凉山半细毛羊QTL定位初步研究

论文摘要

本研究以我国自行培育成功的凉山半细毛羊作为资源群体，对与实际生产密切相关的5个体重性状和8个羊毛性状进行了QTL连锁分析。体重性状分别是羔羊初生重、断奶重、断奶日增重、育成体重和成年体重；8个羊毛性状分别是断奶羊毛纤维长度、育成羊毛纤维长度、成年羊毛纤维长度、育成腹部羊毛纤维长度、成年腹部羊毛纤维长度、育成剪毛量成年剪毛量成年羊毛纤维直径。本研究选择了绵羊1、2、3、9号染色体上的47个微卫星标记，引物经荧光标记进行多重PCR扩增，并在ABI310测序仪上进行检测。根据测定结果，剔除了14个扩增效果不好的标记，选择了33个标记进行分析。 Cervus2.0软件统计结果显示所选微卫星标记在凉山半细毛羊群体中等位基因在3～22个之间，群体杂合度为0.258～0.867，多态信息含量为0.245～0.853；各位点排除概率范围为0.137～0.728，累计排除概率达到了0.999999。只有一个标记是低度多态，其他标记均呈现高度或中度多态性，为该群体分子水平上的研究提供了保障。利用所选的微卫星标记对试验个体进行了亲子鉴定，所选标记的累积非父排除概率(cumulative probability of exclusion，CPE)达到了99.999999％，最终确定了13个家系，试验个体总数为1003只，其中父母代480只、后代591只，最大家系为188家系(181只)，最小家系为S259(20只)。对试验群体的591个后裔的5个体重性状和8个羊毛性状进行了表型资料的简单统计分析。结果表明：初生和断奶性状与育成羊和成年羊的一些性状成显著相关，而且家系效应对某些性状有显著影响。通过对所选标记进行遗传连锁分析，构建了凉山半细毛羊基因组1、2、3、9号染色体的遗传连锁图谱。连锁图长度分别为301.6cM、316.9cM、320.5cM、173.7cM，虽然4条连锁图的长度与英国罗斯林研究所公布的最新的绵羊遗传连锁图不同，但标记顺序相同。利用QTL express在线分析程序，选择半同胞家系模型，用区间作图法对影响上述凉山半细毛羊5个体重性状和8个羊毛性状的数量性状位点进行了QTL定位分析。QTL定位结果显示：在1号染色体检测到了4个OTL位点，分别是187家系在255cM处检测到影响断奶重的QTL，并达到了显著水平；在家系187中249cM处检测到影响育成羊剪毛量的QTL，在999家系检测到2个QTL位点，分别为在155cM处检测到的影响育成羊腹毛长的QTL和149cM处检测到的影响成年羊腹毛长的OTL位点，但后面3个OTL位点

论文目录

摘要

ABSTRACT

第一部分文献综述

1 微卫星标记的研究进展及应用

1.1 微卫星标记的形成与消亡

1.2 微卫星标记的分布和功能

1.3 微卫星位点的分离方法

1.4 微卫星标记的遗传特点

1.5 微卫星标记的缺陷

1.6 微卫星标记在动物遗传育种中的应用

2 绵羊遗传连锁图谱研究进展

2.1 遗传标记的选择

2.2 作图群体

2.3 绵羊遗传连锁图谱的研究进展

2.4 绵羊物理图谱和比较图谱

3 绵羊体重和羊毛性状的研究概况

3.1 体重性状的研究

3.2 羊毛性状的研究

4 绵羊QTL定位研究进展

4.1 QTL定位的常用方法

4.2 QTL定位分析软件及网络资源

4.3 绵羊QTL定位研究的进展

5 本研究的立题背景和研究的目的意义

第二部分材料与方法

1 实验材料

1.1 试验群体

1.2 耳组织采集

1.3 主要仪器设备

1.4 主要试剂及配制

2 实验方法

2.1 表型资料的测定

2.2 样品DNA的提取

2.3 微卫星标记的选择与引物合成

2.4 PCR反应体系和反应条件

2.5 PCR产物检测

2.6 数据分析方法

第三部分结果与分析

1 基因组DNA抽提及微卫星DNA扩增结果

1.1 基因组DNA抽提结果

1.2 PCR扩增产物用琼脂糖凝胶电泳检测的结果

1.3 PCR扩增产物用ABI310测序仪检测的结果

2 微卫星标记基因分型结果

3 凉山半细毛羊亲子鉴定的结果

4 表型资料统计分析结果

4.1 表型资料简单统计分析

4.2 相关系数计算结果

4.3 各性状在不同家系影响下的方差分析结果

4.4 最小二乘分析结果

5 凉山半细毛羊遗传连锁图谱

6 1、2、3、9号染色体羊毛和体重QTL定位结果

6.1 1号染色体QTL定位结果

6.2 2号染色体QTL定位结果

6.3 3号染色体QTL定位结果

6.4 9号染色体QTL定位结果

第四部分讨论

1 关于实验方法的讨论

1.1 试验材料的采集与基因组DNA抽提

1.2 多重PCR体系的建立

1.3 关于PCR产物的检测

2 关于微卫星标记的选择

3 关于实验群体的讨论

3.1 用于QTL研究的资源参考群体

3.2 关于亲子鉴定的讨论

4 关于凉山半细毛羊的体重性状和羊毛性状

5 关于遗传连锁图谱构建的讨论

6 关于QTL定位的讨论

6.1 关于QTL定位的结果

6.2 关于QTL定位方法的讨论

6.3 关于QTL分析的准确性探讨

6.4 从QTL到基因

7 展望

第五部分结论

参考文献

致谢

附录

凉山半细毛羊QTL定位初步研究

论文摘要

论文目录

相关论文文献

猜你喜欢