大白菜CMS7311不育发生相关基因表达研究及育性恢复基因定位

大白菜CMS7311不育发生相关基因表达研究及育性恢复基因定位

论文摘要

细胞质雄性不育(CMS)是高等植物中广泛存在的生物现象。对CMS及其恢复系的研究利用,一方面可省去繁琐的手工去雄,在农作物制种中拥有巨大的应用潜力;另一方面也为揭示细胞核和细胞质间遗传互作交流提供一个很有价值的研究模型。油菜polima CMS是已经在十字花科植物中广泛应用的不育源,但是到目前为止其细胞质雄性不育的发生机制仍不清楚,育性恢复基因也没被克隆。本课题组在上世纪末期已经成功将pol-like CMS导入到大白菜中,育成大白菜CMS7311,并且发现白菜基因组中存在其育性恢复基因,开展了一系列相关研究。本试验在已有的试验研究基础之上,主要进行了大白菜CMS7311不育发生相关基因筛选鉴定,以及大白菜育性恢复基因BcRfp的分子标记定位等研究,取得了以下研究结果:(1)筛选鉴定了白菜花蕾发育过程中稳定表达的内参基因采用三种统计软件分别比较了8个候选基因在白菜不同大小花蕾发育过程中的表达稳定性。GeNom软件计算结果表明这些基因的相对稳定性顺序为:Tub/GAPDH> Cyp> EF1a> U34559>BcTip41> Apr>18S rRNA,其中,Tub和GAPDH是最稳定的内参基因(M值为0.614)。NormFinder和BestKeeper软件的计算结果也表明Tub依然是最稳定的内参基因。综合三种软件的计算结果,确定Tub作为最佳内参基因,可用于白菜花蕾发育过程相关基因表达分析。(2)进行了大白菜CMS及其可育株花蕾发育相关基因差异表达分析通过cDNA-AFLP比较分析CMS和恢复系杂交分离后代中不育和可育株花蕾发育相关的基因表达变化,通过回收测序及Blast分析,共发现32个差异条带在数据库中找到同源基因,其中有10条来自于不育池,其余都来自可育池。这些基因涉及到逆境胁迫反应、合成与代谢,细胞重建以及转录调控,脂肪合成代谢等。(3)大白菜雄性不育发生相关基因表达定量对cDNA-AFLP分析所获得的部分差异片段进行表达定量,发现6个基因BcMS2, BcGRP17, BcPME31, BcROPGEF8, BcTNL3和BcUP的表达量在不育和可育株花蕾之间表现出显著性差异。其中,前三个基因已经被证明其功能缺失可导致雄性不育的发生,在该不育材料的表达量很低甚至是不表达,预示了CMS相关不育基因可能抑制着这些花蕾尤其是雄蕊正常发育所必需功能基因的表达,从而导致雄性不育的发生;首次发现后两个基因BcROPGEF8和BcTNL3在不育花蕾中的高表达,有可能参与了雄性不育的诱导或应激反应,具体的功能尚不清楚。最后一个基因BcUP功能未知,只在花蕾发育早中期表达,且在不育材料中表达显著低于可育材料。(4)克隆了大白菜雄性不育发生相关的未知功能基因BcUP基于cDNA-AFLP差异表达结果,通过RACE等技术克隆了一个BcUP,全长1407bp,完整的开发阅读框1212bp,编码403氨基酸残基的蛋白,Blast比对发现该基因与拟南芥的未知功能基因AT3G56750同源,相似性达90%。生物信息学预测其具有糖基转移酶结构域,推测该基因可能具有岩藻糖基转移酶功能。(5)大白菜育性恢复基因BcRfp分子标记筛选及遗传定位利用AFLP、SRAP、SSR等分子标记技术对不育系和恢复系杂交后代分离群体进行分子标记筛选鉴定,获得一系列与BcRfp连锁的分子标记,连锁遗传计算分析发现这些标记分布于BcRfp的两边,最近的两个标记26920和SSR03的遗传距离分别为0.44cM和0.7cM。这些标记将BcRfp基因定位于A09染色体上约380kb的范围内,为进一步精细定位克隆奠定基础,也为快速进行新品种的选育提供分子标记辅助筛选。

论文目录

  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 第一章 文献综述
  • 1.1 植物 CMS 发生的分子基础
  • 1.1.1 植物 CMS 相关细胞质不育基因克隆
  • 1.1.2 线粒体不育基因诱导植物 CMS 的可能机理
  • 1.1.3 植物细胞质雄性不育发生的分子机制
  • 1.2 植物 CMS 恢复基因克隆及其恢复作用机制
  • 1.2.1 植物 CMS 恢复基因的定位克隆
  • 1.2.2 CMS 育性恢复基因的作用机制
  • 1.3 POL 型 CMS 及其育性恢复研究
  • 1.3.1 pol 型 CMS 不育基因的克隆
  • 1.3.2 pol 型 CMS 及其育性恢复的分子机制
  • 1.3.3 pol 型 CMS 育性恢复基因 Rfp 的分子标记及精细定位
  • 1.3.4 本实验室在 CMS 及其育性恢复基因相关研究进展
  • 1.4 本研究的目的意义
  • 第二章 大白菜 CMS 花蕾发育时期定量表达内参基因筛选
  • 2.1 材料与方法
  • 2.1.1 材料准备
  • 2.1.2 所用试剂
  • 2.1.3 总 RNA 提取及 cDNA 合成
  • 2.1.4 引物设计
  • 2.1.5 qRT-PCR 定量及数据处理
  • 2.2 结果与分析
  • 2.2.1 引物特异性和扩增效率分析
  • 2.2.2 候选内参基因表达的动态变化
  • 2.2.3 候选内参基因表达稳定性分析
  • 2.2.4 几种不同内参基因归一化处理的 BcPME31 基因表达比较
  • 2.3 讨论
  • 第三章 大白菜 CMS 不育发生相关基因差异表达
  • 3.1 材料与方法
  • 3.1.1 材料准备
  • 3.1.2 总 RNA 分离及 cDNA 合成
  • 3.1.3 cDNA-AFLP 分析
  • 3.1.4 差异显示片段回收克隆及生物信息学分析
  • 3.1.5 差异显示基因片段的 qRT-PCR 分析
  • 3.2 结果与分析
  • 3.2.1 RNA 的质量检测
  • 3.2.2 cDNA-AFLP 差异表达分析
  • 3.2.3 相关基因表达变化的定量分析
  • 3.3 讨论
  • 第四章 大白菜 CMS 相关基因 BCUP 克隆及序列分析
  • 4.1 材料与方法
  • 4.1.1 材料准备
  • 4.1.2 所用试剂
  • 4.1.3 总 RNA 分离及 cDNA 合成
  • 4.1.4 基因序列分析
  • 4.2 结果与分析
  • 4.2.1 BcUP 基因克隆
  • 4.2.2 BcUP 基因氨基酸序列特征分析
  • 4.3 讨论
  • 第五章 大白菜 CMS7311 育性恢复基因的分子标记及定位
  • 5.1 材料与方法
  • 5.1.1 材料及 DNA 准备
  • 5.1.2 分子标记筛选
  • 5.1.3 连锁遗传分析及遗传图谱构建
  • 5.2 结果与分析
  • 5.2.1 大白菜 CMS 育性恢复基因的 AFLP 标记筛选及 SCAR 转化
  • 5.2.2 大白菜 CMS BcRfp 基因的 SRAP 标记筛选
  • 5.2.3 大白菜 CMS BcRfp 基因的 SSR 标记筛选
  • 5.2.4 大白菜 CMS BcRfp 基因 PCR 及测序为基础的标记挖掘
  • 5.2.5 大白菜 CMS BcRfp 基因连锁作图
  • 5.3 讨论
  • 5.3.1 提高退火温度减少 SRAP 非特异性扩增
  • 5.3.2 育性恢复基因 BcRfp 与 Rfp 的关系
  • 第六章 结论
  • 6.1 结论
  • 6.2 创新点
  • 6.3 展望
  • 参考文献
  • 附录
  • 缩略词表
  • 致谢
  • 作者简介
  • 相关论文文献

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