位点特异性重组在链霉菌的遗传改造及抗生素基因簇的克隆上的应用

位点特异性重组在链霉菌的遗传改造及抗生素基因簇的克隆上的应用

论文摘要

链霉菌通过自身的次级代谢能够产生许多重要的天然复合物,特别是能够合成具有生物活性的抗生素。目前,与抗生素生物合成相关的基因功能的研究主要是通过基因打靶载体的同源重组手段来实现的。本研究中,我们设计了一种快速高效的构建基因打靶载体的方法。该方法是建立在链霉菌噬菌体φBT1整合酶系统的基础上,通过多位点间的一步特异性重组反应来完成的。这种方法省时高效,能够快速的完成靶标基因的替换。另外,由于预先在抗性筛选标记的两端设计了φC31整合酶的识别位点attB0-φC31和attP0-φC31,靶基因被成功置换后,通过φC31整合酶所催化的体内位点特异性重组反应可以进一步精确的切离留在染色体基因组上的抗性基因,从而实现对基因组的多次修饰。我们将这个方法成功应用到了天蓝色链霉菌的基因组改造中,对S.coelicolor M145的CDA和Act生物合成基因簇的部分基因进行了敲除,阻断了CDA和Act的合成。在此基础上,我们又敲除了负调控Red合成的rdA基因,从而得到了Red过产菌株ZB8,使得突变株中Red的产量比野生型菌株提高了5倍多。位点特异性重组技术在基因打靶载体的构建和染色体抗性标记的移除应用中体现了巨大的潜能。不仅如此,本研究中我们还展示了位点特异性重组技术的新的应用策略,将φBT1整合酶系统成功应用到了抗生素生物合成基因簇的克隆操作中。我们将φBT1整合酶的识别位点attB和attP通过同源重组的方式插入到红霉素生物合成基因簇的两侧,再经过φBT1整合酶催化的位点特异性重组反应完成attB和attP两位点间序列的包装,用这种方法我们成功实现了长达55kb的红霉素生物合成基因簇的体外克隆,并将基因簇在天蓝色链霉菌工程菌株和其它宿主菌株中进行了异源表达。通过初步的质谱分析,我们检测到了新的复合物的生成。总之,我们的方法为链霉菌基因组的遗传操作提供了新的手段,为功能基因的鉴定提供了新的机遇。

论文目录

  • 目录
  • 主要缩略词
  • 摘要
  • Abstract
  • 第一章 天然产物研究综述
  • 前言
  • 1.1 天然产物简介
  • 1.1.1 天然产物的来源
  • 1.1.2 天然产物生物合成基因簇的结构特征
  • 1.2 天然产物生物合成基因簇的克隆和异源表达
  • 1.2.1 生物合成基因簇的分离鉴定
  • 1.2.2 大片段DNA的拼装
  • 1.2.3 异源表达载体与宿主系统的选择
  • 1.2.4 宿主系统的改造
  • 1.3 生物合成基因簇异源表达的研究进展
  • 1.4 结语与讨论
  • 参考文献
  • 第二章 天蓝色链霉菌的遗传改造
  • 第一节 前言
  • 第二节 材料和方法
  • 2.1 实验材料
  • 2.2 实验方法
  • 第三节 实验结果
  • 3.1 基于体外位点特异性重组技术的基因打靶载体的快速构建
  • 3.2 CDA和Act生物合成基因簇的阻断以及rrdA基因的敲除
  • 3.3 突变株的PCR验证和表型分析
  • 3.4 突变株的生长状况和Red产量检测
  • 第四节 小结与讨论
  • 参考文献
  • 第三章 红霉素生物合成基因簇的克隆及异源表达
  • 第一节 前言
  • 第二节 材料和方法
  • 2.1 实验材料
  • 2.2 实验方法
  • 第三节 实验结果
  • 3.1 基于φBT1位点特异性重组的红霉素生物合成基因簇的克隆策略
  • 3.2 同源载体的插入和大片段基因组的抽提
  • 3.3 φBT1整合酶所介导的红霉素生物合成基因簇的体外克隆
  • 3.4 异源宿主菌的改造
  • 3.5 红霉素生物合成基因簇在异源宿主中的表达
  • 3.6 红霉素基因簇在异源宿主菌中的转录分析
  • 第四节 小结与讨论
  • 参考文献
  • 学术论文、会议摘要及专利申请
  • 致谢
  • 相关论文文献

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