北京黑猪10个基因的多态性与产仔性状的关联分析

论文摘要

本试验采用PCR-RFLP和直接电泳的方法分析了北京黑猪群体的FSHβ、ESR、PRLR、BF、Lep、EGF、RBP4、OPN、BMP15和FUT 1共10个候选基因的多态性及其与北京黑猪的产仔性能之间的关联,结果表明:在北京黑猪群体中,FSHβ片段2的HaeⅢ酶切位点、ESR的PvuⅡ酶切位点、PRLR的AluⅠ酶切位点、BF的SmaⅠ酶切位点、Lep的胁HinfⅠ酶切位点、RBP4的MspⅠ酶切位点和FUT1的HhaⅠ酶切位点均检测3种基因型,而BMP15基因的BciT130Ⅰ酶切位点检测到AA和AB两种基因型。在FSHβ片段1的第1内含子和EGF第3内含子上分别存在274bp和876bp的缺失突变,检测到两个等位基因,表现出3种基因型。OPN基因第6内含子在长白猪、大白猪群体中存在307bp的缺失突变,但是北京黑猪只有BB型,不存在多态性。多态信息含量、杂合度和有效等位基因数统计结果表明,FSHβ的2个位点、BF、EGF、BMP15基因的突变位点在北京黑猪群体中均处于低度多态,而ESR、PRLR、LEP、RBP4、FUT1处于中度多态,经x2适合性检验,除OPN基因外的9个候选基因10个位点的突变（缺失）均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P＞0.05）。基因多态性与产仔性状的关联分析结果表明:FSHβ基因2个位点上,AA型个体的TNB（总产仔数）和NBA（产活仔数）高于AB和BB型个体（初产母猪P＜0.05,经产母猪P＞0.05）;ESR基因PvuⅡ位点上,经产母猪的AA和AB基因型个体的TNB和NBA显著的高于BB型个体（P＜0.05）,其A等位基因表现为正效应;PRLR基因AluⅠ位点上,AA型个体的TNB和NBA高于AB和BB型个体,除了经产母猪TNB差异显著以外,其余的差异均不显著;BF基因SmaⅠ位点上,经产母猪AB型个体的NBA显著的高于AA和BB型个体（P＜0.05）;Lep基因的HinfⅠ酶切位点和EGF基因的缺失突变位点上,不论是初产还是经产母猪,各基因型个体间的产仔性状无显著差异;RBP4基因MspⅠ位点上,BB型个体的TNB和NBA高于AA和AB型个体（初产母猪P＜0.05,经产母猪P＞0.05）;BMP15基因BciT 130Ⅰ位点上,初产和经产的AA型母猪的NBA和TNB高于AB型个体（P＞0.05）;FUT1基因HhaⅠ位点上,经产母猪AA型个体的TNB显著的高于GG型个体（P＜0.05）。综上结果,FSHβ基因的HaeⅢ酶切位点、FSHβ基因第1内含子274bp的缺失突变、ESR基因的PvuⅡ酶切位点、PRLR基因的AluⅠ酶切位点、BF的SmaⅠ酶切位点、RBP4的MspⅠ酶切位点和FUT1的HhaⅠ酶切位点可作为与北京黑猪产仔性状（NBA和TNB）关联的遗传标记。利用这6个基因的7个位点的标记对北京黑猪群体开展标记辅助选择,有望获得较大的遗传育种进展和经济效益。

论文目录

• 中文摘要
• 英文摘要
• 第一章 文献综述
• 1.1 数量性状位点（QTL）
• 1.1.1 QTL的定位
• 1.1.2 猪产仔数的QTL
• 1.2 标记辅助选择（MAS）
• 1.2.1 分子标记概述
• 1.2.2 标记辅助选择（MAS）
• 1.3 猪繁殖性状候选基因的研究进展
• 1.3.1 卵泡刺激素β亚基基因（FSHβ）
• 1.3.2 雌激素受体（ESR）
• 1.3.3 催乳素受体（PRLR）
• 1.3.4 备解素（BF）
• 1.3.5 瘦素（Lep）
• 1.3.6 表皮生长因子（EGF）
• 1.3.7 视黄醇结合蛋白4（RBP4）
• 1.3.8 骨桥蛋白（OPN）
• 1.3.9 骨形成蛋白15（BMP15）
• 1.3.10 α-（1,2）岩藻糖转移酶基因1（FUT1）
• 1.4 北京黑猪的种质遗传特征
• 1.4.1 种质特征
• 1.4.2 遗传基础
• 1.5 开展北京黑猪繁殖性状分子生物学研究的意义
• 第二章 材料与方法
• 2.1 实验材料
• 2.1.1 实验动物
• 2.1.2 主要仪器设备
• 2.1.3 工具酶及主要试剂
• 2.1.4 主要药品及试剂的配制
• 2.2 实验方法与步骤
• 2.2.1 实验猪耳组织样DNA的提取和检测
• 2.2.2 DNA浓度和纯度的检测
• 2.2.3 PCR扩增和酶切反应条件
• 2.2.4 PCR-RFLP分析
• 2.3 数据统计分析
• 2.3.1 基因频率和基因型频率的计算
• 2.3.2 多态信息含量
• 2.3.3 有效等位基因数
• 2.3.4 群体杂合度
• 2.3.5 Hardy-Weinberg平衡检测
• 2.3.7 数据统计模型
• 第三章 基因的多态性分析
• 3.1 基因组DNA的提取效果
• 3.2 10个基因的多态性分析
• 3.2.1 FSHβ基因
• 3.2.2 ESR基因
• 3.2.3 PRLR基因
• 3.2.4 BF基因
• 3.2.5 Lep基因
• 3.2.6 EGF基因
• 3.2.7 RBP4基因
• 3.2.8 OPN基因
• 3.2.9 BMP15基因
• 3.2.10 FUT1基因
• 第四章 基因多态性与繁殖性状的关联分析
• 4.1 FSHβ基因多态性与繁殖性状的关联分析
• 4.1.1 单基因型效应分析
• 4.1.2 合并基因型效应分析
• 4.2 ESR基因多态性与繁殖性状的关联分析
• 4.3 PRLR基因多态性与繁殖性状的关联分析
• 4.4 BF基因多态性与繁殖性状的关联分析
• 4.5 Lep基因多态性与繁殖性状的关联分析
• 4.6 EGF基因多态性与繁殖性状的关联分析
• 4.7 RBP4基因多态性与繁殖性状的关联分析
• 4.8 OPN基因多态性与繁殖性状的关联分析
• 4.9 BMP15基因多态性与繁殖性状的关联分析
• 4.10 FUT1基因多态性与繁殖性状的关联分析
• 第五章 讨论
• 5.1 FSHβ基因
• 5.1.1 关于FSHβ基因多态性及群体遗传分析
• 5.1.2 FSHβ基因多态性与猪产仔性状的关系
• 5.2 ESR基因
• 5.2.1 ESR基因多态性及群体遗传分析
• 5.2.2 ESR基因多态性与猪产仔性状的关系
• 5.3 PRLR基因
• 5.3.1 PRLR基因多态性及群体遗传分析
• 5.3.2 PRLR基因多态性与猪产仔性状的关系
• 5.4 BF基因
• 5.4.1 BF基因多态性及群体遗传分析
• 5.4.2 BF基因多态性与猪产仔性状的关系
• 5.5 Lep基因
• 5.5.1 Lep基因多态性及群体遗传分析
• 5.5.2 Lep基因多态性与猪产仔性状的关系
• 5.6 EGF基因
• 5.6.1 EGF基因多态性及群体遗传分析
• 5.6.2 EGF基因多态性与猪产仔性状的关系
• 5.7 RBP4基因
• 5.7.1 RBP4基因多态性及群体遗传分析
• 5.7.2 RBP4基因多态性与猪产仔性状的关系
• 5.8 OPN基因
• 5.8.1 OPN基因多态性及群体遗传分析
• 5.8.2 OPN基因多态性与猪产仔性状的关系
• 5.9 BMP15基因
• 5.9.1 BMP15基因多态性及群体遗传分析
• 5.9.2 BMP15基因多态性与猪产仔性状的关系
• 5.10 FUT1基因
• 5.10.1 FUT1基因多态性及群体遗传分析
• 5.10.2 FUT1基因多态性与猪产仔性状的关系
• 第六章 结论
• 参考文献
• 缩略词
• 致谢
• 作者简介