广西猪流感病毒A/Sw/GX/13/06（H1N2）株的分离和全基因序列分析

论文摘要

本研究对广西疑似猪流感病毒（Swine influenza virus,SIV）感染的组织病料进行了病毒分离,并对分离毒株进行了亚型鉴定和遗传进化研究。结果显示我们分离到一株流感病毒,经RT-PCR方法鉴定为H1N2亚型SIV,将其命名为A/Swine/Guangxi/2006（H1N2）（A/Sw/GX/13/06）。HA基因推导氨基酸序列分析显示:8个血凝素糖基化位点相对保守,没有出现新的糖基化位点;在受体结合位点处190、225、226和228位的氨基酸分别为N、D、Q和G,可见分离株同时具有与SAα2,3Gal和SAα2,6Gal受体的结合能力,这意味着分离毒株不仅可以感染哺乳动物,而且具有感染禽的潜力;HA基因切割位点处的氨基酸为PSIQSR↓G,不符合高致病性毒株的分子特征。NA蛋白61,70,86,146,200,234,402位的糖基化位点均高度保守,但是由于在331位由于S突变为R失去了一个潜在的糖基化位点。这位点的糖基化的缺失对病毒的生物学特性有何影响有待于进一步的研究。遗传进化分析显示:A/Sw/GX/13/06是一株“人-猪-禽”三源基因重排H1N2亚型SIV。其HA、NP、M和NS基因来源于猪古典型H1N1流感病毒;NA和PB1基因来源于人H3N2病毒;PA和PB2基因来源于禽流感病毒。且与美国1999-2001年期间分离到的以A/Swine/Indiana/P12439/00（H1N2）为代表的该亚型病毒有明显的亲缘关系。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 目录
• 第一章 前言
• 1.1 猪流感概况
• 1.2.猪流感病毒在世界范围内的流行情况
• 1.2.1 古典H1N1亚型猪流感病毒
• 1.2.2 类禽H1N1亚型
• 1.2.3 类人H1N1亚型
• 1.2.4 类人H3N2亚型
• 1.2.5 基因重排H3N2亚型
• 1.2.6 基因重排H1N2亚型
• 1.2.7 其它禽流感病毒的感染
• 1.2.8 其它基因重排病毒
• 1.3.猪流感的生物学特性
• 1.3.1 猪流感病毒基因组的结构及其编码蛋白的功能
• 1.3.2 猪流感病毒的复制
• 1.3.3 猪流感病毒的抗原性变异
• 1.3.4 猪流感病毒种间传播
• 1.4.猪流感的公共卫生意义
• 1.4.1 猪流感的兽医公共卫生意义
• 1.4.2 猪流感的人类公共卫生意义
• 1.5 研究目的和意义
• 第二章 材料与方法
• 2.1 材料
• 2.1.1 样品来源
• 2.1.2 试验材料及试剂配制
• 2.1.3 引物
• 2.1.4 仪器
• 2.2 方法
• 2.2.1 技术路线
• 2.2.2 病毒分离
• 2.2.3 A型流感病毒的检测和亚型鉴定
• 2.2.4 SIV的形态学观察
• 2.2.5 全基因的扩增与克隆
• 2.2.6 基因测序
• 2.2.7 测序结果与处理分析
• 第三章 结果
• 3.1 病毒分离及增殖
• 3.2 SIV的形态学鉴定
• 3.3 SIV的亚型鉴定
• 3.4 全基因的RT-PCR扩增与克隆
• 3.5 全长基因组序列测定结果
• 3.6 HA基因推导氨基酸序列分析
• 3.7 NA基因推导氨基酸序列分析
• 3.8 A/Sw/GX/13/06遗传起源分析
• 第四章 讨论
• 4.1 中国猪群中流感的流行动态
• 4.2 A/SW/GX/13/06的遗传进化分析
• 4.3 推导氨基酸序列分析
• 4.4 H1N2亚型SIV遗传多样性及危害
• 第五章 结论
• 参考文献
• 致谢
• 攻读硕士学位期间发表论文