淇河鲫ISSR和Cytb分子遗传特征的研究

论文摘要

淇河鲫（Carassius auratus in Qihe River）属鲤形目（Cypriniformes）,鲤科（Cyprinidae） ,鲫属（Carassius Jarocki） ,产于河南淇河,是天然三倍体雌核发育鲫鱼。淇河鲫生长快、味道美、效益高,具有良好的开发前景。因淇河鲫这些独特的特性,对淇河鲫分子遗传学和进化遗传学等方面的研究成为众多学者感兴趣的课题。本研究利用ISSR和Cytb技术对淇河鲫和其他野生鲫鱼群体进行遗传多样性和遗传距离的分析,旨在探讨淇河鲫的遗传进化和其他近缘种的亲缘关系。以期为淇河鲫的种质资源和遗传育种提供理论依据。1.淇河鲫和2野生鲫鱼群体遗传多样性的ISSR分析应用ISSR技术对淇河鲫、金堤河鲫、沁河鲫3个群体进行遗传多样性研究。结果表明:（1）筛选8个引物共得到94个扩增位点,其中多态位点82个,多态位点百分率87.23%。（2）Popgene分析结果,淇河鲫群体的遗传多样性水平相对较低,PPB=61.70%,H=0.2036,I=0.3085。（3）3鲫鱼群体间的遗传分化系数GST=0.1303,基因流Nm=3.3359。表明3个鲫鱼群体的遗传分化尚未达到种群的分化水平。（4）金堤河鲫和沁河鲫群体间遗传距离较近,淇河鲫有一定的遗传分化,形成了较稳定的、独立的遗传结构。2.淇河鲫和8野生鲫鱼群体及其近缘物种鲫鱼的Cytb遗传分析用细胞色素b（Cytb）基因特异性引物,对淇河鲫和另外8种野生鲫鱼群体的线粒体Cytb基因进行PCR扩增和双向测序。9种鲫鱼群体均得到序列一致的Cytb基因全序列,长度约为1140bp。除九鲤湖鲫和大塘港鲫外,淇河鲫与另6群体鲫鱼的Cytb基因序列几乎没有发生变异。淇河鲫T、C、A、G的含量分别为29.1%、27.9%、28.6%和14.4%,A+T的含量（57.7%）明显高于G+C的含量（42.3%）,除九鲤湖鲫外,淇河鲫与8群体鲫鱼Cytb基因序列的碱基组成相差不大。淇河鲫Cytb基因序列显示出较明显的碱基偏倚,其中G的含量较低,在Cytb基因全序列中仅占14.4%,在密码子的第1位上仅为9.3%,其次是第3位点为14.0%,第2位点基本不偏倚,另8群体也表现出这一特征。邻接法构建的分子进化系统树表明,淇河鲫与普通鲫鱼的亲缘关系最近,与萍乡肉红鲫的距离次之,与日本银鲫、希腊银鲫、日本兰氏鲫和捷克兰氏鲫的距离较远,与黑鲫的距离最远。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 文献综述
• 1.1 淇河鲫的研究概况
• 1.1.1 淇河鲫的研究背景和意义
• 1.1.2 淇河鲫的形态特征
• 1.1.3 淇河鲫的栖息环境和食性
• 1.1.4 淇河鲫的年龄和生长
• 1.1.5 淇河鲫的繁殖
• 1.1.6 淇河鲫染色体
• 1.1.7 淇河鲫的生化特征
• 1.1.8 淇河鲫消化酶活性研究
• 1.1.9 淇河鲫耐受性
• 1.1.10 淇河鲫的主要经济现状
• 1.2 分子遗传标记的种类和特点
• 1.2.1 限制性酶切片段长度多态性标记
• 1.2.2 扩增片段长度多态性标记
• 1.2.3 线粒体DNA 标记
• 1.2.4 随机扩增多态性DNA 标记
• 1.2.5 微卫星标记
• 1.2.6 间简单序列重复标记
• 1.2.7 小卫星DNA 标记
• 第二章 淇河鲫和野生鲫鱼染色体的差异
• 2.1 材料与方法
• 2.1.1 实验材料
• 2.1.2 淇河鲫与野生鲫鱼染色体标本的制备与观察
• 2.2 结果
• 2.2.1 淇河鲫染色体数
• 2.3 讨论
• 2.3.1 淇河鲫和野生鲫鱼染色体数目的差异
• 第三章 淇河鲫与两野生鲫鱼群体遗传多样性的ISSR 分析
• 3.1 材料与方法
• 3.1.1 材料
• 3.1.2 总DNA 的提取
• 3.1.3 ISSR 扩增
• 3.1.4 数据分析
• 3.2 结果
• 3.2.1 ISSR 扩增结果
• 3.2.2 群体内遗传多样性
• 3.2.3 群体间的遗传变异
• 3.3 讨论
• 3.3.1 3 个群体的遗传多样性
• 3.3.2 3 个群体的遗传分化分析
• 第四章 淇河鲫与8 野生鲫鱼群体及其近缘种Cytb 的遗传分析
• 4.1 材料和方法
• 4.1.1 实验材料
• 4.1.2 总DNA 的提取
• 4.1.3 PCR 扩增
• 4.1.4 序列分析
• 4.2 结果
• 4.2.1 PCR 扩增结果
• 4.2.2 9 群体间 Ctyb 基因序列分析
• 4.2.3 淇河鲫与8 群体鲫鱼及其近缘种鲫鱼的系统进化关系
• 4.3 讨论
• 4.3.1 淇河鲫与 8 群体鲫鱼 Cytb 基因序列的差异
• 4.3.2 淇河鲫与 8 群体鲫鱼 Cytb 基因序列核苷酸组成的差异
• 4.3.3 淇河鲫与 8 群体鲫鱼及其近缘种鲫鱼的系统进化分析
• 参考文献
• 致谢
• 攻读学位期间的科研成果