甘蓝型油菜隐性核不育基因Bnms1的精细定位和克隆

甘蓝型油菜隐性核不育基因Bnms1的精细定位和克隆

论文摘要

杂种优势利用是提高油菜产量、品质和抗性的有效途径。雄性不育是油菜杂种优势利用主要的途径,但是对于雄性不育机理的研究却远远滞后。甘蓝型油菜细胞核雄性不育(GMS)败育彻底,不育性表现稳定,细胞质来源丰富,恢复源广泛,在国内已成为油菜杂种优势利用的重要途径之一。S45AB来源于四川大学,由潘涛等(1988)在Oro中发现的自然突变体衍生而来,经过多代的兄妹交(25代以上)保存,通过杂交试验证明S45A的不育性受两对重叠隐性基因控制(潘涛等,1988)。在近等基因系S45AB中,一个不育位点处于杂合状态,另外一个不育位点处于隐性纯合状态。本研究以S45AB作为基础材料,对处于杂合状态的隐性核不育基因进行了遗传定位和克隆的研究,主要结果如下:1.3年的育性调查结果表明:兄妹交后代的育性分离比稳定在1:1,可育株自交后代的育性比例符合3:1。这一结果进一步证实了在两型系S45AB中控制育性的两个位点中只有一个处于分离状态,我们将这个位点的不育基因命名为Bnms1;另外一个位点处于隐性纯合状态,不育基因命名为Bnms2。2.半薄切片观察发现可育花药和不育花药在减数分裂前没有明显差异。四分体时期四分体没有明显差异,不育花药的绒毡层比可育花药的稍厚。在单核花粉期小孢子差异明显,不育小孢子没有花粉外壁的合成,发育长时间停留在单核花粉期并最终解体;不育花药的绒毡层表现为径向扩大,液泡化明显。S45A败育发生的关键时期在四分体至单核花粉期,绒毡层异常、花粉外壁的缺失是导致败育的主要原因。3.应用AFLP与BSA结合的方法分析近等基因系S45AB,共筛选了2560对AFLP引物组合,获得7个与目的基因(Bnms1)连锁的AFLP标记AF1-AF7。用包含310个单株的近等基因系群体将Bnms1基因定位在标记AF3和AF7之间,标记与基因间的遗传距离分别为1.6cM和0.3cM,标记AF1和AF2与基因共分离。4.回收、克隆了以上7个AFLP特异片段,测序结果表明AF1-AF7的精确长度分别为203bp、241bp、211bp、186bp、187bp、284bp和362bp。通过PCR-walking分离AFLP标记的侧翼序列,将AF1、AF3、AF6和AF7分别延长至7,499bp、997bp、1,203bp和656bp,并转化为4个SCAR标记SC1、SC3和SC6和SC7。用1,974个单株的S45AB近等基因系将Bnms1基因定位在标记SC1和SC7之间,标记与Bnms1基因间的遗传距离分别为0.1cM和0.3cM。5.利用DH群体(Zhongyou821×Bao604)为作图群体,构建了一张包含237个标记的遗传图谱,图谱总长1,625.6cM,包括2个RFLP标记,65个RAPD标记,86个SSR标记,84个SRAP标记。利用两个DH群体(Tapidor×Ningyou7、Zhongyou821×Ba0604)的遗传图谱将不育基因Bnms1定位于N7连锁群,并在N7连锁群上找到一个与Bnms1基因连锁的共显性标记Na12A02,Na12A02与基因的距离为2.6cM。6.以分子标记SC7、SC1和SC6的特异片段为探针筛选Tapidor BAC文库,得到41个阳性克隆。利用标记SC1和SC7将Bnms1基因定位在BAC克隆BAC1上,对克隆BAC1进行shotgun测序。基于BAC序列开发了6个新标记SCS-SC13,在4132个单株群体中Bnms1基因被定位在标记SC8和SC11之间,标记与Bnms1基因间的遗传距离分别为0.05cM和0.15cM,SC8和SC11在BAC克隆BAC1上的物理距离为21.2-kb。7.用21.2-kb的序列检索GenBank的EST数据库和拟南芥数据库(AGIGenes),结果表明该区域存在四个候选基因,四个候选基因在甘蓝型油菜上的排列顺序与拟南芥基因的排列顺序一致。第一个和第四个候选基因是功能未知的基因,第二个候选基因属于NAP类型基因,第三个候选基因是CYP450基因家族成员,分析认为第二和第三个候选基因可能与花粉发育相关,以下用G14、G15表示。8.Northern blot分析表明G14和G15的表达量在S45A和S45B之间没有明显差异。在小于1mm、1mm~2mm、2mm~3mm和3mm~4mm四种大小的花蕾之间G14的表达量没有变化,表达水平很低;G15在1mm~2mm、2mm~3mm大小的的花蕾中特异表达。9.比较测序发现,G14在S45A和S45B之间存在2个错义突变,导致第79位的缬氨酸突变为丙氨酸;第226位的丙氨酸突变为丝氨酸。G15在S45A和S45B之间也有2个错义突变,导致第179位的甘氨酸突变为精氨酸;第297位的缬氨酸突变为丙氨酸。10.构建了转基因载体pBnG15、pAtG15RNAi-1和pAtG15RNAi-2,获得了5株甘蓝型油菜的阳性转化植株和2株表现为雄性不育的拟南芥植株。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 缩略语表
  • 1 文献综述
  • 1.1 油菜雄性不育与杂种优势利用
  • 1.1.1 细胞质雄性不育
  • 1.1.2 细胞核雄性不育
  • 1.2 油菜细胞核雄性不育的研究
  • 1.2.1 油菜细胞核雄性不育的细胞学研究
  • 1.2.2 油菜细胞核雄性不育的遗传
  • 1.2.2.1 显性细胞核雄性不育
  • 1.2.2.2 隐性细胞核雄性不育
  • 1.2.3 油菜细胞核雄性不育基因的定位
  • 1.2.4 油菜细胞核雄性不育的分子机理
  • 1.3 油菜的遗传图谱及重要基因的定位
  • 1.3.1 甘蓝型油菜的遗传图谱
  • 1.3.2 甘蓝型油菜重要基因的定位
  • 1.3.2.1 品质性状相关基因的定位
  • 1.3.2.2 抗病性状相关基因的定位
  • 1.3.2.3 开花期性状相关基因的定位
  • 1.3.2.4 育性相关基因的定位
  • 1.4 芸薹属作物与拟南芥比较基因组研究
  • 1.4.1 共线性比较
  • 1.4.2 芸薹属和拟南芥的起源与进化关系
  • 1.4.3 芸薹属作物与拟南芥比较基因组研究的意义
  • 1.5 拟南芥花粉发育的研究
  • 1.5.1 拟南芥花粉发育时期的划分和主要形态变化
  • 1.5.2 花药绒毡层的发育和功能
  • 1.5.3 花粉外壁合成相关基因
  • 1.6 本研究的目的和意义
  • 2 材料和方法
  • 2.1 试验材料
  • 2.2 花药半薄切片的制作
  • 2.3 AFLP与BSA分析
  • 2.3.1 DNA提取及样品池的构建
  • 2.3.2 AFLP分析
  • 2.4 SCAR标记转化
  • 2.4.1 差异片段的回收与连接
  • 2.4.2 差异片段的克隆与测序
  • 2.4.3 PCR walking
  • 2.4.4 SCAR引物设计、PCR扩增
  • 2.5 基因的遗传定位
  • 2.5.1 DH群体的分子标记分析
  • 2.5.1.1 SSR标记分析
  • 2.5.1.2 RFLP标记分析
  • 2.5.1.3 RAPD标记分析
  • 2.5.1.4 SRAP标记分析
  • 2.5.2 连锁遗传分析
  • 2.6 BAC文库的筛选及Shotgun测序
  • 2.6.1 BAC文库
  • 2.6.2 BAC文库的筛选和阳性克隆的PCR鉴定
  • 2.6.2.1 菌落杂交
  • 2.6.2.2 阳性克隆的PCR鉴定
  • 2.6.3 Shotgun测序
  • 2.6.3.1 Shotgun测序文库的构建
  • 2.6.3.2 序列分析
  • 2.6.4 新标记的开发
  • 2.6.5 候选基因的表达分析
  • 2.6.6 候选基因的比较测序
  • 2.6.6.1 DNA比较测序
  • 2.6.2.2 cDNA比较测序和RNA提取
  • 2.7 农杆菌介导的遗传转化
  • 2.7.1 植物表达载体的构建
  • 2.7.1.1 pBnG15表达载体的构建
  • 2.7.1.2 pAtG15RNAi干涉载体的构建
  • 2.7.2 油菜的遗传转化
  • 2.7.3 拟南芥的遗传转化
  • 3 结果与分析
  • 3.1 不育性状的遗传分析
  • 3.2 花药半薄切片观察
  • 3.3 与Bnms1连锁的AFLP标记
  • 3.4 SCAR标记转化
  • 3.4.1 差异片段的克隆测序
  • 3.4.2 AFLP侧翼序列的分离
  • 3.4.3 SCAR标记体系的建立
  • 3.4.4 标记位点序列的生物信息学分析
  • 3.5 Bnms1基因的遗传定位
  • 3.5.1 DH群体标记多态性筛选及标记群体分析
  • 3.5.2 DH群体遗传连锁图谱构建
  • 3.5.3 Bnms1基因的图谱定位
  • 3.6 Bnms1基因的物理定位
  • 3.6.1 Bnms1基因的BAC克隆定位
  • 3.6.2 Shotgun测序和新标记的开发
  • 3.6.3 候选基因的预测
  • 3.6.4 候选基因的表达分析
  • 3.6.5 候选基因的比较测序
  • 3.6.5.1 DNA序列比较
  • 3.6.5.2 cDNA序列比较
  • 3.7 候选基因的遗传转化
  • 3.7.1 甘蓝型油菜的遗传转化
  • 3.7.1.1 转基因载体的构建
  • 3.7.1.2 油菜转化单株的GUS检测
  • 3.7.2 拟南芥遗传转化
  • 3.7.2.1 RNAi载体的构建
  • 3.7.2.2 拟南芥转基因植株筛选和育性观察
  • 3.8 小结
  • 4 讨论
  • 4.1 AFLP标记结合BSA分析是基因定位的有效方法
  • 4.2 油菜基因组多倍性对图位克隆的影响
  • 4.3 候选基因G15可能是S45A败育的关键基因
  • 4.4 显性基因BnMs1的应用
  • 4.5 进一步的工作
  • 5 参考文献
  • 致谢
  • 附录1:本研究所用的引物
  • 附录2:油菜转基因所用的培养基
  • 附录3:作者简介和在读期间发表论文
  • 相关论文文献

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