小麦—黑麦抗白粉病衍生系遗传分析及其相关基因差异表达与克隆

小麦—黑麦抗白粉病衍生系遗传分析及其相关基因差异表达与克隆

论文摘要

小麦是世界上栽培面积最广且最重要的粮食作物之一,小麦产量的丰歉直接关系着世界粮食的供给。但小麦每年因病害减产约10 %~50 % ,尤其是白粉病对小麦的危害更为严重。小麦白粉病(Blumeria graminis f. sp. tritici)是目前危害我国小麦生产的主要病害之一。白粉病原菌的生理小种多,毒性变异速度快,很容易造成品种抗病性的丧失。因此,发掘、利用抗病品种,研究抗病机制是当前需要亟待解决的问题。本研究以小麦-黑麦抗白粉病衍生系为试验材料,对其白粉病抗性的遗传特性进行了分析,并通过抑制性消减杂交cDNA文库的构建和测序分析,对其抗白粉病相关基因的差异表达进行了研究,对部分基因进行了克隆。结果如下:1以小麦-黑麦衍生系N9436-1和N9436-2为材料,采用农艺性状调查、白粉病抗性鉴定、细胞学方法、基因组原位杂交、生化标记及分子标记等方法对其进行了遗传分析。结果表明,N9436-1为小麦-黑麦1R二体异附加系,对白粉病高抗至免疫且多小穗;N9436-2为小麦-黑麦6R二体异附加系,紫杆且高抗白粉病。2以抗白粉病小麦种质N9436-1为材料,利用抑制性消减杂交技术构建了白粉菌接种72h的正反交文库。正反交文库分别挑取了550个克隆进行菌液PCR鉴定,接着随机挑取鉴定为阳性的克隆进行测序。3正交文库随机挑取140个阳性克隆进行测序,去除冗余重复序列及小于100bp的序列外,递交GenBank数据库。GenBank收录号为EX567357—EX567450,dbEST-Id为50073321—50073414。对所获94个EST在NCBI的非冗余蛋白数据库进行BlastX比对,结果表明,49个EST与已知功能蛋白同源性较高,主要涉及初级代谢(2%)、能量代谢(24%)、细胞结构(2%)、转录(2%)、蛋白质合成加工与储藏(16%)、转运(4%)、信号转导(4%)及抗病防御(30%),此外,未知功能的EST占16%。经文库比对,得到白粉病抗病相关蛋白22个,其中与抗病信号转导相关蛋白6个,过敏性坏死反应(HR)体系表达蛋白2个,系统获得性抗性(SAR)体系病程相关蛋白4个,系统获得性抗性(SAR)体系诱导防卫蛋白10个。4反交文库中随机挑取120个阳性克隆进行测序,去除冗余序列和重复序列以及小于100 bp的序列后,将获得的的59个非重复序列递交GenBank。GenBank收录号为EX567298—EX567356,dbEST-Id为50073262—50073320。对所获59个EST在NCBI的非冗余蛋白数据库进行BlastX比对,结果表明,23个EST与已知功能蛋白同源性较高,主要涉及初级代谢(9%)、能量代谢(44%)、转录(4%)、转运(9%)、信号转导(4%)及抗病防御(26%),此外,未知功能的EST占4%。经文库比对,得到白粉病抗病相关蛋白7个,其中与抗病信号转导相关蛋白1个,系统获得性抗性(SAR)体系病程相关蛋白5个,系统获得性抗性(SAR)体系诱导防卫蛋白1个。5采用半定量RT-PCR方法,对文库中的部分EST进行验证。验证结果表明病程相关蛋白(Z25-1)、谷胱甘肽硫转移酶(Z440-1)、过氧化物酶(Z208)、细胞色素P450(Z219-1)、胁迫响应性蛋白(F76)、磷酸核酮糖激酶(F105)、乙二醛酶(F110-1)、羟基丙酮酸还原酶(F167)都属于白粉菌诱导型相关基因,参与抗白粉病反应中。其中病程相关蛋白、谷胱甘肽硫转移酶、过氧化物酶和磷酸核酮糖激酶属于白粉菌诱导后的上调基因,而细胞色素P450和乙二醛酶属于下调基因。6应用电子克隆技术对文库中5个EST进行延伸,然后根据序列设计引物进行RT-PCR验证。目的片段回收后测序结果分析表明,谷胱甘肽硫转移酶序列长度为875bp,有编码229个氨基酸的开放阅读框。将得到的氨基酸序列首先通过blastp分析蛋白质结构域,结果表明含有一个N端和C端谷胱甘肽硫转移酶结构域。接着利用InterProScan进行预测,发现该序列具有谷胱甘肽硫转移酶N端和C端结构域以及硫氧还蛋白折叠区结构域和谷胱甘肽硫转移酶超家族结构域。以上结果表明克隆得到一个编码谷胱甘肽硫转移酶的基因片段。利用SubLoc v1.0将该基因片段定位在细胞核上。Compute pI/Mw tool软件推测该蛋白的等电点为4.97,分子量为71910.41Da。

论文目录

  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 第一章 文献综述
  • 1.1 黑麦在小麦改良中的应用
  • 1.1.1 黑麦属分类物质
  • 1.1.2 黑麦基因在小麦育种中的重要性
  • 1.1.3 黑麦染色体特性
  • 1.1.4 黑麦遗传物质鉴定方法
  • 1.2 植物抗病性研究进展
  • 1.2.1 过敏性坏死反应
  • 1.2.2 系统获得性抗性
  • 1.2.3 植物与病原菌的互作
  • 1.2.4 小麦白粉病的发生、流行及危害
  • 1.2.5 小麦抗白粉病基因研究
  • 1.2.6 植物抗病基因克隆策略
  • 1.2.7 全长cDNA 克隆方法及其验证
  • 1.3 生物信息学及其应用
  • 1.4 本研究技术路线及预期成果
  • 1.5 本研究立题依据
  • 第二章 小麦-黑麦抗白粉病衍生系遗传学研究
  • 2.1 材料
  • 2.2 方法
  • 2.2.1 农艺性状调查
  • 2.2.2 白粉病抗性鉴定
  • 2.2.3 细胞学分析
  • 2.2.4 奥地利黑麦C-分带及核型分析
  • 2.2.5 基因组原位杂交
  • 2.2.6 高分子量麦谷蛋白亚基分析
  • 2.2.7 酸性聚丙烯酰胺凝胶电泳(A-PAGE)分析
  • 2.2.8 分子标记
  • 2.3 结果与分析
  • 2.3.1 小麦-黑麦衍生系农艺性状调查
  • 2.3.2 小麦-黑麦衍生系白粉病抗性鉴定
  • 2.3.3 小麦-黑麦衍生系细胞学分析
  • 2.3.4 奥地利黑麦C-分带及核型分析
  • 2.3.5 小麦-黑麦衍生系C-分带
  • 2.3.6 小麦-黑麦衍生系基因组原位杂交
  • 2.3.7 小麦-黑麦衍生系高分子量麦谷蛋白亚基分析
  • 2.3.8 小麦-黑麦衍生系酸性聚丙烯酰胺凝胶电泳(A-PAGE)分析
  • 2.3.9 分子标记
  • 2.4 讨论
  • 2.4.1 C 分带技术在鉴定外源遗传物质中的重要性
  • 2.4.2 黑麦优异基因在小麦育种中的应用前景
  • 第三章 小麦-黑麦抗白粉病衍生系抑制性消减杂交文库的构建
  • 3.1 材料
  • 3.2 方法
  • 3.2.1 总RNA 提取及纯化
  • 3.2.2 cDNA 文库的构建
  • 3.3 实验方案
  • 3.4 结果与分析
  • 3.4.1 总RNA 质量检测
  • 3.4.2 双链cDNA 的合成及酶切检测
  • 3.4.3 消减杂交后两轮PCR 扩增检测
  • 3.4.4 PCR 产物的克隆转化及阳性克隆的检测
  • 3.4.5 提取质粒检测
  • 3.5 讨论
  • 第四章 小麦-黑麦抗白粉病衍生系相关基因片段的生物信息学分析及表达谱的初步建立
  • 4.1 材料
  • 4.2 方法
  • 4.2.1 文库的构建与差异片段的获得
  • 4.2.2 差异片段的序列测定及生物信息学分析
  • 4.3 结果与分析
  • 4.3.1 正交文库EST 序列的比对分析
  • 4.3.2 反交文库EST 序列的比对分析
  • 4.3.3 两个文库的比较分析
  • 4.4 讨论
  • 4.4.1 植物抗白粉病反应涉及的基因
  • 4.4.2 抗病机制与抗病性改良
  • 第五章 小麦-黑麦抗白粉病衍生系部分差异片段的半定量RT-PCR 验证及表达模式分析
  • 5.1 材料
  • 5.2 方法
  • 5.2.1 小麦-黑麦衍生系总RNA 提取及纯化
  • 5.2.2 cDNA 第一链的合成
  • 5.2.3 RT-PCR 所用引物、反应体系及程序
  • 5.3 结果与分析
  • 5.3.1 循环次数的确定及模板浓度的调整
  • 5.3.2 不同基因表达模式分析
  • 5.4 讨论
  • 第六章 小麦-黑麦抗白粉病衍生系差异表达基因全长CDNA 序列的克隆与结构分析
  • 6.1 材料
  • 6.2 方法
  • 6.2.1 总RNA 的提取及纯化
  • 6.2.2 cDNA 第一链的合成
  • 6.2.3 根据已知EST 进行电子克隆延伸
  • 6.2.4 RT-PCR 验证引物设计及反应温度
  • 6.2.5 RT-PCR 反应体系及程序
  • 6.2.6 目的片段的回收、克隆及测序
  • 6.2.7 序列的生物信息学分析
  • 6.3 结果与分析
  • 6.3.1 谷胱甘肽硫转移酶 RT-PCR 分析
  • 6.3.2 谷胱甘肽硫转移酶Blastx 比对分析
  • 6.3.3 谷胱甘肽硫转移酶ORF 分析
  • 6.3.4 谷胱甘肽硫转移酶结构与功能分析
  • 6.3.5 谷胱甘肽硫转移酶其他特性分析
  • 6.4 讨论
  • 第七章 结论
  • 参考文献
  • 致谢
  • 作者简介
  • 相关论文文献

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