导读:本文包含了基因注解论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:增强子捕获,注解,Tol2,斑马鱼
基因注解论文文献综述
桑亚通,沈丹,陈伟,产舒恒,顾浩[1]（2018）在《Tol2转座子介导斑马鱼rps26基因附近增强子捕获及注解分析》一文中研究指出随着人类等生物大规模基因组测序工作的完成,认识和理解基因组上表达调控元件成为后基因组时代的重要研究任务,增强子捕获技术是一种鉴定基因组上增强子元件及其对基因表达调控机制的有效方法。本研究选择Tol2转座子系统介导制备的稳定增强子捕获品系TK4系(头部和躯干特异性GFP表达),利用Splinkerette PCR(sp-PCR)、原位杂交和比较基因组学等技术手段进行所捕获增强子的解析研究。将TK4系的F1代与野生型斑马鱼杂交,收集受精卵,于6 hpf(Hour post fertilization)、24 hpf、48 hpf、3 dpf(Day post fertilization)、4 dpf、5 dpf六个发育阶段通过荧光显微镜检测绿色荧光蛋白报告基因的表达模式;然后通过sp-PCR方法克隆到Tol2转座子插入位点斑马鱼基因组侧翼序列,经比对分析表明插入位点位于基因组23号染色体27749253位置,在rps26基因的intron1中,且报告基因插入方向与基因方向相反。在插入位点100 kb的基因组范围内有7个基因,分别为arf3a、wnt10b、wnt1、rps26、IKZF4、dnajc22和lmbr1l。通过VISTA程序对不同脊椎动物基因组同源序列比对结果显示,在rps26基因下游有2个潜在保守的非编码序列区CNS1(Conserved non-coding sequence)和CNS2,为可能的增强子元件。胚胎原位杂交表明:rps26基因的两个转录本有母源性表达,rps26-201在合子中的表达早于rps26-001,而TK4系斑马鱼的GFP在早期(6 hpf)不表达,后期rps26与GFP的表达模式既存在相似性,也存在差异性,提示两者可能既接受共同的增强子调控,但也存在不同增强子调控,所获得的2个潜在的增强子(CNS1和CNS2)可能对附近的基因(包括rps26)发挥差异的时空表达调控作用。本研究首次成功获得rps26基因附近2个潜在增强子,为深入研究这两个增强子对基因组附近基因的表达调控机制奠定基础,本研究所采用的结合技术手段也为增强子解析提供参考。(本文来源于《生物工程学报》期刊2018年03期）
胡欣[2]（2004）在《水稻4号染色体长臂74.5～78.2cM区段的基因注解以及水稻两组基因frr和trs的结构与功能研究》一文中研究指出基于水稻两个亚种indica与japonica已被证实的高度共线性,在本中心1997年构建的第一代水稻基因组物理图的基础上,结合指纹法、分子标记锚标定位STC-PCR等技术,构建了构建了水稻籼稻广陆矮4号(GLA4)与粳稻日本晴(Nipponbare )4号染色体的物理图,并据此最终完成了Nipponbare 4号染色体的精确测序工作。完成序列(finished sequence)全长34.6 Mb,覆盖染色体的97.3%。使用基因中心自主开发的基因组注解软件包对Nipponbare 4号染色体长臂中段74.5～78.2 cM、全长1946125 bp的区段进行了基因预测和人工修正,确认预测基因297个,其中包括8个known基因,52个novel基因,134个putative基因及103个hypothetical基因。基因的平均长度2764 bp,平均外显子数目5.4个。根据上述基因注解结果并结合同源数据搜索,我们发现并实验验证了水稻中的两组表达基因——frr和trs。其中,frr具有两个同源基因——位于4号染色体上的OsfrrA和7号染色体上的OsfrrB。frr编码的核糖体再循环因子(Ribosome Recycling Factor,RRF)在原核生物的蛋白质合成系统中起着不可或缺的作用:帮助翻译后复合体的解聚,并且避免翻译错误,因此是除了古细菌外所有基因组已被研究的原核生物中均有的一个高度保守的基因。OsfrrA和OsfrrB在基因组中都是单拷贝的,分别编码260个氨基酸残基的OsRRFA和242个氨基酸残基的OsRRFB。根据OsRRFA与OsRRFB不同的N端特性、在不同组织和时期的转录谱及与其它35个原核和真核RRF的同源比较,我们推断,OsRRFA和OsRRFB虽然由核基因编码,但将被分别转运并定位于线粒体和叶绿体中,并在其蛋白质翻译系统中发挥与其在原核生物中相似的功能。鉴于水稻线粒体与叶绿体基因组中并没有发现这两个基因的同源序列,因此有理由相信它们是在进化的过程中从细胞器基因组转移到核基因组中的。对从GeneBank中搜集到的37个涵盖了各类已进行了基因组研究的原核生物及有限的几个真核生物的RRF的进化分析结果还揭示了RRF在分子进化研究中作为标尺的潜在价值。而水稻中的trs-like基因则与酵母转运蛋白颗粒(Transport Protein Particle,TRAPP)具有保守结构域的6种亚基的编码基因高度同源。TRAPP是小泡牵引复合体(vesicle tethering complex)的一种,可能在内<WP=17>质网-高尔基体转运后期发挥作用——通过激活膜表面的一个Rab-GTPase(Ypt1)触发SNARE桥的形成,两种细胞器膜融合,从而达成相关大分子物质从内质网到高尔基体的靶向性转运。我们发现水稻中至少有10个具有广泛转录活性的trs-like基因。这10个基因的编码产物与酵母TRAPP蛋白复合体中已知10个亚基中的6个—Bet3p、Bet5p、Trs20p、Trs23p、Trs31p和Trs33p分别同源。其中4对基因是双拷贝的,另2个(Os1bet5和Os1trs31)则是单拷贝的(基于已知的水稻基因组序列)。它们同时存在于水稻的两个亚种籼稻和粳稻中,且序列和结构上几乎完全相同。与其它真核生物中的同源基因在基因和蛋白质序列、结构及进化各层次上的比较说明,这是一组高度保守的基因,尤其是其中的bet3,其基因结构的保守性甚至跨越了动物与植物的界限。其中双拷贝的4对基因,其两个拷贝均位于不同的染色体上,且在同种组织中的转录强度往往有很大的差异,因此不排除它们还具有其它功能的可能性,正如人的trs20的两个拷贝SEDL基因和MIP-2A基因那样。(本文来源于《中国科学院研究生院（上海生命科学研究院）》期刊2004-01-01）
基因注解论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
基于水稻两个亚种indica与japonica已被证实的高度共线性,在本中心1997年构建的第一代水稻基因组物理图的基础上,结合指纹法、分子标记锚标定位STC-PCR等技术,构建了构建了水稻籼稻广陆矮4号(GLA4)与粳稻日本晴(Nipponbare )4号染色体的物理图,并据此最终完成了Nipponbare 4号染色体的精确测序工作。完成序列(finished sequence)全长34.6 Mb,覆盖染色体的97.3%。使用基因中心自主开发的基因组注解软件包对Nipponbare 4号染色体长臂中段74.5～78.2 cM、全长1946125 bp的区段进行了基因预测和人工修正,确认预测基因297个,其中包括8个known基因,52个novel基因,134个putative基因及103个hypothetical基因。基因的平均长度2764 bp,平均外显子数目5.4个。根据上述基因注解结果并结合同源数据搜索,我们发现并实验验证了水稻中的两组表达基因——frr和trs。其中,frr具有两个同源基因——位于4号染色体上的OsfrrA和7号染色体上的OsfrrB。frr编码的核糖体再循环因子(Ribosome Recycling Factor,RRF)在原核生物的蛋白质合成系统中起着不可或缺的作用:帮助翻译后复合体的解聚,并且避免翻译错误,因此是除了古细菌外所有基因组已被研究的原核生物中均有的一个高度保守的基因。OsfrrA和OsfrrB在基因组中都是单拷贝的,分别编码260个氨基酸残基的OsRRFA和242个氨基酸残基的OsRRFB。根据OsRRFA与OsRRFB不同的N端特性、在不同组织和时期的转录谱及与其它35个原核和真核RRF的同源比较,我们推断,OsRRFA和OsRRFB虽然由核基因编码,但将被分别转运并定位于线粒体和叶绿体中,并在其蛋白质翻译系统中发挥与其在原核生物中相似的功能。鉴于水稻线粒体与叶绿体基因组中并没有发现这两个基因的同源序列,因此有理由相信它们是在进化的过程中从细胞器基因组转移到核基因组中的。对从GeneBank中搜集到的37个涵盖了各类已进行了基因组研究的原核生物及有限的几个真核生物的RRF的进化分析结果还揭示了RRF在分子进化研究中作为标尺的潜在价值。而水稻中的trs-like基因则与酵母转运蛋白颗粒(Transport Protein Particle,TRAPP)具有保守结构域的6种亚基的编码基因高度同源。TRAPP是小泡牵引复合体(vesicle tethering complex)的一种,可能在内<WP=17>质网-高尔基体转运后期发挥作用——通过激活膜表面的一个Rab-GTPase(Ypt1)触发SNARE桥的形成,两种细胞器膜融合,从而达成相关大分子物质从内质网到高尔基体的靶向性转运。我们发现水稻中至少有10个具有广泛转录活性的trs-like基因。这10个基因的编码产物与酵母TRAPP蛋白复合体中已知10个亚基中的6个—Bet3p、Bet5p、Trs20p、Trs23p、Trs31p和Trs33p分别同源。其中4对基因是双拷贝的,另2个(Os1bet5和Os1trs31)则是单拷贝的(基于已知的水稻基因组序列)。它们同时存在于水稻的两个亚种籼稻和粳稻中,且序列和结构上几乎完全相同。与其它真核生物中的同源基因在基因和蛋白质序列、结构及进化各层次上的比较说明,这是一组高度保守的基因,尤其是其中的bet3,其基因结构的保守性甚至跨越了动物与植物的界限。其中双拷贝的4对基因,其两个拷贝均位于不同的染色体上,且在同种组织中的转录强度往往有很大的差异,因此不排除它们还具有其它功能的可能性,正如人的trs20的两个拷贝SEDL基因和MIP-2A基因那样。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因注解论文参考文献
[1].桑亚通,沈丹,陈伟,产舒恒,顾浩.Tol2转座子介导斑马鱼rps26基因附近增强子捕获及注解分析[J].生物工程学报.2018
[2].胡欣.水稻4号染色体长臂74.5～78.2cM区段的基因注解以及水稻两组基因frr和trs的结构与功能研究[D].中国科学院研究生院（上海生命科学研究院）.2004