秦川牛H-FABP、A-FABP和E-FABP基因SNPs及其与部分肉用性状关联分析

论文摘要

本试验以随机选择相同饲养条件下的146头1820月龄秦川牛阉牛为研究对象,采用PCR-SSCP结合测序技术对秦川牛H-FABP基因、A-FABP基因和E-FABP基因部分区段的遗传变异进行检测,运用SPSS统计程序中的GLM模型分析了其中88头牛与部分肉用性能指标的关系,旨在探索H-FABP基因、A-FABP基因和E-FABP基因对秦川牛部分肉用性状的影响,以期加快秦川肉牛的选育进程。研究结果如下:1、秦川牛H-FABP基因多态性及其与肉用性状之间的关联分析对秦川牛H-FABP基因全部4个外显子进行了SNPs检测,结果只在秦川牛H-FABP基因第1外显子130 bp处检测到了SNP位点Y=T→C。对该SNP基因座具有不同基因型的个体进行肉用性状指标进行GLM分析,表明AB型个体的后腿围、背膘厚、大理石花纹等性状极显著高于AA型个体（P<0.01）,AB型个体的胴体胸深和嫩度显著高于AA型个体（P<0.05）,AB型个体的背膘厚极显著高于BB型个体（P<0.01）;另外BB型个体的后腿围、大理石花纹等性状极显著高于AA型个体（P<0.01）。说明,秦川牛H-FABP基因第1外显子上存在SNP位点且与肉用性状有较强的关联性,揭示H-FABP基因可作为秦川牛部分肉用性状的候选基因。2、秦川牛A-FABP基因多态性及其与肉用性状之间的关联分析检测了秦川牛A-FABP基因的第Ⅰ内含子和第2、3、4外显子的多态性,结果分别在第Ⅰ内含子和第4外显子上检测到了SNPs位点,在A-FABP基因2736 bp处（第Ⅰ内含子）发生了Y=A→T的突变,4272 bp处（第4外显子）发生了Y=A→G的突变。第Ⅰ内含子共检测到了AA、AB和BB 3种基因型,分析表明,AB型个体和BB型个体的背膘厚分别显著（P<0.05）和极显著（P<0.01）高于AA型个体;BB型个体大理石花纹、嫩度和系水力均显著高于AA型个体（P<0.05）,表明该SNP位点B等位基因为优势等位基因,与背膘厚、大理石花纹、嫩度和系水力等肉用性状有较高关联度。在第4外显子也检测到了基因型AA、AB和BB 3种基因型。分析表明,AA型个体的背膘厚和大理石花纹都显著（P<0.05）高于BB型个体;AA型个体的嫩度极显著高于BB型个体（P<0.01）,表明该SNP位点中A等位基因具有提高背膘厚、大理石花纹和嫩度的遗传效应。从以上研究分析可以看出,在秦川牛A-FABP基因中存在可检测到的SNP位点,且与背膘厚、大理石花纹、嫩度和系水力等肉用性状间存在显著关联,提示A-FABP基因很可能是影响秦川牛部分肉用性状的主效基因或与其主效基因紧密连锁。3、秦川牛E-FABP基因多态性及其与肉用性状之间的关联分析检测了秦川牛E-FABP基因全部4外显子的遗传变异情况。结果在E-PABP基因2295 bp处（第4外显子）发生了Y=C→T的突变。经SSCP分析共检测到了AA和AB 2种基因型,未发现BB基因型。其中等位基因A和B的频率分别为0.94和0.06,多态信息含量为0.11,属于低度多态。分析表明,AA和AB基因型各肉用性状间无显著性差异。

论文目录

• 摘要
• ABSTRACT
• 第一章 文献综述
• 1.1 3种FABPs 基因多态性及其与肉用性状关联性研究概况
• 1.1.1 3种FABPs 基因概述及其作用
• 1.1.2 3种FABPS 基因多态性及其与肉用性状之间的关系
• 1.2 分子标记技术概述
• 1.2.1 分子标记的方法
• 1.2.2 分子标记在动物遗传育种中的应用
• 1.3 影响秦川牛肉用性状的其它候选基因
• 1.3.1 胰岛素样生长因子结合蛋白3 （IGFBP3）基因
• 1.3.2 生肌决定因子（MyoD）基因
• 1.3.3 生长激素受体（GHR）基因
• 1.3.4 垂体释放因子1（POU1F1）基因
• 1.3.5 肌肉生长抑制素（GDF-8）基因
• 1.3.6 二酰甘油酰基转移酶2（DGAT2）基因
• 第二章 材料与方法
• 2.1 试验材料
• 2.2 主要仪器设备及试剂、溶液的配制
• 2.2.1 主要仪器设备
• 2.2.2 主要试剂
• 2.2.3 主要药品及试剂的配制
• 2.3 试验方法
• 2.3.1 秦川牛血液基因组DNA 的提取和检测
• 2.3.2 PCR 扩增体系
• 2.3.3 PCR-SSCP 分析
• 2.3.4 PCR 扩增产物的回收与测序
• 2.4 数据统计分析
• 2.4.1 主要分析软件
• 2.4.2 群体遗传多样性指标
• 第三章 结果与分析
• 3.1 秦川牛血液基因组DNA 的电泳检测
• 3.2 秦川牛H-FABP 第1 外显子扩增片段的PCR-SSCP 分析
• 3.2.1 秦川牛H-FABP 基因第1 外显子的PCR 扩增及SSCP 分析
• 3.2.2 秦川牛H-FABP 基因第1 外显子多态性及序列分析
• 3.2.3 秦川牛H-FABP 基因第1 外显子多态位点的遗传分析结果
• 3.2.4 秦川牛H-FABP 基因第1 外显子多态性与肉用性状的关系
• 3.3 秦川牛H-FABP 第2 外显子扩增片段的PCR-SSCP 分析
• 3.4 秦川牛H-FABP 第3 外显子扩增片段的PCR-SSCP 分析
• 3.5 秦川牛H-FABP 第4 外显子扩增片段的PCR-SSCP 分析
• 3.6 秦川牛A-FABP 第1 外显子扩增片段的PCR-SSCP 分析
• 3.7 秦川牛A-FABP 第Ⅰ内含子扩增片段的PCR-SSCP 分析
• 3.7.1 秦川牛A-FABP 基因第Ⅰ内含子PCR 扩增及SSCP 分析结果
• 3.7.2 秦川牛A-FABP 基因第Ⅰ内含子多态性及序列分析
• 3.7.3 秦川牛A-FABP 基因第Ⅰ内含子多态位点的遗传分析结果
• 3.7.4 秦川牛A-FABP 基因第Ⅰ内含子多态性与肉用性状的关系
• 3.8 秦川牛A-FABP 第3 外显子扩增片段的PCR-SSCP 分析
• 3.9 秦川牛A-FABP 第4 外显子扩增片段的PCR-SSCP 分析
• 3.9.1 秦川牛A-FABP 基因第4 外显子PCR 扩增及SSCP 分析结果
• 3.9.2 秦川牛A-FABP 基因第4 外显子多态性及序列分析
• 3.9.3 秦川牛A-FABP 基因第4 外显子多态位点的遗传分析结果
• 3.9.4 秦川牛A-FABP 基因第4 外显子多态性与肉用性状的关系
• 3.10 秦川牛E-FABP 第1 外显子扩增片段的PCR-SSCP 分析
• 3.11 秦川牛E-FABP 第2 外显子扩增片段的PCR-SSCP 分析
• 3.12 秦川牛E-FABP 第3 外显子扩增片段的PCR-SSCP 分析
• 3.13 秦川牛E-FABP 第4 外显子扩增片段的PCR-SSCP 分析
• 3.13.1 秦川牛E-FABP 基因第4 外显子PCR 扩增及SSCP 分析结果
• 3.13.2 秦川牛E-FABP 基因第4 外显子多态性及序列分析
• 3.13.3 秦川牛E-FABP 基因第4 外显子多态位点的遗传分析结果
• 3.13.4 秦川牛E-FABP 基因第4 外显含子多态性与肉用性状的关系
• 第四章 讨论
• 4.1 秦川牛H-FABP 基因多态性及其与肉用性状关联分析
• 4.2 秦川牛A-FABP 基因多态性及其与肉用性状关联分析
• 4.3 秦川牛E-FABP 基因多态性及其与肉用性状关联分析
• 第五章 结论
• 5.1 秦川牛H-FABP 基因多态性及其与肉用性状关联分析
• 5.2 秦川牛A-FABP 基因多态性及其与肉用性状关联分析
• 5.3 秦川牛E-FABP 基因多态性及其与肉用性状关联分析
• 5.4 分子标记基因在秦川牛中的应用
• 参考文献
• 附录
• 中英文缩写对照
• 致谢
• 作者简介