水稻白叶白穗突变体基因wlpl的图位克隆与功能分析

水稻白叶白穗突变体基因wlpl的图位克隆与功能分析

论文摘要

水稻作为世界上最重要的粮食作物之一,其产量在未来全球粮食问题中起着举足轻重的作用。光合作用作为水稻产量形成的关键因素之一,其效率的高低在很大程度上又取决于叶色,因此叶色突变体成为研究水稻光能利用率的理想材料。本研究利用Asominori在组织培养中发现的低温白叶白穗突变体wlpl为材料,开展性状鉴定、遗传分析、基因克隆及功能分析等研究,研究结果如下:1. wlp1突变体属于低温敏感的叶绿素缺陷突变体,在限制性温度23℃条件下,突变体叶片在2,3叶期出现白化现象,四叶期后开始转绿,此后与野生型差异不显著,但在抽穗期,幼穗表现出明显的白化表型。叶绿素含量测定表明,突变体在三叶期和始穗期时的叶绿素a、叶绿素b和叶绿素总量低于野生型植株。叶绿体超微结构分析表明,wlpl突变体与野生型相比,叶绿体数目变少,体积变小,没有分化出明显的片层结构,嗜锇小体明显增多。但在30℃条件下,突变体与野生型表型没有明显差异,叶绿素含量差别不大,叶绿体发育基本正常。在田间种植条件下,农艺性状考察发现,除突变体植株增高,生育期延长,其它性状及产量变化不大。2.遗传分析表明,wlp1突变表型是受一对单隐性核基因控制。本研究首先利用wlp1突变体与Nanjing11杂交衍生的F2群体中的307个突变表型单株,将该基因初步定位于第1染色体长臂的2cM的区间内。然后,利用水稻基因组数据自行开发的SSR、Indel分子标记和F2群体中1100个突变体单株,最终将突变基因精细定位在BAC克隆P0481E12大约17.5kb范围内。利用基因分析与预测网站,发现该区间有3个开放阅读框,分别为50S核糖体蛋白L13基因,热激因子基因和海藻糖合成酶基因。分别扩增测序野生型和wlp1突变体的这些基因,发现野生型与突变体在50S核糖体蛋白L13基因的编码区存在单碱基的差异(C to T),造成苏氨酸(T)变为异亮氨酸(I)。因此,我们把编码50S核糖体蛋白L13的基因确定为WLP1的候选基因。随后的转基因互补实验和RNAi干扰实验验证了该结果。3.通过搜索水稻基因组数据库发现,WLP1基因组全长2348bp,cDNA全长1033bp,包括4个外显子和3个内含子,编码228个氨基酸(分子量约为26kDa)。经过蛋白质结构域网站分析发现,该基因C端与大肠杆菌50S核糖体L13蛋白具有类似结构,包含一个序列保守的功能结构域Ribosome Protein L13,N端具有叶绿体转移肽。进化树分析表明,WLP1与来自同为禾本科植物的玉米、高粱的同源蛋白比其它生物有更近的亲缘关系。4.应用实时定量RT-PCR方法,分析了田间始穗期突变体wlp1和野生型WLP1基因在不同组织中的表达水平,结果表明在叶片中的表达量最高,叶鞘、幼穗和茎中次之,在根中的表达量最低,与GUS染色的结果一致。亚细胞定位研究表明,WLP1定位在叶绿体中,根据以上结果推测WLP1参与叶绿体的发育过程。分析WLP1基因在不同温度条件下不同发育时期的叶片中的表达发现,WLP1主要在叶片发育早期表达,随着叶片的发育表达逐渐下降,低温可增加WLP1的表达。基因突变后,wlp1基因表达上调,且低温延迟该基因的表达。同时,叶绿素合成、光合作用以及叶绿体发育相关基因的表达分析表明,低温条件下,叶绿素合成相关基因HEMA1、CAO1、DVR、YGL1以及叶绿体发育相关基因V1、V2、OsPPR1表达上调,而光合作用相关基因cab1R,cab2R, psaA,psbA和RbcL表达下调。然而,在正常温度条件下,除cab2和psaA外大部分基因的表达在野生型和突变体之间变化不大。对RNA聚合酶相关基因的表达分析发现,rpoA,rpoB和RpoTp在突变体中的表达明显上调,且低温可加剧它们的表达。这些结果表明WLP1在叶片发育的早期发挥作用,功能突变后在低温条件下引起叶绿体内翻译受损,反馈调节上游基因过量表达,而下游基因由于转录/翻译系统的受损而表达下调。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 目录
  • 图表目录
  • 英文缩略表
  • 第一章 文献综述
  • 1.1 水稻功能基因组
  • 1.2 水稻功能基因组的研究方法
  • 1.2.1 正向遗传学方法
  • 1.2.2 反向遗传学方法
  • 1.3 叶色相关突变发生的分子机制
  • 1.3.1 叶绿素的生物合成
  • 1.3.2 叶绿素的生物降解
  • 1.3.3 核-质信号传导途径
  • 1.3.4 叶绿体分化和发育相关基因的突变
  • 1.3.5 血红素代谢途径的基因突变
  • 1.3.6 植物叶绿体核糖体蛋白的研究进展
  • 1.4 叶色突变体的应用价值
  • 1.4.1 作为标记性状应用于杂交育种
  • 1.4.2 可应用于高光效育种和品种改良
  • 1.4.3 可应用在功能基因组学研究中
  • 1.4.4 可应用于植物生理学方面的研究
  • 1.5 叶色突变的分子调控机理及水稻叶色相关基因的克隆
  • 1.5.1 水稻叶绿素合成途径相关基因的克隆
  • 1.5.2 水稻叶绿素降解途径相关基因的克隆
  • 1.5.3 水稻叶绿体发育相关基因的克隆
  • 1.6 本研究的目的意义
  • 第二章 水稻低温白叶白穗突变体 wlp1 的生理学和细胞形态学分析
  • 2.1 实验材料
  • 2.2 实验方法
  • 2.2.1 温度梯度实验
  • 2.2.2 叶绿素含量的测定
  • 2.2.3 光合指标的测定
  • 2.2.4 叶绿素合成速率的测定
  • 2.2.5 叶绿体超微结构观察
  • 2.3 结果与分析
  • 2.3.1 突变体的形态学特征
  • 2.3.2 突变体 wlp1 与野生型在叶绿素含量和光合特性的差异分析
  • 2.3.3 叶绿素合成速率的测定
  • 2.3.5 wlp1 突变体叶绿体超微结构分析
  • 2.4 小结
  • 第三章 水稻低温白叶白穗基因 wlp1 的图位克隆
  • 3.1 材料和方法
  • 3.1.1 实验材料
  • 3.1.2 突变体的遗传分析
  • 3.1.3 DNA 提取方法
  • 3.1.4 SSR 及 Indel 标记的开发
  • 3.1.5 分子标记检测
  • 3.1.6 基因定位方法
  • 3.1.7 候选基因预测及测序
  • 3.3 结果与分析
  • 3.3.1 wlp1 突变体的遗传分析
  • 3.3.2 WLP1 基因初定位
  • 3.3.3 WLP1 基因精细定位
  • 3.3.4 wlp1 候选基因的鉴定
  • 3.4 小结
  • 第四章 WLP1 转基因验证及功能分析
  • 4.1 材料与方法
  • 4.1.1 转基因受体材料
  • 4.1.2 试剂、质粒和菌株
  • 4.1.3 转基因载体的构建
  • 4.1.4 基因的转化——农杆菌介导转化法
  • 4.1.5 转基因植株鉴定
  • 4.1.6 基因结构及同源性分析
  • 4.1.7 WLP1 表达模式分析
  • 4.2 结果与分析
  • 4.2.1 转基因验证
  • 4.2.2 WLP1 编码蛋白的生物信息学分析
  • 4.2.3 WLP1 基因表达分析
  • 4.2.4 叶色及光合相关基因的表达分析
  • 4.2.5 WLP1 亚细胞定位
  • 4.3 本章小结
  • 第五章 全文结论与讨论
  • 5.1 wlp1 突变体区别于一般的白化突变体
  • 5.2 wlp 的突变表型是由单碱基突变引起的
  • 5.3 WLP1 参与的叶绿体内翻译过程,调控叶绿体的发育
  • 5.4 WLP1 在叶片发育的 P4 期行使重要功能
  • 5.5 糖基化位点的突变可能导致编码蛋白的降解加速
  • 5.6 WLP1 可能在 rRNA 合成中起作用
  • 5.7 WLP1 在分子育种中的应用
  • 参考文献
  • 附录
  • 致谢
  • 作者简历
  • 相关论文文献

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