甘蓝型油菜核心遗传连锁图的构建

论文摘要

甘蓝型油菜（AACC）是一种异源四倍体作物,不仅在亚基因组A和C之间存在高度的同源性,而且在A或C亚基因组内不同染色体间也有很高的同源性。故现有开发的SSR引物多是两位点或两位点以上标记,这些标记给我们在快速准确的基因定位带来了困难。为了满足研究的需要,希望构建一张集覆盖度高和通用性好于一体的核心遗传连锁图。本研究通过分析甘蓝GSS序列以及白菜BAC序列,设计SSR引物,挑选标记在DH群体中进行定位从而构建连锁图,并从多方面对连锁图进行评价。结果表明本连锁图具有覆盖度较高和通用性较好的特点,可应用于芸薹属各物种遗传图谱的构建、整合、比较作图、基因定位和分子标记辅助选择育种等方面的研究。本研究分别使用甘蓝GSS序列和白菜BAC序列开发了2,150和3,493对通用SSR引物,分别命名为BoGMS和BrGMS。利用这些新开发的SSR引物和一个甘蓝型油菜DH群体构建了一张甘蓝型油菜核心遗传连锁图。同时,将该遗传连锁图与白菜以及拟南芥基因组标准图谱进行比对,主要结果如下：1.利用六个甘蓝型油菜品系No.2127-17、ZY821、M201、M202、S1（?）口S2对5,643对新开发的通用SSR引物进行多态性筛选,获得372对在两个亲本间表现多态性的标记用于构建甘蓝型油菜核心遗传连锁图。其中由148个BrGMS和130个BoGMS标记位点所产生的278个多态性位点被成功定位到本研究构建的甘蓝型油菜遗传连锁图上。本图谱包含已发表的85个公共标记作为锚定标记,用来命名相应的连锁群。2.本图谱共包含372个标记位点,覆盖甘蓝型油菜19个连锁群,总长1946.72cM,标记间平均距离5.23cM。连锁图上偏分离标记出现的比率为39.64%,且大多偏分离标记成簇分布在染色体的特定区域,并偏向同一亲本。3.将新开发的标记序列与白菜基因组序列进行比对,发现126个BrGMS标记（43.90%）与白菜基因组序列具有同源性,其中114个标记定位到甘蓝型油菜A基因组。4.将成功定位的372个SSR引物序列与拟南芥基因组序列比对,共有83个标记与拟南芥基因组有同源性。这些位点在拟南芥5条染色体的分布情况为：AtCh1为19个（22.9%）、AtCh2为14个（16.9%）、AtCh3为17个（20.5%）、AtCh4为12个（14.4%）、AtCh5为21个（25.3%）

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 缩略词表
• 1 前言
• 1.1 QTL作图
• 1.1.1 作图群体
• 1.1.2 遗传连锁图构建中的遗传标记
• 1.1.3 遗传连锁图构建的软件
• 1.2 甘蓝型油菜遗传连锁图
• 1.2.1 遗传连锁图的概念
• 1.2.2 甘蓝型油菜基因组
• 1.2.3 甘蓝型油菜遗传连锁图研究进展
• 1.3 核心遗传连锁图研究
• 1.4 比较作图
• 1.5 研究目的和意义
• 2 材料和方法
• 2.1 作图群体的构建
• 2.2 技术路线
• 2.3 田间试验
• 2.4 实验方法
• 2.4.1 油菜基因组DNA的提取
• 2.4.2 SSR引物来源
• 2.4.3 SSR引物的PCR扩增
• 2.4.4 PCR产物聚丙烯酰胺凝胶检测
• 2.4.5 连锁分析及图谱构建
• 2.4.6 甘蓝型油菜核心遗传连锁图与白菜标准图谱的比较分析
• 2.4.7 甘蓝型油菜核心遗传连锁图与拟南芥标准图谱的比较分析
• 3 结果与分析
• 3.1 新开发的通用SSR引物在六亲本间的多态性分析
• 3.2 不同重复类型通用SSR引物的多态性分析
• 3.3 不同重复类型通用SSR引物的带型分析
• 3.4 通用SSR引物重复长度与扩增产物多态性及带型的关系
• 3.5 甘蓝型油菜核心遗传连锁图的构建
• 3.5.1 DH群体标记基因型分析
• 3.5.2 核心遗传连锁图的构建
• 3.5.3 核心标记偏分离分析
• 3.5.4 核心遗传连锁图标记分布情况分析
• 3.6 甘蓝型油菜核心遗传连锁图与白菜的共线性分析
• 3.7 甘蓝型油菜核心遗传连锁图与拟南芥的共线性分析
• 4 讨论
• 4.1 新开发的通用SSR引物多态性及扩增产物带型分析
• 4.2 甘蓝型油菜核心遗传连锁图可靠性评价
• 4.3 核心标记可靠性分析
• 4.4 核心遗传连锁图与白菜基因组和拟南芥基因组的比较分析
• 参考文献
• 致谢
• 附录