依赖海水细菌的分离及菌株HB10001的多相分类鉴定

依赖海水细菌的分离及菌株HB10001的多相分类鉴定

论文摘要

海洋中含有36×1054个微生物细胞及十倍数量的病毒,而其中绝大多数(>99%)只是以rDNA的形式存在于基因库中,尚未获得纯培养。对于一种微生物来说,获得其纯培养的重要性是不言而喻的。本研究中,建立了通过海水需求实验分离海洋微生物的方法,并分离出9株严格依赖海水生长的细菌。基于16S rDNA序列分析,与菌株HB10001同源性最高的为Spongiibacter tropicus DSM19543T(96.3%),在发育树上与Spongiibacter属聚为一个大的分支,因而,将HB10001鉴定为Spongiibacter属的一个新种。与菌株HB10303同源性最高的为Paenibacillus agaridevorans DSM1355T(98.4%),发育树上也聚为一个分支,初步鉴定菌株HB10303可能是Paenibacillus属的一个新种,有待于进一步研究。对HB10001进行了系统的多相分类研究,结果如下:革兰氏阴性;无运动性;呼吸醌为Q-8;主要脂肪酸为18:1ω9c、18:1ω9t和16:0。过氧化氢酶阳性,氧化酶阴性,严格好氧,生长需要海水。细胞大小为100-300nm。在温度为8-38℃,pH值5.5-7.5,0-6%NaCl下生长(最适为15-30℃, pH6.0-7.0,3%NaCl);V-P试验、甲基红试验阴性;不能利用淀粉、纤维素、Tweens20和Tweens80,不能使牛奶胨化,明胶液化,能产生吲哚,但不能产生H2S;能利用单糖、双糖、多糖为碳源,主要的极性脂为磷脂酰甲基乙醇胺(PME)、磷脂酰乙醇胺(PE)和一种未知糖脂(GL)。G+C含量为66.7mo1%。模式菌为HB10001T(=CGMCC1.10781T=DSM=XXXXT).16S rDNA序列在GenBank的登录号为HM068370。最后确定HB10001为Spongiibacter属的一株新种,命名为Spongiibacter mariniphila sp. nov.。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 1 前言
  • 1.1 海洋微生物
  • 1.2 已知的海洋微生物及培养现状
  • 1.3 培养海洋微生物的新方法
  • 1.4 依赖海水微生物的分离培养
  • 1.4.1 海水环境及其成分
  • 1.4.2 依赖海水微生物的分离培养
  • 1.5 本课题的研究目的及意义
  • 2 材料与方法
  • 2.1 主要试剂
  • 2.2 主要仪器设备
  • 2.3 培养基
  • 2.3.1 海洋细菌分离培养基
  • 2.3.2 生理生化特征鉴定培养基
  • 2.4 本试验所选用的参考模式菌株
  • 2.5 本试验需要鉴定的待测菌株
  • 2.6 试验方法
  • 2.6.1 海水、海绵样品采集
  • 2.6.2 依赖海水细菌的分离方法
  • 2.6.3 海水需求试验
  • 2.6.4 HB10001培养特征分析
  • 2.6.5 HB10001显微形态特征分析
  • 2.6.6 生理生化特征分析
  • 2.6.7 化学分类学研究
  • 2.6.8 分子分类研究
  • 3 结果与分析
  • 3.1 依赖海水细菌的分离培养
  • 3.1.1 菌落计数
  • 3.1.2 海水平板涂布实验
  • 3.1.3 海水需求实验
  • 3.2 菌株HB10001的培养与形态特征
  • 3.2.1 培养特征分析
  • 3.2.2 显微形态特征分析
  • 3.3 生理生化特征
  • 3.3.1 革兰氏染色试验结果
  • 3.3.2 菌株运动性
  • 3.3.3 耐盐性
  • 3.3.4 生长pH范围
  • 3.3.5 生长温度范围
  • 3.3.6 碳、氮源利用情况
  • 3.3.7 酶学特性
  • 3.3.8 代谢产物
  • 3.3.9 抗生素敏感性
  • 3.4 化学指征分析
  • 3.4.1 细胞壁特征氨基酸分析
  • 3.4.2 磷酸类脂分析
  • 3.4.3 泛醌类型分析
  • 3.4.4 脂肪酸成分分析
  • 3.5 分子指征分析
  • 3.5.1 基因组DNA(G+C)mol%含量分析
  • 3.5.2 16S rDNA序列测定及系统发育分析
  • 4 讨论
  • 4.1 分离严格依赖海水的细菌
  • 4.2 菌株HB10001分类
  • 5 结论
  • 5.1 分离培养方法
  • 5.2 HB10001作为新种及其模式种的描述
  • 参考文献
  • 缩略词
  • 附录
  • 致谢
  • 相关论文文献

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