本文主要研究内容
作者钟烨（2019）在《蚁科6属6种线粒体基因组分子系统发育分析》一文中研究指出：本研究采用高通量测序方法,测定了蚁科6属6种(即粗角猛蚁属Cerapachy的西藏粗角猛蚁C.xizangensis、矛猛蚁属Myopopone的红矛猛蚁M.castanea、细长蚁属Tertaponera的飘细长蚁T.allaborans、小眼蚁属Myopias的洛巴小眼猛蚁M.luobaensis、行军蚁属Doxrylus的东方行军蚁D.orientalis、钝猛蚁属Amblyopone的细齿点猛蚁A.crenatum)的线粒体基因组全序列,并自行设计引物补齐了高通量测序缺口。对每一个种的线粒体基因组进行了注释和碱基分析,并下载NCBI上已经发表的蚁科20种的线粒体基因组序列,提取其蛋白质基因和rRNA基因,并联合本研究的6种,建立了COX1,COX2,rrnL,rrnS,COX1+COX2+rrnL+rrnS以及蛋白基因6个数据集,构建BI树和ML树进行系统发育分析,旨在探讨蚁科各种在亚科级阶元上的系统发育关系,丰富其线粒体基因数据库。本研究得到以下结果:1.测得粗角猛蚁属Cerapachy的西藏粗角猛蚁C.xizangensis、矛猛蚁属Myopopone的红矛猛蚁M.castanea、细长蚁属Tertaponera的飘细长蚁T.allaborans、小眼蚁属Myopias的洛巴小眼猛蚁M.luobaensis、行军蚁属Doxrylus东方行军蚁D.orientalis、钝猛蚁属Amblyopone-细齿点猛蚁A.crenatum的线粒体序列分别为16769bp,15890bp,15459bp,15227bp,17792bp,16016bp,其中洛巴小眼猛蚁和东方行军蚁的线粒体序列可能在CR区附近存在缺口,其余序列均已测通。2.研究发现6种蚂蚁的线粒体蛋白基因均排列一致,且ATP8-ATP6与NAD4-NAD4L这两组基因之间常有基因重叠现象。tRNA基因有较多的重排现象,如CR区到NAD2基因之间的3个基因(tRNA-Met,tRNA-Gln,tRNA-Ile)均有活跃的基因重排事件,tRNA-Ala基因在西藏粗角猛蚁和红矛猛蚁的线粒体基因组中发生了倒置,tRNA-Val基因在红矛猛蚁、飘细长蚁、细齿点猛蚁、洛巴小眼猛蚁和东方行军蚁的线粒体基因组中发生了倒置,tRNA-Trp基因在洛巴小眼猛蚁的线粒体基因组中发生了异位倒置。发现东方行军蚁的tRNA-Pro基因与NAD6基因的间隔区存在高度重复序列TATAAA,同时NAD2基因至tRNA-Gln基因出现了重复,而且序列一样,洛巴小眼猛蚁NAD1基因以TTG为起始密码子。3.除了洛巴小眼猛蚁NAD1基因外,其余的蛋白基因均以典型的ATN作为起始密码子,大部分蛋白基因以TAA为终止密码子,一部分蛋白基因以TAG为终止密码子,还有少数的蛋白基因以不完全密码TA或者是T结尾。通过统计各个物种的RSCU,发现线粒体蛋白编码基因以UUU、UUA、AUU、AUA、UAU、AAU六种密码子居多,这和线粒体基因组具有明显AT偏向性相符合。4.从tRNAscan-SE网站上下载了6种蚂蚁的大部分tRNA二级结构,发现有一些种tRNA的存在着错配现象,主要是U-U错配且都发生于氨基酸接受臂上。5.利用COX1,COX2,rrnL,rrnS,COX1+COX2+rrnL+rrnS以及蛋白基因6个数据集建立了6种蚂蚁的ML树和BI树,多基因联合建树结果支持蚁亚科与切叶蚁亚科为姐妹群关系,大多数建树结果显示西藏粗角猛蚁与东方行军蚁亲缘关系很近,这一结果支持将粗角猛蚁亚科归为行军蚁亚科。
Abstract
ben yan jiu cai yong gao tong liang ce xu fang fa ,ce ding le yi ke 6shu 6chong (ji cu jiao meng yi shu Cerapachyde xi cang cu jiao meng yi C.xizangensis、mao meng yi shu Myopoponede gong mao meng yi M.castanea、xi chang yi shu Tertaponerade piao xi chang yi T.allaborans、xiao yan yi shu Myopiasde luo ba xiao yan meng yi M.luobaensis、hang jun yi shu Doxrylusde dong fang hang jun yi D.orientalis、dun meng yi shu Amblyoponede xi chi dian meng yi A.crenatum)de xian li ti ji yin zu quan xu lie ,bing zi hang she ji yin wu bu ji le gao tong liang ce xu que kou 。dui mei yi ge chong de xian li ti ji yin zu jin hang le zhu shi he jian ji fen xi ,bing xia zai NCBIshang yi jing fa biao de yi ke 20chong de xian li ti ji yin zu xu lie ,di qu ji dan bai zhi ji yin he rRNAji yin ,bing lian ge ben yan jiu de 6chong ,jian li le COX1,COX2,rrnL,rrnS,COX1+COX2+rrnL+rrnSyi ji dan bai ji yin 6ge shu ju ji ,gou jian BIshu he MLshu jin hang ji tong fa yo fen xi ,zhi zai tan tao yi ke ge chong zai ya ke ji jie yuan shang de ji tong fa yo guan ji ,feng fu ji xian li ti ji yin shu ju ku 。ben yan jiu de dao yi xia jie guo :1.ce de cu jiao meng yi shu Cerapachyde xi cang cu jiao meng yi C.xizangensis、mao meng yi shu Myopoponede gong mao meng yi M.castanea、xi chang yi shu Tertaponerade piao xi chang yi T.allaborans、xiao yan yi shu Myopiasde luo ba xiao yan meng yi M.luobaensis、hang jun yi shu Doxrylusdong fang hang jun yi D.orientalis、dun meng yi shu Amblyopone-xi chi dian meng yi A.crenatumde xian li ti xu lie fen bie wei 16769bp,15890bp,15459bp,15227bp,17792bp,16016bp,ji zhong luo ba xiao yan meng yi he dong fang hang jun yi de xian li ti xu lie ke neng zai CRou fu jin cun zai que kou ,ji yu xu lie jun yi ce tong 。2.yan jiu fa xian 6chong ma yi de xian li ti dan bai ji yin jun pai lie yi zhi ,ju ATP8-ATP6yu NAD4-NAD4Lzhe liang zu ji yin zhi jian chang you ji yin chong die xian xiang 。tRNAji yin you jiao duo de chong pai xian xiang ,ru CRou dao NAD2ji yin zhi jian de 3ge ji yin (tRNA-Met,tRNA-Gln,tRNA-Ile)jun you huo yue de ji yin chong pai shi jian ,tRNA-Alaji yin zai xi cang cu jiao meng yi he gong mao meng yi de xian li ti ji yin zu zhong fa sheng le dao zhi ,tRNA-Valji yin zai gong mao meng yi 、piao xi chang yi 、xi chi dian meng yi 、luo ba xiao yan meng yi he dong fang hang jun yi de xian li ti ji yin zu zhong fa sheng le dao zhi ,tRNA-Trpji yin zai luo ba xiao yan meng yi de xian li ti ji yin zu zhong fa sheng le yi wei dao zhi 。fa xian dong fang hang jun yi de tRNA-Proji yin yu NAD6ji yin de jian ge ou cun zai gao du chong fu xu lie TATAAA,tong shi NAD2ji yin zhi tRNA-Glnji yin chu xian le chong fu ,er ju xu lie yi yang ,luo ba xiao yan meng yi NAD1ji yin yi TTGwei qi shi mi ma zi 。3.chu le luo ba xiao yan meng yi NAD1ji yin wai ,ji yu de dan bai ji yin jun yi dian xing de ATNzuo wei qi shi mi ma zi ,da bu fen dan bai ji yin yi TAAwei zhong zhi mi ma zi ,yi bu fen dan bai ji yin yi TAGwei zhong zhi mi ma zi ,hai you shao shu de dan bai ji yin yi bu wan quan mi ma TAhuo zhe shi Tjie wei 。tong guo tong ji ge ge wu chong de RSCU,fa xian xian li ti dan bai bian ma ji yin yi UUU、UUA、AUU、AUA、UAU、AAUliu chong mi ma zi ju duo ,zhe he xian li ti ji yin zu ju you ming xian ATpian xiang xing xiang fu ge 。4.cong tRNAscan-SEwang zhan shang xia zai le 6chong ma yi de da bu fen tRNAer ji jie gou ,fa xian you yi xie chong tRNAde cun zai zhao cuo pei xian xiang ,zhu yao shi U-Ucuo pei ju dou fa sheng yu an ji suan jie shou bei shang 。5.li yong COX1,COX2,rrnL,rrnS,COX1+COX2+rrnL+rrnSyi ji dan bai ji yin 6ge shu ju ji jian li le 6chong ma yi de MLshu he BIshu ,duo ji yin lian ge jian shu jie guo zhi chi yi ya ke yu qie xie yi ya ke wei jie mei qun guan ji ,da duo shu jian shu jie guo xian shi xi cang cu jiao meng yi yu dong fang hang jun yi qin yuan guan ji hen jin ,zhe yi jie guo zhi chi jiang cu jiao meng yi ya ke gui wei hang jun yi ya ke 。
论文参考文献
论文详细介绍
论文作者分别是来自广西师范大学的钟烨，发表于刊物广西师范大学2019-07-18论文，是一篇关于蚁科论文,线粒体基因组论文,基因重排论文,序列分析论文,系统发育分析论文,广西师范大学2019-07-18论文的文章。本文可供学术参考使用，各位学者可以免费参考阅读下载，文章观点不代表本站观点，资料来自广西师范大学2019-07-18论文网站，若本站收录的文献无意侵犯了您的著作版权，请联系我们删除。
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