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丙型肝炎病毒内部核糖体进入位点的三级结构研究

2020-12-04阅读(320)

丙型肝炎病毒内部核糖体进入位点的三级结构研究

论文摘要

丙型肝炎病毒(hepatitis C virus)的基因组是大约9.5kb的单链RNA,它能编码一个含有3000个氨基酸的蛋白质;它的基因组很复杂,现在已经知道有6种基因型和100种亚基因型,这些基因型的同源性少于65%,但这些基因型的5’—非翻译区域的同源性大于85%,其中内部核糖体进入位点(Internal RibosomeEntry Site IRES)的序列几乎完全保守。IRES坐落于mRNA的5’—非翻译区域(5’—UTR),它能启动不依赖帽式结构病毒翻译的开始。现在人们已经知道了IRES的一级结构和二级结构,并且知道它的一级结构和二级结构对HCV翻译起始很重要。虽然还不完全知道它的三级结构以及相关功能,但是已经知道它的三级结构形成与离子浓度、温度和RNA的浓度有关。IRES包括390个碱基,由一系列的连接点(junctions)、环(100ps)和茎(stems)组成,可大致分为4个结构域和2个相互独立的结构群。IRES的三级结构也许就是由这些结构域相互作用形成的。目前人们已经用冷冻电镜法、结晶法、X—衍射法和核磁共振等方法对IRES的三级结构做了一些研究,但这些方法都有各自的局限性,而且有时产生了不一致甚至相反的结果,这很可能是IRES在形成三级结构的过程中它的空间构象是不断变化的。本课题首先设计实验中所用的HCV IRES的有关序列、合成并纯化设计的DNA序列、应用体外转录法得到RNA序列并纯化此RNA序列、去磷酸化所有RNA序列并标记部分RNA序列,然后研究在不同的离子浓度、不同的RNA浓度以及不同的温度条件下,IRES的结构域Ⅲ(domainⅢ)的连接点(iunction)在不同的位置对结构域Ⅲ形成的影响、不同大小的结构域Ⅱ与完整的结构域Ⅲ和不完整的结构域Ⅲ的相互作用以及结构域Ⅲ的连接点中有点突变时对结构域Ⅲ形成的影响。

论文目录

  • 中文摘要
  • Abstract
  • 引言
  • 第一部分 设计实验中所用的丙型肝炎病毒（hepatitis C virus）内部核糖体进入位点（internal ribosome entry site）的有关序列
  • 一、设计序列的依据
  • 二、设计的RNA序列
  • 三、设计的DNA序列
  • 四、实验讨论
  • 第二部分 合成并纯化设计的DNA序列
  • 一、材料和仪器
  • 二、实验方法和过程
  • 三、实验结果
  • 四、实验讨论
  • 第三部分 应用体外转录法得到RNA序列并此纯化RNA序列
  • 一、材料和仪器
  • 二、实验方法和过程
  • 三、实验结果
  • 四、实验讨论
  • 第四部分 去磷酸化所有RNA序列并标记部分RNA序列
  • 一、材料和仪器
  • 二、实验方法和过程
  • 三、实验结果
  • 四、实验讨论
  • 第五部分 结构域Ⅲ中的连接点处于不同位置时,对HCV IRES结构形成的影响
  • 一、材料和仪器
  • 二、实验方法和过程
  • 三、实验结果
  • 四、实验讨论
  • 第六部分 结构域Ⅱ与不完整的结构域Ⅲ之间的相互作用
  • 一、材料和仪器
  • 二、实验方法和过程
  • 三、实验结果
  • 四、实验讨论
  • 第七部分 结构域Ⅱ与完整的结构域Ⅲ以及含突变点的完整结构域Ⅲ之间的相互作用
  • 一、材料和仪器
  • 二、实验方法和过程
  • 三、实验结果
  • 四、实验讨论
  • 第八部分 结构域Ⅲ的连接环中有点突变时,对HCV IRES结构形成的影响
  • 一、材料和仪器
  • 二、实验方法和过程
  • 三、实验结果
  • 四、实验讨论
  • 参考文献
  • 全文总结和展望
  • 致谢

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