牛羊梨形虫PCR-RFLP分类方法的建立及部分标志基因的克隆与测序

牛羊梨形虫PCR-RFLP分类方法的建立及部分标志基因的克隆与测序

论文摘要

梨形虫是经由蜱传播的血液寄生原虫,包括泰勒虫和巴贝斯虫,在世界热带和亚热带地区广泛流行,使动物患巴贝斯虫病和泰勒虫病。牛巴贝斯虫病病原有牛巴贝斯虫、卵形巴贝斯虫、巴贝斯虫未定种、大巴贝斯虫、双芽巴贝斯虫、分歧巴贝斯虫。牛泰勒虫病病原有环形泰勒虫、瑟氏泰勒虫、中华泰勒虫、小泰勒虫和突变泰勒虫。梨形虫病一般呈急性过程,通常表现贫血、血红蛋白尿和黄疸。本病在世界各地流行,且死亡率高,给畜牧业和国民经济造成巨大损失。本实验利用实验室保存的梨形虫虫种,对梨形虫的标志基因(18S、Co I和cyt b)进行初步探索,并应用Co I和cyt b对巴贝斯虫和泰勒虫进行系统发育关系分析,验证几个在传统分类地位上有争议的梨形虫虫种。主要的研究内容包括以下几个方面:1.从NCBI数据库中调取梨形虫18S rRNA基因的序列,保存为FASTA格式并用CLUSTAL-X软件对序列进行比对分析,缺省参数。每一条比对的序列都在1.7Kb左右。然后,选择不同的限制性内切酶,对梨形虫18S rRNA基因的PCR扩增产物进行酶切分析。通过酶切图谱的不同而达到鉴定不同巴贝斯虫和泰勒虫虫种的目的。为梨形虫的分类和流行病学调查提供了新的方法。2.利用实验保存的梨形虫虫种,提取虫种的基因组DNA,运用PCR方法扩增梨形虫的Co I和cyt b基因,经测序分析后构建系统进化树,并进行亲缘关系比较。结果显示:我国梨形虫CoI基因序列的同源性在99.6%—38.1%之间,巴贝斯虫Co I基因之间的同源性在98.9%—74.1%之间,泰勒虫Co I基因之间的同源性在98.6%—38.1%之间。其中泰勒虫Co I基因之间的差异性较巴贝斯虫大。我国梨形虫cyt b基因序列的同源性在37.2%—99.4%之间,泰勒虫之间的同源性在52.5%—99.4%之间,巴贝斯虫之间的同源性在83.8%—97.9%之间。其中巴贝斯虫之间的同源性比较高。在遗传进化关系上梨形虫和疟原虫之间的亲缘关系比较近,处于一个大的分支上;与草履虫之间的进化关系比较远,处于不同的分枝上。该结果与传统的利用18S rRNA基因序列建立的系统发育树基本符合。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 第一章 引言
  • 1.1 病原学特征
  • 1.1.1 巴贝斯虫病(Babesiosis)
  • 1.1.2 泰勒虫病(Theileriosis)
  • 1.1.3 梨形虫的分类学地位
  • 1.1.4 梨形虫病的诊断
  • 1.2 研究内容和方法
  • 第二章 建立在PCR-RFLP 方法基础上的羊梨形虫的种类鉴定
  • 2.1 材料和方法
  • 2.1.1 材料
  • 2.1.2 方法
  • 2.2 结果
  • 2.2.1 18S rRNA 基因片段的 PCR 扩增
  • 2.2.2 PCR 产物的RFLP 鉴定
  • 2.3 讨论
  • 第三章 建立在PCR-RFLP 方法基础上的牛梨形虫的种类鉴定
  • 3.1 材料和方法
  • 3.1.1 材料
  • 3.1.2 方法
  • 3.2 结果
  • 3.2.1 18S rRNA 基因片段的PCR 扩增
  • 3.2.2 18S rRNA 基因PCR 产物的RFLP 鉴定
  • 3.3 讨论
  • 第四章 梨形虫Co I 和cyt b 基因序列的测定和分析比较
  • 4.1 材料和方法
  • 4.1.1 仪器
  • 4.1.2 试剂
  • 4.1.3 虫种
  • 4.1.4 实验动物
  • 4.2 方法
  • 4.2.1 虫体分离和纯化
  • 4.2.2 虫体基因组DNA 样品的提取
  • 4.2.3 引物的设计和合成
  • 4.2.4 CoI 和cyt b 基因片段的PCR 扩增
  • 4.2.5 cyt b 基因片段的PCR 扩增
  • 4.2.6 PCR 产物的回收和纯化
  • 4.2.7 目的片段的克隆
  • 4.2.8 重组质粒的鉴定
  • 4.2.9 目的片段的序列测定
  • 4.2.10 序列分析和系统进化树的构建
  • 4.3 结果
  • 4.3.1 Co l 基因的 PCR 扩增
  • 4.3.2 cyt b 基因的PCR 扩增
  • 4.3.3 重组质粒的PCR 鉴定
  • 4.4 序列同源性的比较和系统进化树的构建
  • 4.5 讨论
  • 第五章 全文结论
  • 参考文献
  • 致谢
  • 作者简历
  • 相关论文文献

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