实时定量PCR检测血中肠道菌DNA及快速药敏试验的方法学研究

实时定量PCR检测血中肠道菌DNA及快速药敏试验的方法学研究

论文摘要

本研究的目的是建立利用实时定量PCR(RQ-PCR)检测血标本中肠道菌DNA的方法并对临床标本进行初步检测,并建立RQ-PCR快速检测肠道菌在LB液体培养基和健康人全血中对抗生素敏感性的方法,以期能初步了解外科发热患者中肠道菌菌血症的现状,并建立快速药敏方法以便有利于指导治疗。在论文第一部分中,选择脆弱拟杆菌谷氨酰胺合成酶基因作为靶基因设计引物和TaqMan探针,建立20μl的RQ-PCR反应体系,采用含靶基因特异性扩增片段的重组质粒建立标准曲线,并采用High Pure PCR Template Preparation Kit提取基因组DNA,建立实时定量PCR检测血标本中脆弱拟菌DNA的方法学,并对32份外科发热患者的标本进行了临床验证。结果显示引物和探针特异性好,检测灵敏度为10°拷贝/μl(103CFU/ml),标准曲线相关系数在0.985~0.999之间。不同浓度的脆弱拟杆菌样本检测的平均准确性为(107.30±2.11)%;批内及批间重复性平均变异系数(CV)分别为(18.44±1.16)%和(19.00±4.47)%。血标本中脆弱拟杆菌DNA平均提取效率为(60.13±5.66)%,提取效率平均变异系数为(15.62±2.47)%。含有同等量脆弱拟杆菌的临床血标本存放在-20℃或-70℃6个月内,脆弱拟杆菌DNA拷贝数差异无显著性(P=0.467~0.840),该方法可用于临床标本的脆弱拟杆菌DNA检测,并具有快速、灵敏、特异、重复性好的优点。论文第二部分,采用此方法学对32例外科发热患者的84份血标本进行了实时定量PCR检测。结果显示10个标本检测到脆弱拟杆菌,阳性率约为11.90%,含量约1.78~9.24×103CFU/ml,所有患者的血培养结果均为脆弱拟杆菌阴性。论文第三部分,在含有相同浓度大肠杆菌的LB液体培养基和血中,分组加入不同的抗生素,并设立生长对照,分别培养1、2、3、4小时后提取标本的基因组DNA,以本研究组先前建立的实时定量PCR检测大肠埃希菌DNA的方法,对标本进行检测,观察不同抗生素组和生长对照组的生长曲线,来判定药敏结果,并与纸片法进行比较。结果显示实时定量PCR检测大肠埃希菌在LB液体培养基和健康人全血中对抗生素的药物敏感性,结果与常规纸片法一致,但更快速。综合研究结果显示,实时定量PCR技术不仅可用于定量检测患者血中的肠道菌,检出率及速度高于血培养;同时可用于对血中的肠道菌进行快速、准确的药物敏感性试验。

论文目录

  • 中文摘要
  • 英文摘要
  • 中英文名词及缩写
  • 前言
  • 第一部分 实时定量PCR检测血中脆弱拟杆菌DNA的方法学及临床标本验证
  • 一、实验材料
  • (一) 主要仪器
  • (二) 试剂及耗材
  • (三) 菌种来源
  • (四) 标本采集
  • 二、实验方法
  • (一) 特异性引物及TaqMan探针设计
  • (二) LB(Luria-Bertain)培养基的制备
  • (三) 基因组DNA提取
  • (四) 引物有效性及特异性验证
  • (五) 探针有效性及特异性验证
  • (六) 标准品质粒的制备
  • (七) 实时定量PCR引物和探针浓度优化
  • (八) 实时定量PCR反应体系建立及实验流程
  • (九) 检测限及灵敏度和特异度测试
  • (十) 标准曲线建立
  • (十一) 仪器准确性及重复性测试
  • (十二) 模拟血标本中细菌DNA提取效率测定
  • (十三) 模拟标本存放稳定性监测
  • (十四) RQ-PCR对临床标本脆弱拟杆菌的检测
  • (十五) 统计学处理
  • 三、实验结果
  • (一) 特异性引物及TaqMan探针序列
  • (二) 引物和探针特异性验证
  • (三) 菌落PCR
  • (四) 测序
  • (五) 比对
  • (六) 质粒电泳
  • (七) 质粒PCR
  • (八) 质粒DNA拷贝数的换算
  • (九) 实时定量PCR引物和探针浓度优化
  • (十) 检测限及灵敏度和特异度测定
  • (十一) 标准曲线线性范围
  • (十二) 仪器的准确性及重复性
  • (十三) 血标本中细菌DNA提取效率
  • (十四) 储存标本的稳定性
  • (十五) 临床标本检测结果
  • 四、讨论
  • 第二部分 实时定量PCR检测外科发热患者静脉血中脆弱拟杆菌并与细菌培养结果的对照研究
  • 一、实验材料
  • (一) 主要仪器
  • (二) 试剂及耗材
  • (三) 标本采集
  • 二、实验方法
  • (一) 患者血标本厌氧菌培养
  • (二) 临床血标本细菌基因组DNA提取
  • (三) 检测限和灵敏度、特异性的确定
  • (四) 健康成年人全血基因组的检测
  • (五) 临床标本检测
  • (六) 统计学处理
  • 三、实验结果
  • (一) 健康成年人血标本检测结果
  • (二) 发热外科患者血标本实时定量PCR检测结果
  • (三) 外科发热患者厌氧菌血培养结果
  • 四、讨论
  • 第三部分 实时定量PCR检测大肠埃希菌在LB培养基和血中对抗生素的敏感性
  • 一、实验材料
  • (一) 主要仪器
  • (二) 试剂及耗材
  • (三) 菌种来源
  • 二、实验方法
  • (一) LB液体培养基配制
  • (二) 抗生素的稀释
  • (三) LB液体培养基中药物敏感性试验
  • (四) 健康人全血中药物敏感性试验
  • (五) 基因组DNA的提取
  • (六) 大肠埃希菌引物和探针、标准品
  • (七) 实时定量PCR反应体系
  • 三、实验结果
  • (一) LB液体培养基中大肠埃希菌抗生素药物敏感性试验
  • (二) 健康人全血中大肠埃希菌抗生素药物敏感性试验
  • 四、讨论
  • 文献综述
  • 参考文献
  • 致谢
  • 个人简历
  • 相关论文文献

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