肾综合征出血热病毒基因序列分析与分子流行病学研究

论文摘要

目的 从山东省啮齿类等动物中鉴定汉坦病毒（HV）,阳性标本进行RT-PCR扩增,测定序列,与以往山东省HV病毒株一起进行序列分析和分子流行病学研究。了解它们的同源性和遗传距离,掌握山东省不同地区肾综合征出血热（HFRS）的分布特征,遗传规律,进化关系;找出山东省的代表株,克隆其M基因。为从根本上预防和控制HFRS在山东省的流行打下坚实基础并为研制HFRS特异诊断试剂和新型疫苗提供科学依据。 方法 采集山东省不同地区的鼠肺标本,应用间接免疫荧光法（IFA）鉴定出HV感染的阳性标本。根据GenBank HV M基因保守序列及相关参考文献应用Primer5软件设计HTN与SEO型通用引物及将HTN型（Ⅰ型）和SEO型（Ⅱ型）分型的型特异性引物。通过RT-PCR法扩增阳性标本中HV M片段部分基因,测序并用DNASTAR软件进行同源序列比较并构建系统发生树。观察山东省HV碱基变异情况,找出山东省的代表株,进行全M片段扩增并构建克隆载体。测序并用BLAST软件进行同源序列比较,观察核苷酸以及所推导的氨基酸变异情况:利用SignalP、DNASTAR和TmPred软件预测其信号肽序列、疏水区、抗原区及跨膜区,分析氨基酸变异对HV包膜糖蛋白生物活性的影响。 结果 1.捕获2073只啮齿目和食虫目动物,鉴定出103份HV感染阳性标本,阳性率为4.97%。 2.阳性标本经RT-PCR扩增,得到26份HV相应M片段（2003～2302nt）。 3.测序结果经核苷酸序列分析表明26份HV同源性较高在97.3～100.0%,

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