鸡TLR7基因SNP筛选及遗传多态性分析

论文摘要

从宏观上讲,任何疾病的发生都是遗传与环境因素共同作用的结果,几乎所有疾病都与遗传有关。目前通过药物和疫苗等对禽病进行控制的方法,还不能有效地防范烈性流行性禽病的发生。从根本上看,进行抗病育种可能是解决这一问题的有效途径。Toll样受体（Toll-like receptors,TLRs）是天然免疫系统中一类主要的模式识别受体,它的发现改变了人们对天然免疫只是获得性免疫产生之前的铺垫的认识,使得天然免疫的重要性重新得到认识和重视。TLRs通过对病原体相关的分子模式的识别,使致炎因子、趋化因子和细胞因子的表达上调,引发炎症反应从而消灭入侵的病源微生物。鸡TLR7（chTLR7）基因DNA全长6747 bp,包含两个外显子和一个内含子。本试验设计了9对引物,对鸡TLR7基因全长进行PCR扩增和PER产物直接测序,用以搜寻chTLR7基因的SNPs。结果表明chTLR7基因共具有79个变异位点,其中68个位点为本研究所新发现的。在5’非翻译区发现3个SNPs;第1外显子中有1个单碱基的插入/缺失;内含子区域有61个变异位点,其中55个为SNPs,2个在PolyTs和As中的单碱基插入/缺失,四个AAGTA、AACTTTC、TC和CTTT框的插入/缺失;第2外显子中有14个SNPs,3’非翻译区存在1个SNP。另外,本研究采用PCR产物直接测序和PCR-SSCP基因型测定的方法,对3个家鸡或1个红原鸡群体共179个个体的TLR7基因第二外显子部分序列（485 bp）中的三个SNPs（c.3809G＞A、c.3817A＞G和c.3851A＞T）和相应单倍型的遗传多态性进行了分析。结果表明,三个位点的多态性较高,除北京油鸡在c.3809G＞A上的次要等位基因G的频率（Minor allele frequency,MAF）和PIE分别仅为0.040和0.074外,其它群体在这三个位点上的MAF和PIC均较高;这三个位点上等位基因频率的分布虽在群体之间存在一定的差异,但无规律可循;单倍型分析结果显示,AM、AAT、GAA、AGA和GGA为五种基本单倍型,群体间单倍型分布及其频率的差异达显著水平（P＜0.01）,这将为利用TLR7作为新的遗传标记开展鸡的抗病毒免疫育种等提供有价值的参考资料。

论文目录

• 摘要
• SUMMARY
• 第一章 文献综述
• 1 抗病育种
• 1.1 畜禽抗病性的遗传基础
• 1.2 抗病育种的途径
• 2 Toll样受体（Toll-like receptors,TLRs）
• 2.1 TOLL样受体分子结构特点
• 2.2 Toll样受体的分布
• 2.3 Toll样受体的配体
• 2.4 Toll样受体的信号转导途径
• 2.5 遗传多样性的研究意义
• 2.6 遗传多样性检测方法
• 第二章 鸡TLR7基因SNP位点搜寻
• 1 实验材料和方法
• 1.1 实验样品
• 1.2 基因组DNA提取
• 1.3 基因组DNA纯度和浓度的检测
• 1.4 引物设计
• 1.5 PCR体系和程序
• 1.6 PCR产物的检测及纯化
• 1.7 测序反应和产物纯化
• 1.8 测序和序列整理
• 1.9 克隆测序
• 2 结果与分析
• 2.1 基因组DNA检测和PCR产物检测
• 2.2 测序结果
• 2.3 SNP位点搜寻结果
• 2.4 Esemble数据库中公布的SNP位点
• 3 讨论
• 3.1 chTLR7基因SNP位点搜寻分析
• 3.2 SNP搜寻的直接测序法
• 3.3 PCR直接测序和克隆测序
• 第三章 ChTLR7基因遗传多样性
• 1 材料和方法
• 1.1 材料
• 1.2 基因组DNA提取及检测
• 1.3 扩增引物
• 1.4 扩增条件
• 1.5 PCR产物检测及PCR产物纯化
• 1.6 测序反应及产物纯化
• 1.7 测序和序列整理
• 1.8 PCR-SSCP鉴定实验
• 1.9 统计分析
• 1.10 遗传多样性的测度
• 2 结果与分析
• 2.1 PCR扩增结果
• 2.2 PRI-1扩增产物直接测序结果
• 2.3 三个SNP位点基因型统计
• 2.4 单倍型分析
• 3 讨论
• 第四章 小结
• 参考文献（References）:
• 附录1 主要仪器设备
• 附录2 主要试剂、试剂盒及工具酶
• 附录3 主要试剂配置
• 致谢
• 作者简介