因的研究现状
• 1.3 试验中所涉及的分子标记方法
• 1.3.1 单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）
• 1.3.2 限制性片断长度多态性（Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP）
• 1.4 本研究的目的、意义及主要内容
• 1.4.1 研究的目的和意义
• 1.4.2 研究的主要内容
• 2 材料与方法
• 2.1 试验材料
• 2.1.1 试验山羊样品来源及采样方法
• 2.1.2 主要仪器设备
• 2.1.3 溶液试剂配制
• 2.1.4 主要分子生物学软件
• 2.2 主要试验方法和步骤
• 2.2.1 山羊DNA的提取
• 2.2.2 基因组DNA浓度和纯度的检测
• 2.2.3 Agouti基因PCR引物的设计与合成
• 2.2.4 Agouti基因PCR产物的测序与分析
• 3 结果与分析
• 3.1 样品基因组DNA的提取结果
• 3.2 AGOUTI基因序列的获得与分析
• 3.2.1 Agouti基因外显子1和内含子1部分片断的扩增
• 3.2.2 Agouti基因外显子1和内含子1扩增产物的测序结果
• 3.3 不同物种间AGOUTI基因内含子3序列片断的比对及扩增结果
• 3.4 AGOUTI基因内含子1突变位点128DELT的PCR—RFLP结果分析
• 3.4.1 Agouti基因内含子1突变位点128delT测序结果的比对分析
• 3.4.2 Agouti基因内含子1突变位点128delT的扩增和酶切电泳结果
• T的PCR—RFLP结果分析'>3.5 AGOUTI基因外显子4突变位点5701G>T的PCR—RFLP结果分析
• T测序结果比对分析'>3.5.1 Agouti基因外显子4突变5701G>T测序结果比对分析
• T的PCR扩增和酶切电泳结果'>3.5.2 Agouti基因外显子4突变5701G>T的PCR扩增和酶切电泳结果
• 3.6 AGOUTI基因缺失突变位点128DELT的群体遗传学分析
• 3.6.1 基因型及基因频率的分布
• 3.6.2 128delT位点在不同山羊品种中的遗传多样性
• 3.6.3 128delT位点在十个山羊品种中的遗传分化
• T的群体遗传学分析'>3.7 AGOUTI基因外显子4突变位点5701G>T的群体遗传学分析
• 3.7.1 基因型及基因频率的分布
• T位点在不同山羊品种中的遗传多样性'>3.7.2 5701G>T位点在不同山羊品种中的遗传多样性
• T位点在9个地方山羊品种中的遗传分化'>3.7.3 5701G>T位点在9个地方山羊品种中的遗传分化
• 4 讨论
• 4.1 样品DNA的提取
• 4.2 PCR的扩增
• 4.3 降落PCR（TOUCHDOWN PCR,TD-PCR）
• 4.4 山羊AGOUTI基因外显子1和内含子1部分序列的获得
• 4.5 山羊AGOUTI基因与其毛色表型的联系
• 4.5.1 128delT缺失位点与山羊毛色表型的联系
• T突变位点与山羊毛色表型的联系'>4.5.2 5701G>T突变位点与山羊毛色表型的联系
• 4.6 山羊AGOUTI基因在不同群体中的遗传多样性及遗传分化
• 4.6.1 128delT位点在不同群体中的遗传多样性及遗传分化
• T位点在不同群体中的遗传多样性及遗传分化'>4.6.2 5701G>T位点在不同群体中的遗传多样性及遗传分化
• 参考文献
• 在读期间发表的论文
• 作者简历
• 致谢
• 附录