短尾类系统发生和谱系年代研究

论文摘要

短尾类是十足目中最具有多样化的类群,而短尾类的系统演化问题也一直是学术界争论的焦点。自Guinot（1977,1978）提出短尾类的分类系统后,短尾类系统发生的争议便主要集中在短尾类内部肢孔类是否为单系性以及真蟹类内部的系统发生关系。随着研究的不断深入,有关肢孔类的争议已趋于明朗,但在真蟹类内部,无论是分类阶元较高还是较低的系统发生关系都饱受争议。本研究测定短尾类内部沙蟹总科的代表物种谭氏泥蟹（Ilyoplax deschampsi）的线粒体全基因组,并结合本实验组已测定的溪蟹类代表物种长江华溪蟹（Sinopotamon yangtsekiense）线粒体基因组近全长序列,以及GenBank上已发表的其他短尾类基因组全序列探讨短尾类的系统发生。结果显示,在胸孔类内部呈（Ocypodoidea +Varunidae）+Grapsidae的系统关系,提示方蟹总科非单系发生；另外,溪蟹科与胸孔类的代表类群（方蟹科和沙蟹科）互为姐妹群关系,提示异孔类同样非单系发生。本研究对短尾类的谱系年代分析结果,支持后冈瓦纳假说。分析推测,溪蟹类与胸孔类具有共同的海洋祖先,并在白垩纪发生分歧,向着两个方向独立演化,一支形成现在的胸孔类,一支则在第三纪时分歧演化为现在的溪蟹类,我们认为,第三纪的海侵海退等地质事件在现代溪蟹类的形成中起了一定的作用。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 短尾类系统演化概况
• 引言
• 1 短尾类系统发生关系概况
• 1.1 短尾类在十足目中的分类地位
• 1.2 短尾类内部的系统发生关系
• 2 短尾类线粒体基因组研究进展
• 2.1 已测得线粒体全序列的短尾类物种
• 2.2 短尾类线粒体全基因组特点
• 2.3 线粒体基因组在系统发生中的应用
• 参考文献
• 第二章 谭氏泥蟹线粒体基因组测定
• 1 材料和方法
• 1.1 标本采集和基因组DNA提取
• 1.2 线粒体基因组扩增及测序
• 1.3 数据处理
• 2 结果与讨论
• 2.1 谭氏泥蟹线粒体基因组结构
• 2.2 蛋白编码基因
• 2.3 rRNA基因
• 2.4 基因重排
• 2.5 同义和非同义替代
• 2.6 tRNA基因
• 参考文献
• 第三章 基于线粒体全序列探讨短尾类的系统发生
• 引言
• 1 材料与方法
• 1.1 标本采集和基因组DNA提取
• 1.2 线粒体基因组扩增和测序
• 1.3 线粒体DNA序列数据
• 1.4 序列比对和区段选择
• 1.5 核苷酸替代速率检测
• 1.6 系统发生信号检测
• 1.7 碱基组成偏向性检测
• 1.8 数据集的选择
• 1.9 系统发生分析
• 2 结果
• 2.1 核苷酸替代速率
• 2.2 系统发生信号检测
• 2.3 碱基组成偏向性检测
• 2.4 数据集的选择
• 2.5 短尾类系统发生分析
• 3 讨论
• 3.1 密码子第三位在系统发生分析中的应用
• 3.2 基于线粒体基因组的短尾类系统发生重建
• 参考文献
• 第四章 短尾类的谱系年代研究
• 引言
• 1 化石校正点的选择
• 2 基于蛋白编码基因的年代估算
• 3 结果与讨论
• 参考文献
• 致谢