大黄鱼MSTN基因单核苷酸多态性分析

论文摘要

肌肉生长抑制素（MSTN）是控制动物骨骼肌生长发育的重要细胞因子,采用PCR-SSCP和测序方法分析了180尾大黄鱼样本MSTN基因外显子Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ以及3’UTR微卫星序列的单核苷酸多态性。结果发现,在外显子Ⅰ中有8个突变位点,分别是28（C→T）、51（T→C）、196（C→T）、264（G→T）、270（G→A）、348（C→T）、349（A→T）、352（G→A）。其中28位点C→T突变引起相应的氨基酸由L→F,349位点A→T突变引起相应的氨基酸由T→S,252位点G→A突变引起相应氨基酸由E→K,其他位点的碱基突变均属于同义突变。存在AA、BB、BC、AB、BE、BD、AE这7种基因型,基因频型率分别为0.46、0.17、0.13、0.12、0.07、0.03、0.02。A、B、C、D、E的基因频率分别为0.53、0.34、0.06、0.02、0.01。基因的杂合度为0.60 ,多态信息含量PIC=0.446。统计结果表明,1龄大黄鱼外显子Ⅰ无论基因型水平的多态性还是氨基酸水平的突变都与大黄鱼体重体长显著相关,而与2龄大黄鱼的相关性则不显著。外显子Ⅱ中有10个多态位点,分别是29、131、206、261、231、243、265、273、297和300位。其中131位点T→A突变引起相应的氨基酸由L→Q,265位点T→C突变引起相应氨基酸由C→R,261位点A→G突变引起相应氨基酸由S→G,231位点的T→C突变引起相应氨基酸由W→S,273位点的C→T突变引起相应的氨基酸由R→W, 297位点的A→G突变引起相应氨基酸由I→V, 243位点的G→A突变引起相应氨基酸由D→N, 300位点的G→A突变引起相应氨基酸由E→K。29位点A→G和206位点C→A均属于同义突变。存在AA、AB、AC、AD、AE、CC这6种基因型,他们的基因型频率分别是0.57、0.23、0.10、0.04、0.02、0.04,等位基因A、B、C、D、E的频率分别为0.75、0.12、0.10、0.03、0.01。该基因位点的杂合度为0.33。多态信息含量PIC=0.41。统计结果表明,大黄鱼外显子Ⅱ无论基因型水平的多态性还是氨基酸水平的突变都与大黄鱼体重体长无显著相关性。外显子Ⅲ中有6个突变位点,分别是57（C→T）、104（A→G）、122（T→C）、183（C→T）、265（C→G）、348（T→C）。其中57位点C→T突变引起相应的氨基酸由Y→C,122位点T→C突变引起相应氨基酸由F→S,265位点C→G突变引起相应氨基酸由P→A,其他位点的碱基突变均属于同义突变。外显子Ⅲ存在AA、AB、AC、AD、AE这6种基因型,基因型频率分别为0.62、0.20、0.09、0.04、0.04。等位基因A、B、C、D、E的频率分别为0.81、0.10、0.05、0.02、0.02。基因的杂合度为0.33,多态信息含量PIC=0.31。统计结果表明,大黄鱼外显子Ⅲ基因型水平和氨基酸水平的多态性均与大黄鱼体重体长有显著相关性。微卫星序列长度在64126bp之间,常见的碱基替换形式是C→T和A→G,少数个体会出现C→G和C→A的碱基替换类型,在本实验群体中检测到25个等位基因,由不同等位基因的基因频率为基础,计算得到该基因的群体杂合度为0.941,多态信息含量为0.938。统计分析结果表明,微卫星序列的长度和大黄鱼的体重体长呈正相关,而碱基替换和大黄鱼的体重体长则无显著相关。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 1 综述
• 1.1 分子遗传标记技术概述
• 1.2 分子遗传标记技术在鱼类遗传研究中的应用
• 1.2.1 RFLP 标记技术（Restriction fragment length polymorphhism）
• 1.2.2 RAPD 标记技术（Random amplified polymorphic DNA）
• 1.2.3 AFLP 标记技术（Amplified fragment length polymorphicm）
• 1.2.4 SSCP 标记技术（single strand conformation polymorphism）
• 1.2.5 SSR 标记技术（Simple sequence repeat, SSR）
• 1.3 研究的意义
• 2 大黄鱼MSTN 基因外显子Ⅰ多态性分析
• 2.1 材料和方法
• 2.1.1 材料
• 2.1.2 方法
• 2.2 结果与分析
• 2.2.1 目的片段PCR 扩增
• 2.2.2 外显子ⅠPCR-SSCP 分析
• 2.2.3 外显子Ⅰ测序结果分析
• 3 大黄鱼MSTN 基因外显子II 多态性分析
• 3.1 材料和方法
• 3.2 结果与分析
• 3.2.1 目的片段PCR 扩增
• 3.2.2 外显子II PCR-SSCP 分析
• 3.2.3 外显子II 测序结果分析
• 4 大黄鱼MSTN 基因外显子Ⅲ多态性分析
• 4.1 材料和方法
• 4.2 结果与分析
• 4.2.1 目的片段PCR 扩增
• 4.2.2 外显子III PCR-SSCP 结果
• 4.2.3 外显子III 测序结果分析
• 5 大黄鱼MSTN 基因微卫星序列多态性分析
• 5.1 材料和方法
• 5.2 结果与分析
• 5.2.1 目的片段PCR 扩增
• 5.2.2 PCR 产物回收纯化结果
• 5.2.3 目的片段克隆检测结果
• 5.2.4 微卫星序列测序结果以及相关性分析
• 6 讨论
• 6.1 MSTN 简述
• 6.2 实验结果及讨论
• 参考文献
• 附录A
• 附录B
• 附录C
• 附录D
• 在学研究成果
• 致谢