λ噬菌体生活周期的形式化建模与分析

λ噬菌体生活周期的形式化建模与分析

论文摘要

随着计算机科学的发展,它与其他学科交叉产生很多了新的研究领域,其中与系统生物学的结合就是一个重要的研究方向。这主要包括两方面的内容:其一是计算机基础科学,例如进程代数的发展延伸至生物学中,产生了适合某些生物子领域中的模型,从而可以对生物过程进行建模和推理,并通过对生物过程的表述分析该种演算的特点,如κ-演算、Brane演算、BioAmbient等;其二是将从生物系统中的各种结构和功能中抽象出计算模型,应用到计算机科学中,如膜计算(Membrane Computing)等。本文正是在这两个方向的基础上,使用两种生物进程演算(κ-演算和Brane演算),以及一种从生物细胞的结构和功能中抽象出来的计算模型(P系统)对λ噬菌体侵蚀大肠杆菌细胞的特定生物过程进行建模,并分析各个模型的特点,从多个角度进行比较。在建模的过程中,针对各个方法的特点,也适当地对演算做了一些改变:如在κ-演算中引入虚拟位点,在Brane演算中,基于原有的操作构建宏操作以及添加一些额外操作等。可以看出,通过对这种特定的生物过程进行建模,促进了对系统生

论文目录

  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 第一章 绪论
  • 1.1 研究背景
  • 1.2 本文的内容和结构
  • 第二章 生物过程及进程演算模型
  • 2.1 引言
  • 2.2 Λ噬菌体侵蚀大肠杆菌的生物过程
  • 2.3 P 系统
  • 2.4 Κ-演算
  • 2.5 BRANE 演算
  • 第三章 生物过程的建模
  • 3.1 P SYSTEM 建模
  • 3.2 Κ-演算建模
  • 3.3 BRANE 演算建模
  • 第四章 模型的分析与比较
  • 4.1 三种模型的特点
  • 4.2 初步的比较
  • 第五章 总结与展望
  • 5.1 主要工作
  • 5.2 进一步的研究
  • 参考文献
  • 致谢
  • 攻读硕士学位期间发表的论文
  • 相关论文文献

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