论文题目: 散发性结直肠癌高频杂合缺失及转移相关区域基因精细定位及初步筛选
论文类型: 博士论文
论文专业: 外科学
作者: 黄力
导师: 彭志海,李继坤,陈国庆,徐军明
关键词: 杂合缺失,微卫星,精细定位,定位候选克隆,染色体,结直肠癌
文献来源: 复旦大学
发表年度: 2005
论文摘要: 背景与目的：散发性结直肠癌是最常见的恶性肿瘤之一，近年来在我国的发病率呈明显上升趋势，严重威胁人民的健康。为了实现肿瘤的早期诊断和治疗，必须明确肿瘤发生和转移的机制。肿瘤抑制基因的失活是导致肿瘤形成和发展的一个主要因素，最常见的失活形式即等位基因的杂合性缺失(LOH)。通常在染色体上的高频杂合区域含有一个或多个肿瘤抑制基因。通过寻找等位基因杂合缺失的高发区域，即可能找到肿瘤相关基因。在散发性结直肠癌利用多态性微卫星标记对肿瘤细胞进行基因扫描，寻找等位基因杂合缺失的高发区域，将肿瘤相关基因定位于染色体某一狭窄区域，并通过对该区域中分布的基因进行检测筛选，进而明确其中存在的肿瘤相关基因。这是当前在全基因组范围系统寻找肿瘤相关基因的主要策略之一。利用上述定位候选克隆的策略，本研究对散发性结直肠癌染色体3、16p、16q、17p进行杂合性缺失分析，将发现的高频杂合缺失区域利用更高密度的多态性微卫星标记进行精细定位分析，寻找同源缺失的最小片段，将肿瘤相关基因精细定位至平均1—2cM范围。同时，对2号和16号染色体上发现的两个散发性结直肠癌分化及转移相关区域进行精细定位研究。本研究力图将肿瘤相关基因的候选区域定位至尽可能小的范围，并初步筛查候选基因，为进一步的基因筛选和克隆奠定基础。方法：分别用覆盖染色体3、16p、16q、17p的13、5、5、5对多态性微卫星标记(平均遗传距离约10cM)对83例散发性结直肠癌肿瘤和对应正常组织进行“touch-down”PCR反应，扩增相应位点的基因组DNA。PCR产物在ABI Prism 377自动测序仪进行电泳，用Genescan3.7和Genotype 3.7软件进行基因分型和杂合缺失分析。初步定位高频杂合缺失区域后，用覆盖这些区域的高密度的多态性微卫星标记(平均遗传距离约0.7cM)对其进行精细定位。另对2号和16号染色体上发现的两个肿瘤分化和转移相关区域用上述方法进行精细定位研究。结果：在16号染色体短臂(16p)发现了一个高频杂合缺失位点D16S404，对其所在区域用5对微卫星标记精细定位，确定最小杂合缺失区域位于D16S406—D16S3126间，遗传距离约1.1cM。在16号染色体长臂(16q)发现了一个高频杂合缺失位点D16S503，对其所在区域用8对微卫星标记精细定位，确定了两个精细高频杂合缺失区间：一个位于D16S3143—D16S3050间，遗传距离约2cM；另一个位于D16S3094-D16S3143间，遗传距离约1.6cM。在3号染色体发现了一个高频杂合缺失位点D3S1300，对其用5对微卫星标记精细定位，确定最小杂合缺失区间位于D3S1547—D3S1312间，遗传距离约1.9cM。在17号染色体短臂发现4个高频杂合缺失位点，其中D17S1857离TP53最远，对其用10对微卫星标记精细定位，发现其整段呈高频杂合缺失状态。而杂合缺失率最高的连续杂合缺失区间为17p11.2区域包含D17S2196、D17S953及D17S1871三个位点的4Mb区间。用8对微卫星标记对2号染色体肿瘤分化相关位点D2S142所在区域进行精细定位，确定了D2S142—D2S284间约3.8cM和D2S2275—D2S2299间约3.2cM的两个肿瘤相关基因候选区间。用7对微卫星标记对16号染色体长臂肿瘤转移相关位点D16S520所在区域进行精细定位，确定了D16S498—D16S3123间约1.3cM和D16S402—D16S3061间约2cM的肿瘤相关基因候选区间。检索相关数据库，初步筛选出3号染色体FHIT、PTPRG；16号染色体短臂USP7；16号染色体长臂CDH11、CDH8；17号染色体17p11.2区域FLCN、COPS3、PMP22等基因很可能是上述染色体上的散发性结直肠癌肿瘤相关基因。而肿瘤分化相关区域内NR4A2、GALNT5、ACVR1C、ACVR1、LOC344332、NMI、RIF1和肿瘤转移相关区域内CDH13、MBTPS1、OKL38、HSD17B2等基因可能为各自候选区间内的散发性结直肠癌肿瘤相关基因。另外，D16S498—D16S3123的1.3cM区间内尚未发现与肿瘤相关的已知基因。结论：(1)本研究证实一些公认的肿瘤抑制基因很可能参与了散发性结直肠癌的发生发展。而候选区间内部分候选肿瘤相关基因此前未被证实与结直肠癌有关，对它们在结直肠癌中的表达和突变等进行检测，可能筛选出新的结直肠癌肿瘤相关基因。(2)16q24.2区域D16S498—D16S3123约1.3cM的候选区间内未发现与肿瘤相关的已知基因，对这一区间的进一步研究可能会克隆新的肿瘤相关基因。(3)证明定位候选克隆策略在散发性结直肠癌的研究中是高效而切实可行的。这一策略大大减少了候选基因的数量，为进一步的基因筛选和克隆提供科学的依据。
论文目录:
中文摘要
英文摘要
前言
一、结直肠癌的流行病学
二、结直肠癌的分子遗传学研究背景
1、遗传性结直肠肿瘤
2、散发性结直肠癌发生的分子模型
三、散发性结直肠癌相关的基因改变及作用机制
(一)、肿瘤的基因不稳定现象
(二)、结直肠癌相关的基因作用机制
四、杂合缺失及定位候选克隆策略与散发性结直肠癌
1、杂合缺失与散发性结直肠癌
2、定位候选克隆策略在散发性结直肠癌研究中的意义
第一部分 散发性结直肠癌高频杂合缺失区域肿瘤相关基因精细定位及候选基因初步筛选
引言
材料与方法
结果
讨论
附表(一)
附图(一)
第二部分 散发性结直肠癌转移及分化相关基因精细定位及初步筛选
引言
材料与方法
结果
讨论
全文总结
附表(二)
附图(二)
参考文献
附录
综述
致谢
发布时间: 2007-06-27
参考文献
- [1].散发性结直肠癌高频杂合缺失精细定位及SMAD4基因突变的初步研究[D]. 许世峰.复旦大学2004
- [2].肺癌的分子遗传学改变及其临床意义[D]. 安倩.中国协和医科大学2002
- [3].河南食管癌高发区居民微卫星DNA杂合缺失和蛋白质组变化研究[D]. 安继业.郑州大学2003
相关论文
- [1].结直肠癌表现遗传学研究——多基因启动子甲基化及其临床病理学意义[D]. 徐晓丽.复旦大学2004
- [2].散发性结直肠癌高频杂合缺失精细定位及SMAD4基因突变的初步研究[D]. 许世峰.复旦大学2004
- [3].Smith-Fineman-Myers综合征致病基因的精细定位及候选基因分析[D]. 刘奇迹.山东大学2005
- [4].散发性结直肠癌等位基因杂合缺失的精细定位研究[D]. 郑海涛.山东大学2006
- [5].胃癌中肿瘤相关基因启动子CpG岛甲基化及TGFβ/Smad信号传导系统表达的初步研究[D]. 董剑.复旦大学2005
- [6].基于胚系mRNA异常筛选遗传性非息肉病性结直肠癌家系的研究[D]. 王朝夫.复旦大学2006
- [7].结直肠肿瘤中差异表达蛋白的研究[D]. 王英红.浙江大学2007
- [8].水稻半不育突变体W207-2的育性分析及花粉半不育基因的精细定位[D]. 李万昌.南京农业大学2006
- [9].中国汉族人银屑病易感位点的精细定位[D]. 孙良丹.安徽医科大学2007
- [10].中国汉族人白癜风易感位点的精细定位[D]. 梁燕华.安徽医科大学2007