本文主要研究内容
作者王伟,黄晓宇,闫尊强,马晓文,王鹏飞,谢开会,雒瑞瑞,高小莉,马艳萍,滚双宝（2019）在《猪miR-339-3p靶基因预测分析及部分靶基因验证》一文中研究指出：miRNAs (microRNAs)能够在多种生理和病理过程中发挥作用,通过相应的靶基因发挥其生物学功能,通过生物信息学预测和实验验证相结合的方法,可以快速、有效地筛选miRNA靶基因。本课题组前期通过高通量测序发现,ssc-miR-339-3p在仔猪(Sus scrofa)感染C型产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens type C)对照组和攻毒组之间发生差异表达,推测其可能在感染过程中发挥了重要作用。本研究旨在对ssc-miR-339-3p的靶基因进行生物信息学预测和分析,并对ssc-miR-339-3p和预测所得部分靶基因进行验证,探索其影响和调控仔猪腹泻的可能作用机制。利用miRBase、Ensemble、NCBI、miRTarBase等数据库和PITA、RNAhybrid、miRanda、Promoter Scan、Alibaba2.1、DAVID、Cytoscape等生物信息学软件对ssc-miR-339-3p进行转录因子结合位点分析预测、不同物种间保守性分析、靶基因预测、基因本体论(Gene Ontology, GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)信号通路富集分析;运用qRT-PCR方法对ssc-miR-339-3p和部分靶基因mRNA表达量进行验证。结果表明,miR-339-3p在各物种间高度保守;ssc-miR-339-3p启动子区域有Sp1、AP-1、C/EBPα、NF-κB、SRF、USF等多个转录因子结合位点;获得的160个靶基因显著富集于正调控MAP激酶活性、正调控细胞凋亡、负调控RNA聚合酶Ⅱ启动子转录、细胞凋亡信号通路等多个生物学过程及NF-κB、PI3K-Akt、FoxO、Toll样受体等信号转导通路。q RT-PCR结果显示,ssc-miR-339-3p表达量在耐受组(resistance groups, IR)和易感组(sensitive groups, IS)显著低于对照组(control groups, IC)(P<0.05),此结果与高通量测序结果基本一致;靶基因NFKB1和CD40的表达量在IR和IS组极显著高于IC组(P<0.01);TRAF3和IRAK1的表达量在三组之间差异不显著(P>0.05)。由此推测,ssc-miR-339-3p受到Sp1、NF-κB、USF等多种转录因子的调控,其可能通过激活NF-κB、PI3K-Akt、FoxO、Toll样受体信号通路中的靶基因NFKB1、TRAF3、IRAK1、CD40等参与仔猪腹泻的调控。本研究预测和初步验证所得靶基因,可为今后miR-339-3p在仔猪抵抗C型产气荚膜梭菌感染过程中的功能和调控机制提供一定的实验基础和理论依据,对进一步筛选仔猪抵抗C型产气荚膜梭菌病有效的分子遗传标记提供科学依据。
Abstract
miRNAs (microRNAs)neng gou zai duo chong sheng li he bing li guo cheng zhong fa hui zuo yong ,tong guo xiang ying de ba ji yin fa hui ji sheng wu xue gong neng ,tong guo sheng wu xin xi xue yu ce he shi yan yan zheng xiang jie ge de fang fa ,ke yi kuai su 、you xiao de shai shua miRNAba ji yin 。ben ke ti zu qian ji tong guo gao tong liang ce xu fa xian ,ssc-miR-339-3pzai zai zhu (Sus scrofa)gan ran Cxing chan qi jia mo suo jun (Clostridium perfringens type C)dui zhao zu he gong du zu zhi jian fa sheng cha yi biao da ,tui ce ji ke neng zai gan ran guo cheng zhong fa hui le chong yao zuo yong 。ben yan jiu zhi zai dui ssc-miR-339-3pde ba ji yin jin hang sheng wu xin xi xue yu ce he fen xi ,bing dui ssc-miR-339-3phe yu ce suo de bu fen ba ji yin jin hang yan zheng ,tan suo ji ying xiang he diao kong zai zhu fu xie de ke neng zuo yong ji zhi 。li yong miRBase、Ensemble、NCBI、miRTarBasedeng shu ju ku he PITA、RNAhybrid、miRanda、Promoter Scan、Alibaba2.1、DAVID、Cytoscapedeng sheng wu xin xi xue ruan jian dui ssc-miR-339-3pjin hang zhuai lu yin zi jie ge wei dian fen xi yu ce 、bu tong wu chong jian bao shou xing fen xi 、ba ji yin yu ce 、ji yin ben ti lun (Gene Ontology, GO)fu ji fen xi he jing dou ji yin yu ji yin zu bai ke quan shu (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)xin hao tong lu fu ji fen xi ;yun yong qRT-PCRfang fa dui ssc-miR-339-3phe bu fen ba ji yin mRNAbiao da liang jin hang yan zheng 。jie guo biao ming ,miR-339-3pzai ge wu chong jian gao du bao shou ;ssc-miR-339-3pqi dong zi ou yu you Sp1、AP-1、C/EBPα、NF-κB、SRF、USFdeng duo ge zhuai lu yin zi jie ge wei dian ;huo de de 160ge ba ji yin xian zhe fu ji yu zheng diao kong MAPji mei huo xing 、zheng diao kong xi bao diao wang 、fu diao kong RNAju ge mei Ⅱqi dong zi zhuai lu 、xi bao diao wang xin hao tong lu deng duo ge sheng wu xue guo cheng ji NF-κB、PI3K-Akt、FoxO、Tollyang shou ti deng xin hao zhuai dao tong lu 。q RT-PCRjie guo xian shi ,ssc-miR-339-3pbiao da liang zai nai shou zu (resistance groups, IR)he yi gan zu (sensitive groups, IS)xian zhe di yu dui zhao zu (control groups, IC)(P<0.05),ci jie guo yu gao tong liang ce xu jie guo ji ben yi zhi ;ba ji yin NFKB1he CD40de biao da liang zai IRhe ISzu ji xian zhe gao yu ICzu (P<0.01);TRAF3he IRAK1de biao da liang zai san zu zhi jian cha yi bu xian zhe (P>0.05)。you ci tui ce ,ssc-miR-339-3pshou dao Sp1、NF-κB、USFdeng duo chong zhuai lu yin zi de diao kong ,ji ke neng tong guo ji huo NF-κB、PI3K-Akt、FoxO、Tollyang shou ti xin hao tong lu zhong de ba ji yin NFKB1、TRAF3、IRAK1、CD40deng can yu zai zhu fu xie de diao kong 。ben yan jiu yu ce he chu bu yan zheng suo de ba ji yin ,ke wei jin hou miR-339-3pzai zai zhu di kang Cxing chan qi jia mo suo jun gan ran guo cheng zhong de gong neng he diao kong ji zhi di gong yi ding de shi yan ji chu he li lun yi ju ,dui jin yi bu shai shua zai zhu di kang Cxing chan qi jia mo suo jun bing you xiao de fen zi wei chuan biao ji di gong ke xue yi ju 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自农业生物技术学报的王伟,黄晓宇,闫尊强,马晓文,王鹏飞,谢开会,雒瑞瑞,高小莉,马艳萍,滚双宝，发表于刊物农业生物技术学报2019年05期论文，是一篇关于靶基因论文,生物信息学论文,农业生物技术学报2019年05期论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自农业生物技术学报2019年05期论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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