同义密码子重复序列中密码子的使用与比较

论文摘要

本论文共分三部分: 第一部分通过对大肠杆菌编码序列中同义密码子重复序列的研究,分析了同义密码子重复序列与全部编码序列中密码子使用的差异:发现部分密码子在同义密码子重复序列中的使用与在全序列中的使用存在很大的差异;同义密码子4重复片段中相同密码子重复有明显的位置偏好,在同义密码子重复序列中,部分密码子的使用与基因表达水平有关。 第二部分以6种模式生物闪烁古生球菌、枯草杆菌、大肠杆菌、酿酒酵母、线虫和拟南芥基因组中编码序列所翻译的氨基酸序列为样本,研究氨基酸重复序列中氨基酸的使用情况。给出了不同长度氨基酸重复片段数目的分布规律以及与生物进化的关系,得到了氨基酸重复序列中氨基酸含量随联体长度的变化趋势,以及氨基酸联体最大长度的分布与氨基酸疏亲水、体积和极性的关系。 第三部分通过上述6种生物基因组中编码序列的分析,得到关于密码子在同义密码子重复序列中的一些基本性质。结果表明一部分密码子在同义密码子重复序列中的使用与其在全编码序列中明显不同。给出了密码子的联体能力,发现密码子的联体能力各不相同,尤其对于同一个碱基构成的密码子,它们的联体能力低。在同义密码子重复序列中相同的密码子重复片段有非常明显的位置偏好。最后讨论了这些性质与基因组进化的关系。

论文目录

• 一、序言
• （一）、人类基因组计划与模式基因组计划
• （二）、与本论文相关的生物学知识
• （三）、密码子使用偏好性研究进展
• 1、基因组碱基组成与同义密码子使用的非均匀性
• 2、同义密码子使用偏好的数学描述
• 3、研究密码子偏好的意义
• 二、大肠杆菌同义密码子重复序列中密码子的使用
• （一）、引言
• （二）、材料的选取
• （三）、同义密码子重复序列的统计分析方法
• （四）、结果与讨论
• 1、二联体与三联体中各密码子的使用
• 2、四～八联体序列中密码子的使用
• 3、同义密码子二～八联体序列中各密码子的重复
• 4、总结
• 三、六种模式生物中氨基酸重复序列的统计分析
• （一）、引言
• （二）、材料的选取
• （三）、统计结果与分析
• 1、氨基酸重复率与重复最大长度平均值
• 2、氨基酸重复最大长度的分布
• 3、不同长度的氨基酸重复片段数目分布
• 4、不同长度的氨基酸重复片段中氨基酸含量的变化
• （四）、结论
• 四、六种模式生物中同义密码子重复序列的分析与比较
• （一）、引言
• （二）、材料的选取
• （三）、密码子的使用
• （四）、密码子的联体能力
• （五）、相同密码子重复的位置偏好
• （六）、结果与讨论
• 五、附录
• （一）、附录1
• （二）、附录2
• （三）、附录3
• （四）、附录4
• （五）、附录5
• 参考文献
• 英文摘要
• 致谢
• 攻读硕士学位期间发表的学术论文