三种绿藻的ITS和18SrDNA序列及系统发育分析

论文摘要

本文通过实验测定了浒苔（Ulva prolifera）、孔石莼（Ulva pertusa）、格氏礁膜（Monostroma grevillei）三种石莼目绿藻的核糖体RNA基因非编码区内转录间隔区（ITS）和编码区18S rDNA的序列全长。测序后的产物用Clustal X程序进行分析,然后用Bio Edit整理拼接序列。并将这三种绿藻的ITS和18S rDNA序列与从GenBank中所获得的全球范围内其它16种绿藻的序列进行了比对。利用MEGA3.1软件中的Kimura双参数模型计算碱基的组成、种间的遗传距离和序列的比值差异。再运用MEGA3.1软件中的邻接法（neigbor-joining method）计算不同物种间的关系获得系统进化树,并通过Bootstrap作置信检测,Bootstrap为1000次。分析了19种绿藻之间系统发育的亲缘关系。尽管孔石莼（U. pertusa）的叶状体宽厚、有很多孔,并且在形态学与浒苔（U. prolifera）差异很大,但是从18S rDNA系统进化树上看,孔石莼和浒苔是在一个分支中。虽然ITS系统进化树中,孔石莼和浒苔不在一个分支中,但是它们都在一个大簇中。不论是ITS系统进化树还是18S rDNA系统进化树,都可以明显的看出石莼科（Ulvaceae）是由盾绿藻属（Chloropelta）、浒苔属（Enteromorpha）、石莼属（Ulva）和类石莼属（Ulvaria）。这个结果与Hayden和Waaland的研究结果完全一致[78]。本研究从而也证明了,不同的地域得出来的石莼科组成的结论是一样的。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 第一章 文献综述
• 1、石莼目绿藻的生物学特性
• 1.1 石莼目分类地位及特征
• 1.2 石莼目染色体的研究
• 1.3 石莼的生活史
• 2、藻类分子生物学技术研究概况
• 2.1 DNA 分子提取技术
• 2.2 DNA 分子标记技术
• 2.2.1 RFLP 标记技术
• 2.2.2 RAPD 标记技术
• 2.2.3 AFLP 标记技术
• 2.2.4 SSR 标记技术
• 2.2.5 ISSR 标记技术
• 2.2.6 EST 标记技术
• 3、核糖体RNA 基因在石莼目系统分类研究中的应用
• 3.1 核糖体RNA 基因编码区
• 3.2 核糖体RNA 基因非编码区
• 4、本研究的目的与意义
• 第二章 绿藻的ITS 区序列及系统发育分析
• 1、材料、试剂与仪器
• 1.1 实验材料
• 1.2 引物合成
• 1.3 相关试剂
• 1.4 相关仪器
• 2、方法
• 2.1 浒苔、孔石莼、格氏礁膜DNA 的提取
• 2.2 浒苔、孔石莼、格氏礁膜ITS 区的PCR 扩增及产物纯化
• 2.3 ITS 序列测定和系统树的构建
• 3、结果
• 3.1 浒苔、孔石莼、格氏礁膜ITS 全序列
• 3.2 浒苔、孔石莼、格氏礁膜等19 种绿藻ITS 的碱基组成分析
• 3.3 浒苔、孔石莼、格氏礁膜等19 种绿藻ITS 的种间遗传距离
• 3.4 ITS 系统进化树反映的结果
• 4、讨论
• 第三章 绿藻的 18S rDNA 区序列及系统发育分析
• 1、材料、试剂与仪器
• 1.1 实验材料
• 1.2 引物合成
• 1.3 相关试剂
• 1.4 相关仪器
• 2、方法
• 2.1 浒苔、孔石莼、格氏礁膜DNA 的提取
• 2.2 浒苔、孔石莼、格氏礁膜18S rDNA 区的PCR 扩增及产物纯化
• 2.3 18S rDNA 序列测定和系统树的构建
• 3、结果
• 3.1 浒苔、孔石莼、格氏礁膜18S rDNA 全序列
• 3.2 浒苔、孔石莼、格氏礁膜等19 种绿藻18S rDNA 的碱基组成分析
• 3.3 浒苔、孔石莼、格氏礁膜等19 种绿藻18S rDNA 的种间遗传距离
• 3.4 18S rDNA 系统进化树反映的结果
• 4、讨论
• 第四章 总结
• 参考文献
• 攻读学位期间公开发表的论文
• 致谢