大仓鼠种群春秋季节RAPD和SSR遗传多态性研究

论文摘要

本研究采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术与微卫星标记(SSR),从DNA水平对大仓鼠种群(1984～1988年)的遗传多态性进行了研究,探讨了大仓鼠种群遗传多态性的变化与种群数量波动的关系。主要研究结果如下: 1.综合多年来标本基因组DNA提取与纯化的研究方法,本文提出了一种从福尔马林浸泡的大仓鼠肝脏标本中提取基因组总DNA的新方法——XZL法。该方法的主要特点是通过前处理过程去除标本组织细胞中的福尔马林的各种成分,此程序是提取高质量标本DNA成败的关键。本研究首先将标本样品切成0.5g左右的小块,分置于几只1.5ml离心管中,在处理过程中使用了XZL处理液。检验结果证明该方法提取的标本组织DNA可用于PCR等后续分子生物学研究(正在申请技术发明专利)。 2.根据80条(4组)引物中筛选出的6条随机引物对大仓鼠种群肝脏标本基因组总DNA的扩增结果,本文应用多态位点率、Shannon信息指数和Nei遗传多样性指数进行了统计分析。结果表明大仓鼠种群同年春秋两季节间存在遗传多态性差异,即春季种群遗传变异高于秋季种群;研究还发现不同年份中遗传多态性变化特点为种群暴发年要高于低数量年。 3.本研究从大仓鼠微卫星引物(中国科学院动物研究所农业虫鼠害综合治理研究国家重点实验室筛选)以及根据原仓鼠微卫星序列(Genbank中已公布)设计的引物共6对中筛选出1对,即AJ532562,扩增了大仓鼠标本基因组总DNA,测序结果表明该区域序列长491bp。大仓鼠种群该段核苷酸序列分析结果表现为同年中春季种群遗传变异较丰富,秋季种群较低,即遗传变异随数量增加而降低;而年际间的研究发现遗传变异有随种群数量暴发而增加的趋势。

论文目录

• 中文摘要
• 英文摘要
• 一、引言
• 1.1 大仓鼠的研究现状
• 1.1.1 大仓鼠种群动态特征
• 1.1.2 研究地区自然概况
• 1.2 遗传多样性
• 1.2.1 遗传多样性及其研究意义
• 1.2.2 分子生物学研究方法
• 1.3 保存标本DNA研究历史及存在问题
• 1.4 研究目标
• 二、材料与方法
• 2.1 试验材料
• 2.1.1 样品采集
• 2.1.2 药品和酶
• 2.1.3 主要仪器
• 2.1.4 菌株和载体
• 2.1.5 分析工具软件及网址
• 2.1.6 溶液的配制
• 2.2 研究方法
• 2.2.1 大仓鼠标本基因组 DNA的提取与检测
• 2.2.2 随机扩增多态性 DNA（RAPD）
• 2.2.3 PCR产物电泳确定目的片段及待测序片段的回收
• 2.2.4 PCR扩增片段的克隆与测序
• 三、结果与分析
• 3.1 标本基因组DNA的鉴定与DNA质量的标准化
• 3.2 RAPD产物的鉴定、观察及统计分析
• 3.2.1 多态位点率的变化
• 3.2.2 Shannon指数计算的大仓鼠不同季节种群的遗传变异
• 3.2.3 由Nei指数计算的大仓鼠不同季节的遗传变异
• 3.3 PCR扩增产物的琼脂糖凝胶电泳检测
• 3.4 目的片段的克隆和测序
• 3.4.1 阳性克隆的鉴定
• 3.4.2 测序结果
• 四、讨论
• 4.1 研究方法的讨论
• 4.1.1 福尔马林保存标本的预处理及基因组DNA的提取
• 4.1.2 PCR反应条件的优化
• 4.1.3 DNA特异片段的克隆与测序
• 4.2 大仓鼠种群春秋季节遗传多态性差异
• 4.2.1 大仓鼠种群春秋季节遗传多态性变化
• 4.2.2 大仓鼠高低数量年、暴发年之间的遗传变异特点
• 4.2.3 大仓鼠种群数量波动与遗传调节的关系
• 参考文献
• 缩略语索引
• 致谢
• 在读期间发表和完成的论文
• 附录