采用基因芯片研究表观遗传修饰在胃癌发生机制中的作用

采用基因芯片研究表观遗传修饰在胃癌发生机制中的作用

论文摘要

目的研究表观遗传修饰在胃癌发病机制中的作用。方法收集我科2007.10~2008.01病理确诊的8例胃癌患者肿瘤组织和正常胃粘膜组织,采用染色质免疫共沉淀联合芯片技术(ChIP-chip)在细胞全基因组范围内对两种组织细胞内组蛋白H3K27位点三甲基化水平进行高通量的检测,用染色质免疫共沉淀-实时定量聚合酶链反应(ChIP-qPCR)验证芯片检测结果,采用荧光定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)检测两种组织细胞H3K27me3水平存在显著差异的目的基因mRNA表达水平,最后用甲基化DNA免疫沉淀-定量PCR(MeDIP-qPCR)方法检测目的基因启动子区域DNA甲基化水平。结果和正常胃粘膜组织细胞相比较,胃癌肿瘤细胞全基因组范围共筛选出227个基因组蛋白H3K27me3水平存在显著差异,其中有67个基因显示组蛋白H3K27三甲基化水平增高,160个基因组蛋白H3K27三甲基化水平降低;ChIP-qPCR技术检测两种组织细胞挑选基因组蛋白H3K27三甲基化水平的差异与CpG岛芯片检测结果一致,两种组织细胞挑选基因的mRNA表达水平和DNA甲基化水平均存在显著差异。结论与正常胃粘膜细胞相比,胃癌肿瘤细胞多个基因组蛋白H3K27三甲基化水平存在显著改变;基因组蛋白H3K27三甲基化对调控基因表达发挥沉默效应;挑选基因DNA甲基化水平亦存在明显变化,挑选基因DNA甲基化和组蛋白H3K27me3两种表观修饰方式存在相互作用,DNA甲基化修饰作用可能存在优势;表观遗传修饰在胃癌发病机制中发挥重要作用。ChIP-chip技术有利于进一步揭示胃癌发生的分子机制,发现新的治疗靶点。

论文目录

  • 中文摘要
  • Abstract
  • 1 绪言
  • 一、组蛋白甲基化修饰与消化道肿瘤
  • 二、DNA甲基化与消化道肿瘤
  • 参考文献
  • 2 实验第一部分:采用染色质免疫共沉淀联合芯片(ChIP-chip)技术检测胃癌细胞全基因组蛋白甲基化水平
  • 1 研究对象
  • 2 实验步骤
  • 4 实验质量控制
  • 5.统计学方法
  • 6.实验结果
  • 7.讨论
  • 参考文献
  • 3 实验第二部分:染色质免疫共沉淀-实时荧光定量聚合酶联反应(ChIP-qPCR)验证实验
  • 1.实验材料
  • 2.实验步骤
  • 3.统计学方法
  • 4.ChIP-qPCR验证芯片检测结果
  • 5.讨论
  • 参考文献
  • 4 实验第三部分:采用实时定量逆转录PCR检测挑选基因mRNA的表达
  • 1.实验材料
  • 2.实验步骤
  • 3.实验的主意要点
  • 4.统计学方法
  • 5.3个挑选基因转录后mRNA表达的定量分析结果
  • 6.讨论
  • 参考文献
  • 5 实验第四部分:采用MeDIP-qPCR方法检测挑选基因DNA甲基化
  • 1.研究对象
  • 2.实验样品与试剂
  • 3.实验仪器
  • 4.实验步骤
  • 5.统计学方法
  • 6.实验结果
  • 7.讨论
  • 参考文献
  • 综述
  • 附录一:标本送病理检查明确组织性质
  • 附录二:实验中使用的重要设备和仪器
  • 附录三:研究对象患者一般资料
  • 致谢
  • 附录四:攻读学位期间发表论文目录
  • 相关论文文献

    • [1].胃癌全基因组蛋白H3K27三甲基化水平的研究[J]. 肿瘤防治研究 2009(08)
    • [2].采用染色质免疫沉淀联合芯片技术分析胃癌全基因组蛋白H3K27三甲基化水平[J]. 临床肿瘤学杂志 2009(01)

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