Callipyge，Meg3和DLK1基因单核苷酸多态性及其与绵羊生长发育性状的相关性研究

论文摘要

以典型群随机抽样的方法在宁夏回族自治区贺兰和盐池县分别采集87头滩羊、73头特克塞尔、70头萨福克和112头无角陶赛特的耳组织样。采用PCR-SSCP的方法研究了Callipyge,Meg3和DLK1基因部分片段的多态性,同时辅以PCR-RFLP方法检测决定Callipyge表型的单碱基A→G的突变,并分析三个基因的不同基因型与生长发育性状之间的相关性。结果如下:1.在四个绵羊品种中没有检测到决定Callipyge表型的A→G单碱基突变,但在该位点上游35bp处检测到一个C→T的突变,表现为三种基因型,为AA、AB和BB型,在滩羊、特克塞尔、萨福克和无角道塞特四个绵羊品种中的突变率为0.121、0.041、0.329、0.054。2.对绵羊、山羊、牛、猪、马、狗和兔的Callipyge基因进行同源性分析,并构建物种间分子进化树,结果显示绵羊与山羊首先聚为一类,然后依次与牛、猪、马和狗聚为一类,最后和兔聚在一起,和动物分类学结果基本一致。3.对位于Callipyge基因两侧的Meg3和DLK1基因的部分序列进行SSCP分析,检测到一些新的突变位点,DLK1基因共检测到五个突变位点,分别为54507处的G→C突变、54553处的T→C突变、54592处的C→T突变、54620处的C→T突变、54638处的T→G突变,表现为五种单倍型D-1、D-2、D-3、D-4、D-5。Meg3基因检测到两个突变位点,分别为139069处的A→G突变和139128处的G→A突变,表现为三种单倍型M-1、M-2、M-3。4.对Meg3和DLK1基因各SNP位点进行统计学分析表明,M1、M2位点间存在强的连锁不平衡（P<0.01）。D1和D2、D3、D4、D5位点,D2和D3、D4、D5位点,D3和D5位点间存在强的连锁不平衡（P<0.01）。M1和M2位点,D1和D2位点的基因频率、基因型频率、杂和度、多态信息含量等指标完全一致。对四个绵羊群体Meg3和DLK1基因7个SNP位点进行Hardy-Weinberg平衡检测结果表明,得克塞尔群体的D3和D5位点,萨福克群体的M1、M2位点偏离平衡状态（0.01<P<0.05）,其余位点处于平衡状态。5.对影响生长发育性状各指标的分析表明,品种效应占主导地位,品种与生长发育性状间存在极显著相关性（P<0.01）,性别对生长发育性状影响不显著（P>0.05）,进一步分析四个绵羊群体三个基因的不同基因型和单倍型对生长发育的影响表明:Callipyge,Meg3和DLK1基因对无角陶赛特、萨福克和得克塞尔群体的生长育性状影响不显著（P>0.05）,Callipyge和Meg3基因的不同基因型和单倍型在滩羊的体高,体长和胸围性状上存在显著差异（0.01<P<0.05）。

论文目录

• 中文摘要
• 英文摘要
• 第一章 文献综述
• 1. 基因组印记
• 1.1 基因组印记的可能机制
• 1.2 印记基因的特点
• 1.3 哺乳动物的基因组印记疾病
• 1.3.1 恶性葡萄胎
• 1.3.2 Wilms Tumou（WT）症
• 1.3.3 Prade-Willi 综合症（PWS）
• 1.3.4 Beckwith-wiedemann 综合症（BWS）
• 1.3.5 肝癌
• 1.4 基因组印记作用的生物学意义
• 2. Callipyge 基因
• 2.1 Callipyge 的遗传方式
• 2.2 Callipyge 基因座的定位
• 2.3 Callipyge 基因的作用机理
• 2.4 Callipyge 基因的遗传效应
• 2.5 Callipyge 基因对瘦肉率的影响
• 2.6 Callipyge 基因对屠宰率的影响
• 2.7 Callipyge 基因对肉质的影响
• 2.8 Callipyge 基因的应用
• 3. 研究目的及意义
• 第二章 Callipyge 基因多态性检测及序列分析
• 1. 材料与方法
• 1.1 样品采集
• 1.2 体重、体尺的测量
• 1.3 药品和酶
• 1.4 仪器设备
• 1.5 溶液配制
• 1.6 实验方法
• 1.6.1 绵羊基因组DNA 提取方法
• 1.6.2 DNA 浓度和纯度检测
• 1.6.3 PCR 引物的设计
• 1.6.4 PCR 最佳扩增体系和退火温度
• 1.6.5 PCR 产物的琼脂糖检测
• 1.6.6 PCR-RRLP 分析
• 1.6.7 PCR-SSCP 分析
• 1.6.8 测序
• 1.6.9 数据分析
• 2. 结果与分析
• 2.1 绵羊基因组 DNA 的提取
• 2.2 PCR 产物的检测
• 2.3 Callipyge 基因的SSCP 和RFLP 电泳检测结果
• 2.4 Callipyge 基因的测序结果
• 2.5 Callipyge 基因的基因频率和基因型频率的统计
• 2 检验'>2.5.1 四个绵羊品种Callipyge 基因基因型分布的χ²检验
• 2.5.2 Callipyge 基因SNP 位点的遗传特性分析
• 2.6 物种间Callipyge 基因序列的生物信息学分析
• 2.6.1 绵羊与其他物种的Callipyge 基因同源序列的比较
• 2.6.2 绵羊与其他物种间的系统进化分析
• 3. 讨论
• 3.1 Callipyge 基因及其变异
• 3.2 Callipyge 基因的遗传学分析
• 3.3 7 个物种Callipyge 基因同源序列分析
• 3.4 PCR-SSCP 技术的运用
• 第三章 Meg3 和DLK1 基因多态性检测
• 1. 实验材料
• 2. 实验方法
• 2.1 羊基因组DNA 的提取
• 2.2 引物的设计
• 2.3 PCR 最佳扩增体系和退火温度
• 2.4 SSCP 检测过程
• 2.5 PCR 产物的测序
• 3. 结果
• 3.1 PCR 扩增结果
• 3.2 SSCP 检测结果
• 3.3 测序结果
• 3.4 DLK1 和Meg3 基因单倍型频率和等位基因频率的统计
• 3.5 Hardy-Weinberg 平衡检测
• 2 检验'>3.6 DLK1 和Meg3 基因各别SNP 位点基因型分布的χ²检验
• 3.7 Meg3 和DLK1 基因SNP 位点的遗传特性分析
• 3.8 位点间连锁不平衡分析
• 4. 讨论
• 4.1 Meg3 和DLK1 基因SNP 位点分析
• 4.2 三个基因 SNP 位点的群体间差异分析
• 第四章 Callipyge,Meg3 和DLK1 基因多态性与绵羊生长发育性状的相关分析
• 1. 实验材料
• 2. 实验方法
• 3. 结果
• 3.1 四个绵羊群体生长发育性状的分析
• 3.2 Callipyge，Meg3 和DLK1 基因与生产发育性状的相关分析
• 4. 讨论
• 结论
• 参考文献
• 致谢
• 攻读硕士期间发表的论文