浙江省主要鸭种资源遗传多样性研究

论文摘要

本研究以浙江省9个鸭群体（缙云Ⅰ系,缙云Ⅱ系、缙云青壳系、绍兴鸭带圈白翼梢系、绍兴鸭红毛绿翼梢系、绍兴鸭白羽系、绍鸭青壳系、白羽番鸭和灰羽番鸭）,总计230份样品为研究对象,利用20对多态性较好的微卫星标记分析了品种的等位基因频率、基因杂合度、多态信息含量、遗传分化系数以及群体间遗传距离进行分析,得到了由Nei氏遗传距离和标准遗传距离为基础的UPGMA聚类图,从分子水平上反映9个鸭群体的遗传差异和亲缘关系。实验结果表明：1.20个微卫星标记在这9个鸭群体中共检测到308个等位基因。平均每个位点检测到的等位基因数目为15.4个,数目最多的位点是AY493301,为49个,最少的位点是APL515886和AY587043,为4个。每个位点的等位基因在不同品种中的分布不平衡。2.20个微卫星位点在9个鸭群体中均具有较高的多态性,其平群杂合度在0.5860和0.6918之间,平均多态信息含量在0.5501和0.6372之间。其中绍鸭青壳系的遗传变异程度最大,其平均杂合度和平均多态信息含量分别为：0.6918和0.6372；而缙云青壳系的遗传变异程度相对较小,其平均杂合度和平均多态信息含量分别为：0.5860和0.5319。3.F-统计检验结果显示：9个鸭群体在20个位点上的亚群体间的固定指数（Fis）的平均值为0.1045。Fst的平均值为0.2967,说明这几个品种呈高度分化状态。基因流（Nm）在3.2030（AY498543）和0.1825 （CM0271211）之间变动,平均值为0.5926。4.遗传分化系数（GST）计算表明：9个鸭群体的GST值为0.266935,其中以微卫星AY587043分化最大为0.470119,微卫星AY493289分化次之为0.329975。说明有26.69%的遗传多样性分布于群体间,剩余的73.31%分布于群体内,其分化程度较大,这是由于经过系统的人工选育,地理隔离造成的。5.根据Nei氏标准遗传距离（Ds）和DA遗传距离进行系统发生树的法聚类法聚类和NJ法聚类,并用bootstrap重抽样技术对各系统发生树的可靠性进行了检验,其中以Ds遗传距离UPGMA法聚类的结果较准确,9个鸭群体大致可聚为3类：Ⅰ类缙云Ⅰ系、Ⅱ系先聚在一起,再与缙云青壳系聚在一起,然后与绍鸭带圈白翼梢系,绍鸭红毛绿翼梢系,绍鸭青壳系聚为一类；Ⅱ类绍鸭白羽系独自聚为一类；Ⅲ类白羽番鸭、灰羽番鸭聚为一类

论文目录

• 中文摘要
• 英文摘要
• 引言
• 第一部分 文献综述
• 1 鸭分类学与起源
• 2 浙江省主要鸭品种简介
• 3 遗传多样性的研究
• 4 常用的保护家畜遗传资源的方法
• 4.1 建立保种群,进行活体保种
• 4.2 建立冷冻精子库和冷冻胚胎库
• 4.3 基因保存
• 5 遗传多样性研究采用的遗传标记
• 6 DNA分子标记研究
• 6.1 主要的分子标记类型
• 6.2 微卫星标记
• 7 微卫星标记在家禽遗传育种中的应用及研究进展
• 7.1 构建基因图谱
• 7.2 定位功能基因和QTL
• 7.3 个体及亲缘关系鉴定
• 7.4 群体遗传结构与遗传关系的分析
• 7.5 监测育种和遗传操作效应
• 7.6 标记辅助选择及杂种优势预测
• 8 鸭遗传多样性的研究进展
• 参考文献
• 第二部分 试验研究
• 1 材料和方法
• 1.1 实验材料
• 1.1.1 实验动物
• 1.1.2 引物
• 1.1.3 主要试剂
• 1.1.4 主要试剂配置
• 1.1.5 主要仪器设备
• 1.2 实验方法
• 1.2.1 基因组DNA提取
• 1.2.2 PCR扩增
• 1.2.3 PCR产物电泳检测
• 1.2.3.1 制胶
• 1.2.3.2 聚丙烯酰胺凝胶的银染染色、拍照
• 1.3 统计方法
• 1.3.1 群体内遗传多样性的分析
• 1.3.2 群体间的遗传分析
• 2 结果与分析
• 2.1 基因组DNA提取
• 2.2 微卫星DNA的PCR扩增的聚丙烯酰胺凝胶电泳结果
• 2.3 微卫星基因座的多态性分析
• 2.3.1 等位基因和基因频率（见附表）
• 2.3.2 微卫星基因座的多态性
• 2.3.2.1 多态信息含量（PIC）
• 2.3.2.2 群体杂合度（H）
• 2.3.2.3 有效等位基因数（Ne）分析
• 2.4 各品种遗传结构分析
• 2.5 品种间的遗传变异
• 2.5.1 遗传距离
• 2.5.2 聚类分析
• 2.5.3 F-统计量检验
• 2.5.4 总群体杂合度、亚群体杂合度和遗传分化系数
• 3 讨论
• 3.1 关于研究群体遗传结构和遗传变异所采用的抽样方法和数目
• 3.2 关于研究类群数目的确定
• 3.3 关于微卫星基因座的筛选
• 3.4 关于影响PCR扩增反应的因素
• 3.5 微卫星基因座多态性与群体遗传变异
• 3.5.1 关于群体内遗传变异
• 3.5.2 关于群体间遗传变异
• 3.6 关于聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）
• 3.6.1 关于PCR扩增产物中的"影子带"问题
• 3.7 关于微卫星标记在估计群体遗传关系上的可靠性
• 3.8 关于杂合度与品种的保护
• 3.9 有待于研究的问题
• 3.9.1 引物的选择
• 3.9.2 估计遗传距离方法的选择
• 4 结论
• 参考文献
• 附件
• 致谢
• 发表论文