延边黄牛TCAP、DECR1、PRKAG3基因SNP检测及与肉质性状的关联分析

论文摘要

本研究以延边黄牛为研究对象,利用PCR-SSCP方法对TCAP、DECR1、PRKAG3基因进行检测,分析基因的遗传特性并寻找与肉质性状相关的SNPs位点,分析SNP位点不同基因型与生产性状的关联关系。结果如下：（1） TCAP基因存在3个突变位点,分别为267位点的C-T突变、300位点的T-C突变、336位点的A-G突变；DECR1基因存在2处突变,分别为23263处的A-G突变,23473处的A-G突变；PRKAG3基因检测到4738处存在C-T突变。（2）三个基因除DECR1基因不处于Hardy-Weinberg平衡状态外,其他均处于Hardy-Weinberg平衡状态。遗传变异情况分析表明,TCAP基因的纯合度、杂合度、有效等位基因数分别为0.6322、0.3678、1.5818；DECR1基因的纯合度、杂合度、有效等位基因数分别为0.6922、0.3078、1.4447；PRKAG3基因的纯合度、杂合度、有效等位基因数分别为0.6113、0.3887、2.5727。三个基因的多态信息含量分别为0.3013、0.2604、0.3051,均为属于中度多态。（3） TCAP、DECR1、PRKAG3个基因与肉质性状的相关分析发现,TCAP基因基因型AA对蒸煮损失有一定的负面影响；基因型AB对c*24（彩度）存在一定的正面影响。DECR1基因型AA对蒸煮损失、pH24性状有一定的负效应。基因型BB对pH1有一定的负面影响；基因型AB对L*1（亮度）有一定的正面影响。PRKAG3基因基因型AB对嫩度存在一定的正面影响；基因型AB对a*24（红色度）和b*24（黄色度）值有一定的负而影响。（4） TCAP、DECR1、PRKAG3三个基因与脂肪酸含量的连锁分析表明,DECR1基因的基因型BB对肉豆蔻酸的组成有一定的负面影响；基因型BB对硬脂酸、亚麻酸有一定的正面影响；PRKAC3基因的基因型BB与油酸存在一定的正相关。TCAP基因各基因型之间没有发现显著差异。（5） TCAP、DECR1、PRKAG3三个基因与氨基酸含量之间的连锁分析发现,TCAP基因基因型BB对甘氨酸含量存在一定的正面影响。DECR1基因基因型BB对组氨酸与赖氨酸有一定的负面影响。PRKAG3基因基因型AA对天冬氨酸有一定的正面影响；基因型AB对谷氨酸、丙氨酸、脯氨酸、精氨酸和缬氨酸含量均有定的正面影响。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 前言
• 第一章 延边黄牛及肉质相关基因的研究进展与SNP简介
• 1.1 延边黄牛研究现状及发展趋势
• 1.1.1 延边黄牛品种特性
• 1.1.2 关于延边黄牛的研究现状
• 1.1.3 延边黄牛的育种趋势
• 1.2 牛肉质性状相关基因研究进展
• 1.2.1 TCAP基因简介与研究现状
• 1.2.2 DEGR1基因简介与研究现状
• 1.2.3 PRKAG3基因简介与研究现状
• 1.3 单核苷酸多态性（SNP）及其检测方法
• 1.3.1 SNP定义及变异类型
• 1.3.2 SNP的特点
• 1.3.3 SNP检测方法
• 1.3.4 SNP标记在畜牧生产中的应用
• 第二章 延边黄牛TCAP、DECR1、PRKAG3基因SNP检测及与生产性能的关联分析
• 2.1 材料与方法
• 2.1.1 试验动物与样品采集
• 2.1.2 载体及宿主菌
• 2.1.3 主要试剂
• 2.1.4 主要仪器设备
• 2.1.5 主要试剂的配制
• 2.1.6 主要软件和互联网资源
• 2.2 方法
• 2.2.1 基因组DAN的提取
• 2.2.2 DNA浓度和纯度的检测
• 2.2.3 引物选择与设计
• 2.2.4 PCR反应
• 2.2.5 PCR产物检测
• 2.2.6 聚丙烯酰胺凝胶电泳检测
• 2.2.7 PCR扩增产物的凝胶纯化
• 2.2.8 目的片段的克隆与序列测定
• 2.2.9 肉质性状数据的测定
• 2.3 统计分析
• 2.3.1 遗传参数估计
• 2.3.2 生产性状关联分析
• 2.4 结果与分析
• 2.4.1 血液基因组DNA提取检测结果
• 2.4.2 TCAP、DECR1、PRKAG3基因PCR扩增结果
• 2.4.3 PCR-SSCP检测结果及克隆测序结果
• 2.5 统计分析结果
• 2.5.1 基因遗传效应分析
• 2.5.2 生产性能连锁分析
• 2.6 讨论
• 2.6.1 肉质性状的评定指标
• 2.6.2 TCAP基因的遗传特性
• 2.6.3 DECR1基因的遗传特性
• 2.6.4 PRKAG3基因的遗传特性
• 2.6.5 SNP的研究方法
• 结论
• 参考文献
• 致谢