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Doc-1基因编码蛋白p12某些结构和功能的预测及相关人舌鳞癌（Tca-8113）细胞cDNA文库的构建

2020-12-04阅读(333)

Doc-1基因编码蛋白p12某些结构和功能的预测及相关人舌鳞癌（Tca-8113）细胞cDNA文库的构建

论文摘要

癌症是一类严重威胁人类健康、导致死亡的常见病、多发病,是近年来医学领域中研究的重要课题之一。而口腔癌的发生率排在世界癌发生率的第六位。近年来随着分子生物学技术的不断发展,从分子水平上研究肿瘤发生的机制及其与癌基因、抑癌基因的关系已成为肿瘤基因治疗的主要方向之一。癌症的发生与癌基因的激活和抑癌基因的失活密切相关。口腔癌缺失-1（deleted in oral cancer-1, DOC-1）基因是Todd等于1995年利用仓鼠口腔癌模型分离和证实的一个候选抑癌基因,p12蛋白是其编码的具有肿瘤生长抑制功能的蛋白。作为一种新的候选抑癌基因逐年受到医学研究者的关注。人类DOC-1位于染色12q24,cDNA全长为1627bp,编码115个氨基酸,具有4个外显子,p12分子量为12.4kDa。DOC-1可以诱导仓鼠口腔恶性角化细胞的凋亡。p12蛋白通过两种重要的细胞伴侣（细胞周期依赖性蛋白激酶2和DNA聚合酶α）而对细胞周期中的S期进行调控。p12蛋白是一种CDK2的相关蛋白,对激酶的活性起负调控作用,并通过下调活性CDK2的表达水平,减弱对Rb基因活性的抑制,从而抑制肿瘤的生长,并且在鳞状细胞癌中异位表达p12后可以转变细胞系的恶性表型,部分是因为p12与CDK2和DNA聚合酶α结合,从而抑制了他们的活性。p12蛋白在人口腔鳞癌中的表达显著降低甚至缺失,但其缺失的机理和水平尚未见报道。本研究采用生物信息学数据库及相关软件预测DOC-1基因编码蛋白p12的理化性质、二级结构和可能存在的功能位点,构建人舌鳞癌（Tca-8113）细胞cDNA文库,运用酵母双杂交技术筛选与p12蛋白相互作用的蛋白,从而发现导致p12蛋白在口腔癌缺失中的相关因子,进一步阐明DOC-1基因缺失的机理,为下一步研究DOC-1的功能奠定了基础。实验目的:本课题研究的目的是通过构建人舌鳞癌（ Tca-8113）细胞cDNA文库,用生物信息学技术预测p12蛋白的理化性质和高级结构以及可能与其相互作用的因子,为下一步运用酵母双杂交技术筛选出新的蛋白,研究DOC-1基因及其蛋白在口腔癌发生中的作用与调控机制提供重要工具。实验方法:1.使用生物信息学技术相关数据库和软件预测DOC-1基因编码的p12蛋白的某些结构和功能基序,寻找可能与其相互作用的因子。查询GenBank数据库得到DOC-1基因的碱基序列和p12蛋白的氨基酸序列;通过http://www.expasy.org/tools/#proteome得到p12的理化性质;由TMHMM站点http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/了解该基因编码的蛋白质是否具有跨模结构;由PSORT主页的http://psort.nibb.ac.jp/预测其亚细胞定位。通过ExPASy的http://www.expasy.org/及Jpred的http://www.compbio. dundee.ac.uk/ www-jpred/得到p12可能的功能基序和功能位点以及二级结构（α螺旋、β折叠、β转角以及无规卷曲等）的预测和分析。2.构建人舌鳞癌（Tca-8113）细胞cDNA文库。用Trizol法提取人舌鳞癌（Tca-8113）细胞的总RNA,使用Oligotex mRNA Mini Kit分离纯化mRNA,使用Library Construction Kit and cDNA Synthesis Kit构建人舌鳞癌（Tca-8113）细胞cDNA表达文库。实验结果:获得了p12蛋白的外显子和理化性质信息,预测了可能存在的功能基序及二级结构,人舌鳞癌（Tca-8113）细胞cDNA表达文库的初始文库滴度为5.4×105pfu/ml,重组率为95%,扩增后文库滴度为7.8×107 pfu/ml。大多数插入的cDNA片段大小在600-1500bp。实验结论:成功应用生物信息学技术预测了p12蛋白的理化性质、二级结构和可能存在的功能基序,成功构建了人舌鳞癌（Tca-8113）细胞cDNA表达文库,为进一步筛选人舌癌相关基因及蛋白奠定了基础。

论文目录

  • 缩略语表
  • 中文摘要
  • 英文摘要
  • 前言
  • 文献回顾
  • 1 口腔癌缺失基因DOC-1 的研究进展
  • 2 生物信息学技术的研究进展
  • 3 酵母双杂交技术的研究进展
  • 正文
  • 实验一 运用生物信息学技术预测p12 蛋白的相关结构和功能
  • 1 实验应用的软件和数据库
  • 2 预测方法和结果
  • 3 讨论
  • 实验二 人舌鳞癌（Tca-8113）细胞cDNA 文库的构建
  • 1 实验材料
  • 2 实验方法
  • 3 实验结果
  • 4 讨论
  • 小结
  • 参考文献
  • 个人简历和发表文章
  • 致谢

    • 相关论文文献

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