六个猪背膘厚相关基因的联合效应初步分析

论文摘要

近三十年来,我国一直致力于中国瘦肉型猪新品系的选育,优质瘦肉猪育种的目标主要集中背膘性状的改良上。随着对背膘相关基因研究的深入,许多候选基因得到鉴定,不仅能帮助我们了解猪的生长发育,而且对进一步进行标记辅助选择具有重大意义。本论文在前人研究的基础上,筛选与背膘性状相关的基因进行研究,通过BLUP与分子标记辅助选择相结合,探索了多个基因合并基因型的效应,主要获得了以下结果：1.对课题组前期在通城试验群体中所发现的与背膘性状显著关联的SNP,在大白猪试验群体中进行进一步验证,结果发现：MC4R和CTNNBL1基因多态性位点都与猪最后肋骨处背膘厚及三点平均背膘厚显著关联（p<0.05）；DGAT2基因SNP位点与三点平均背膘厚显著关联（p<0.05）-CMYA1基因SNP位点与猪肩部背膘厚显著关联（p<0.05）；JHDM1A基因与最后肋骨处背膘厚显著关联（p<0.05）2.对显著影响同一背膘厚性状的多个基因进行联合效应关联分析,初步研究发现：MC4R-CTNNBL1互作及DGAT2-CTNNBL1基因互作与三点平均背膘厚显著关联（P<0.05）, MC4R-JHDM1A基因互作与最后肋骨处背膘厚存在显著关联（p<0.05）。3.通过对人cDNA信息获得猪EST重叠群,并设计猪特异引物,从大白猪基因组中分离了猪SH2B1基因的编码区序列,对SH2B1基因进行了SNP检测,发现第六内含子存在G/A突变,并在大白猪试验群体进行背膘性状关联分析,初步发现：SH2B1基因SNP位点与猪肩部背膘厚显著关联（p<0.05）

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 缩略词表
• 1 前言
• 1.1 研究问题由来
• 1.2 现代猪育种技术的发展
• 1.3 国际上猪背膘厚相关候选基因研究进展
• 1.3.1 黑素皮质素受体-4（MC4R）基因
• 1.3.2 瘦素（Leptin）
• 1.3.3 激素敏感脂肪酶（HSL）基因
• 1.3.4 影响脂肪沉积相关基因研究的总结
• 1.4 本课题组发现的背膘厚相关候选基因
• 1.4.1 甘油三酯转移酶（DGAT）基因
• 1.4.2 钙粘蛋白相关蛋白beta1（CTNNBL1）基因
• 1.4.3 原发性心肌症相关蛋白Ⅰ（CMYA1）基因
• 1.4.4 含Jmjc结构域组蛋白去甲基化酶1（JHDM1A）
• 1.5 本研究拟分离脂肪沉积相关基因SH2B1的研究进展
• 1.5.1 SH2B1基因的发现
• 1.5.2 SH2B1基因的研究进展
• 1.6 比较基因组方法在分离新基因中的应用
• 1.7 单核苷酸多态性的发现与检测方法
• 1.8 多个基因联合效应分析在家畜育种中的研究现状
• 1.9 本研究的目的和意义
• 2 材料与方法
• 2.1 材料
• 2.1.1 样品
• 2.1.2 主要仪器设备
• 2.1.3 主要试剂及配制
• 2.1.4 主要分子生物学软件、统计软件和相关网站
• 2.2 方法
• 2.2.1 试验群体性状测定
• 2.2.2 猪基因组DNA的提取和检测
• 2.2.3 总RNA的提取和检测
• 2.2.4 候选基因的分离
• 2.2.5 PCR-RFLP方法检测猪MC4R、DGAT2、CTNNBL1、CMYA1和JHDM1A基因的多态性
• 2.2.6 统计分析模型的构建
• 3 结果
• 3.1 猪SH2B1基因
• 3.1.1 猪SH2B1基因的分离与序列分析
• 3.1.2 猪SH2B1基因的SNPs筛选结果
• 3.1.3 SH2B1基因的SNP检测
• 3.1.4 猪SH2B1基因的关联分析
• 3.2 猪MC4R、DGAT2、CTNNBL1、CMYA1、JHDM1A基因的SNP分型及其与背膘厚的关联分析
• 3.2.1 MC4R基因
• 3.2.2 DGAT2基因
• 3.2.3 CTNNBL1基因
• 3.2.4 CMYA1基因
• 3.2.5 JHDM1A基因
• 3.3 与背膘厚显著关联的基因间两两互作分析
• 3.3.1 两个基因互作对三点平均背膘厚的影响
• 3.3.2 两个基因互作对最后肋骨处背膘厚的影响
• 3.4 与背膘厚显著关联的基因的三基因间联合分析
• 3.4.1 三个基因互作对三点平均背膘厚的影响
• 3.4.2 三个基因互作对最后肋骨处背膘厚的影响
• 4 讨论
• 4.1 候选基因SNP检测
• 4.2 关于统计模型
• 4.3 单个基因与背膘厚性状关联分析
• 4.4 关于多个基因联合效应对同一背膘厚性状的影响
• 5 小结
• 5.1 本研究获得的主要结果与结论
• 5.2 本研究的创新点与特色
• 5.3 本研究的不足及下一步研究工作的建议
• 参考文献
• 致谢