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京海黄鸡IGF-IR、IGFBP-3基因多态性及其与生产性能的相关性研究

2020-12-12阅读(964)

京海黄鸡IGF-IR、IGFBP-3基因多态性及其与生产性能的相关性研究

论文摘要

本研究以IGF-IR、IGFBP-3基因作为影响京海黄鸡生产性能的候选基因,采用DNA测序、PCR-SSCP和PCR-RFLP技术分析了2个基因单核苷酸多态性,并与京海黄鸡的生产性能进行相关分析。主要研究结果如下：1.在京海黄鸡IGF-IR基因外显子区共发现7个SNPs位点（G26333A、G26336A、 C26639T、G110996C、C111014A、C143082G和A143135G）;在IGFBP-3基因共发现3个SNPs位点（T160G、C1087T和C4095T）。2. IGF-IR基因外显子的G26336A和C111014A位点分别导致Alu Ⅰ和Hinl I酶切位点的改变。3. IGF-IR基因7个SNPs位点全部位于编码区,突变都未导致氨基酸的改变。鸡群体在IGR3-1位点上偏离Hardy-Weinberg平衡,其余位点符合Hardy-Weinberg平衡。4. IGFBP-3基因3个SNPs其中1个位于内含子区,2个位于外显子非编码区。鸡群体在IBP2-1位点上偏离Hardy-Weinberg平衡,其余位点符合Hardy-Weinberg平衡。5. IGF-IR基因IGR2-1和IGR16（IGR16-1、IGR16-2）位点对京海黄鸡300日龄产蛋数有显著的影响（P<0.05）,推测IGF-IR基因可能是影响京海黄鸡繁殖性状的的主效基因或与主效基因相连锁的一个标记。在IGR2-1位点上,AA和AB基因型个体在300日龄产蛋数上显著高于BB型个体（P<0.05）,IGR2-1位点在京海黄鸡300日龄产蛋数的标记辅助选择方面具有很大的应用潜力。6. IGF-IR基因IGR2-1、IGR2-2（Alu I）、IGR2-3、IGR3-2（Hinl I）和IGR16（IGR16-1、IGR16-2）位点对京海黄鸡的生长性状具有显著的影响（P<0.05）,推测IGF-IR基因可能是影响京海黄鸡生长性状的主效基因或与主效基因相连锁的一个标记。在IGR2-2（Alu I）位点上,DD基因型个体在8周龄体重显著高于CC基因型个体（P<0.05）,DD基因型个体在12周龄体重显著高于CC和CD基因型个体（P<0.05）,IGR2-2（Alu I）位点在京海黄鸡生长性状的标记辅助选择方面具有很大的应用潜力。7.IGF-IR基因连锁不平衡结果显示,IGR16-1与IGR16-2为完全连锁不平衡；IGR3-2与IGR16-1为强连锁不平衡。8. IGFBP-3基因IBP1和IBP2-1位点对京海黄鸡开产日龄具有显著的影响（P<0.05）,IBP1位点对京海黄鸡的生长性状具有显著的影响（P<0.05）。IBP1位点在初生重OP基因型的体重显著高于PP基因型（P<0.05）,在8周龄体重OP基因型的体重显著高于OO基因型（P<0.05）。

论文目录

  • 中文摘要
  • ABSTRACT
  • 第一章 文献综述
  • 1. 家禽分子遗传标记研究进展
  • 1.1 分子遗传标记研究方法
  • 1.2 几种常规分子遗传标记技术
  • 1.2.1 限制性片段长度多态性（RFLP）技术
  • 1.2.2 随机扩增多态性（RAPD）技术
  • 1.2.3 单链构象多态性（SSCP）技术
  • 2. 胰岛素样生长因子-Ⅰ受体（IGF-IR）及其基因研究进展
  • 2.1 鸡IGF-IR基因的定位与结构
  • 2.2 IGF-IR基因的作用机理
  • 2.3 IGF-IR基因的生物学功能
  • 2.4 IGF-IR基因的多态性与生产性能的关系
  • 3. 胰岛素样生长因子结合蛋白-3（IGFBP-3）及其基因研究进展
  • 3.1 IGFBP-3基因的定位与结构
  • 3.2 IGFBP-3基因的作用机理
  • 3.3 IGFBP-3基因的生物学功能
  • 3.4 IGFBP-3基因的多态性与生产性能的关系
  • 4. 本研究的目的和意义
  • 第二章 鸡胰岛素样生长因子-Ⅰ受体（IGF-IR）基因多态性及其与生产性状的关联分析
  • 1. 材料与方法
  • 1.1 试验材料
  • 1.2 主要仪器与设备
  • 1.3 主要试剂
  • 1.4 鸡血液DNA的提取
  • 1.5 引物设计
  • 1.6 池DNA构建
  • 1.7 PCR扩增
  • 1.8 制胶及染胶
  • 1.9 PCR-SSCP分析
  • 1.10 PCR-RFLP分析
  • 1.11 数据的统计分析
  • 1.11.1 序列比对以及酶切位点的寻找
  • 1.11.2 基因频率和基因型频率的计算
  • 1.11.3 Hardy-Weinberg平衡状态的检验
  • 1.11.4 统计分析模型和软件
  • 1.11.5 连锁不平横检验及单倍型分析
  • 2. 结果与分析
  • 2.1 鸡基因组DNA和PCR产物结果
  • 2.1.1 基因组DNA提取结果
  • 2.1.2 PCR扩增结果
  • 2.2 池DNA测序结果
  • 2.3 酶切位点的发现
  • 2.4 PCR-RFLP结果
  • 2.5 PCR-SSCP结果
  • 2.6 PCR-SSCP测序结果
  • 2.7 群体遗传学分析
  • 2.8 IGF-IR基因与生产性能的关联分析
  • 2.8.1 IGF-IR基因IGR2-1位点与生产性能的关联分析
  • 2.8.2 IGF-IR基因IGR2-2位点与生产性能的关联分析
  • 2.8.3 IGF-IR基因IGR2-3位点与生产性能的关联分析
  • 2.8.4 IGF-IR基因IGR3-1位点与生产性能的关联分析
  • 2.8.5 IGF-IR基因IGR3-2位点与生产性能的关联分析
  • 2.8.6 IGF-IR基因IGR16（IGR16-1、IGR16-2）位点与生产性能的关联分析
  • 2.9 连锁不平衡分析及单倍型分析结果
  • 2.9.1 连锁不平衡分析
  • 2.9.2 单倍型分析
  • 2.9.3 单倍型组合与京海黄鸡生产性能的关联分析
  • 3. 讨论
  • 3.1 利用池DNA测序快速筛查SNP
  • 3.2 遗传变异位点的分析
  • 3.3 IGF-IR基因的群体遗传学分析
  • 3.4 IGF-IR基因的多态性及其与生产性能的关联分析
  • 3.5 连锁不平衡及单倍型分析
  • 3.5.1 连锁不平衡分析
  • 3.5.2 单倍型分析
  • 第三章 鸡胰岛素样生长因子结合蛋白-3（IGFBP-3）基因多态性及其与生产性状的关联分析
  • 1. 材料与方法
  • 1.1 试验材料
  • 1.2 主要仪器与设备
  • 1.3 主要试剂
  • 1.4 引物设计及PCR扩增
  • 1.5 PCR-SSCP分析
  • 1.6 数据的统计分析
  • 2. 结果与分析
  • 2.1 鸡基因组DNA和PCR产物结果
  • 2.1.1 鸡基因组DNA的提取结果
  • 2.1.2 PCR产物扩增结果
  • 2.2 IGFBP-3基因SSCP检测及序列分析
  • 2.2.1 SSCP检测
  • 2.2.2 序列分析结果
  • 2.3 群体遗传学分析
  • 2.4 IGFBP-3基因与生产性能的关联分析
  • 2.4.1 IGFBP-3基因IBP1位点与生长性状的关联分析
  • 2.4.2 IGFBP-3基因IBP2-1位点与生长性状的关联分析
  • 2.4.3 IGFBP-3基因IBP3-1位点与生长性状的关联分析
  • 3. 讨论
  • 3.1 遗传变异位点及群体遗传学分析
  • 3.2 内含子突变的影响
  • 3.3 IGFBP-3基因的多态性及其与生产性能的关联分析
  • 第四章 多基因综合标记分析
  • 1. 材料与方法
  • 1.1 试验材料
  • 1.2 IGF-IR、IGFBP-3基因综合标记
  • 2. 结果与分析
  • 2.1 IGF-IR基因和IGFBP-3基因对繁殖性状的互作效应
  • 2.2 IGF-IR基因和IGFBP-3基因对生长性状的互作效应
  • 2.3 IGF-IR和IGFBP-3基因型组合对生产性状的互作效应分析
  • 3. 讨论
  • 3.1 京海黄鸡IGF-IR基因和IGFBP-3基因的互作效应
  • 3.2 京海黄鸡IGF-IR和IGFBP-3基因型组合效应
  • 总结论
  • 参考文献
  • 致谢
  • 攻读学位期间发表学术论文

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