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滩羊3号染色体遗传连锁图谱构建及羊毛性状QTL探测

2020-12-07阅读(715)

滩羊3号染色体遗传连锁图谱构建及羊毛性状QTL探测

论文摘要

本研究利用滩羊与小尾寒羊杂交的8个父系半同胞参考家系共576个个体,分析了绵羊基因组3号染色体上13个微卫星标记的等位基因频率、多态信息含量和群体杂合度,构建了3号染色体遗传连锁框架图谱,采用差异群体设计对影响滩羊10个表型性状的数量性状位点进行了检测研究,表型性状包括:初生重、二毛期活重、初生毛长、初生弯曲数、肩部弯曲数、股部弯曲数、毛股花穗类型、毛股紧实度、花案清晰度、弯曲比例。所选的微卫星标记在参考群体中平均检测到11个（520个）等位基因,平均多态信息含量为0.5778 （ 0.20420.8320 ）,群体杂合度平均值为0.5951（0.20940.8459）。13个标记中有9个呈现高度多态性,2个呈现中度多态性,2个呈现低度多态性,为该群体分子水平上的研究提供了可靠的依据。构建的滩羊第3号染色体遗传连锁框架图总长度为466.7cM,标记平均间距为38.9cM,其中标记ILSTS049与CSRD264间距最大,为65.6cM,而BM2830和MCMA13间距最小,为4.9cM。图谱中13个标记的顺序与美国USDA-MARC和英国罗斯林研究所公布的SM4.7最新绵羊连锁图相同,但大部分标记间距大于后两者。对参考群体中161个后代的10个重要性状的表型资料进行了分析。相关分析的结果表明初生重与初生毛长、初生弯曲数、二毛期活重、股部弯曲数间呈极显著正相关;初生毛长与初生弯曲数、花案清晰度间呈极显著正相关,与二毛期活重、肩部弯曲数、股部弯曲数呈显著正相关;初生弯曲数与花案清晰度、肩部弯曲数、股部弯曲数、弯曲比例呈极显著正相关,与毛股紧实度呈显著正相关;花案清晰度与弯曲比例呈极显著正相关;花穗类型与肩部弯曲数呈极显著正相关,与股部弯曲数呈显著正相关;毛股紧实度与肩部弯曲数、股部弯曲数、弯曲比例呈极显著正相关;肩部弯曲数与股部弯曲数、弯曲比例呈极显著正相关;股部弯曲数与弯曲比例呈显著正相关。方差分析结果表明家系（即公羊效应）对花案清晰度和毛股紧实度的影响不显著、对花穗类型影响显著之外对其余7个性状影响均极显著。最小二乘分析结果表明10个性状中除花案清晰度、毛股紧实度和花穗类型在各家系间差异不显著之外,其它各个性状在家系间存在不同程度的差异。10个表型性状的QTL检测分析结果表明:QTL Express软件检测到了两个QTL区域,花案清晰度的QTL和花穗类型的QTL,但二者均未达到显著水平,未检测到明显的有关其他性状的QTL。

论文目录

  • 摘要
  • SUMMARY
  • 第一部分 文献综述
  • 1.1 前言
  • 1.2 分子标记简述
  • 1.3 绵羊遗传连锁图谱的研究进展
  • 1.4 QTL 定位理论
  • 1.4.1 QTL 检测与定位试验设计
  • 1.4.2 QTL 检测与定位方法
  • 1.5 选题背景
  • 1.5.1 滩羊及其二毛皮简介
  • 1.5.2 绵羊毛皮性状研究现状
  • 1.5.3 滩羊二毛皮研究现状
  • 1.5.4 研究目的和意义
  • 第二部分 材料与方法
  • 2.1 试验材料
  • 2.2 实验方法
  • 2.2.1 耳组织采集方法
  • 2.2.2 样品DNA 的提取
  • 2.2.3 基因组DNA 纯度和浓度的检测
  • 2.2.4 PCR 扩增
  • 2.2.5 遗传分析仪分析
  • 2.2.6 Genemapper 软件分析
  • 2.2.7 统计分析
  • 2.2.8 遗传连锁图谱构建
  • 2.2.9 羊毛性状QTL 分析
  • 第三部分 结果与分析
  • 3.1 基因组DNA 检测
  • 3.1.1 琼脂糖检测结果
  • 3.1.2 紫外分光光度计检测结果
  • 3.2 扩增产物检测结果
  • 3.2.1 单一PCR 扩增结果
  • 3.2.2 多重PCR 扩增检测结果
  • 3.3 遗传自动分析仪分析结果
  • 3.4 等位基因分型结果
  • 3.4.1 微卫星标记基因数字化分型结果
  • 3.4.2 群体微卫星基因型统计分析结果
  • 3.5 滩羊3 号染色体遗传连锁图谱
  • 3.6 性状表型资料统计分析
  • 3.6.1 表型性状基本统计量分析结果
  • 3.6.2 表型相关系数计算结果
  • 3.6.3 对各个性状的表型值按家系进行统计分析
  • 3.6.4 最小二乘分析结果
  • 3.6.5 方差分析结果
  • 3.7 羊毛QTL 定位结果
  • 第四部分 讨论
  • 4.1 基因组DNA 的提取
  • 4.2 作图群体的构建
  • 4.3 微卫星标记的选择
  • 4.4 PCR 扩增及多重PCR 体系的建立和优化
  • 4.5 遗传连锁图谱构建的探讨
  • 4.6 性状表型资料的分析
  • 4.7 QTL 检测和定位的分析
  • 4.8 QTL 定位的研究前景
  • 第五部分 结论
  • 参考文献
  • 附录
  • 附录一 主要实验器材和药品
  • 附录二 主要试剂配制方法
  • 附录三 重要的网络资源
  • 致谢

    • 相关论文文献

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